Спеціальні знання з бухгалтерського обліку, фінансів, економіки застосовувалися під час розгляду справ у судах ще на початку XX століття.
Облік виник у Давньому Єгипті, Вавилоні, Єрусалимі, коли царський контролер (експерт) підтверджував достовірність звіту пожертвувань, складеного головним жерцем.
В епоху Відродження книги подвійної бухгалтерії Луки Пачолі використовувались у судах для перевірки достовірності даних обліку.
В Англії судово-бухгалтерська експертиза з’явилась, коли почали запроваджувати посади контролерів-аудиторів.
На всіх стадіях розвитку теоретики бачили в експертизі інструмент, необхідний для провадження слідства і суду (французький процесуаліст Баньє), а експерта вважали науковим свідком (англо-американські процесуалісти).
У 1921 р. в Петрограді при Північно-Західній торговельній палаті було створено відділ обліково-фінансових експертиз, який у подальшому був реорганізований в інститут відповідальних бухгалтерів, а 1923 р. при Московському відділенні Російського технічного товариства для проведення експертиз за завданнями судів у складі відділу обліку господарської діяльності було організовано бюро бухгалтерської експертизи і консультацій. Такі зміни відбувались у цій системі і в Україні.
Робота щодо організації бухгалтерської експертизи вдосконалювалась, створювалися відповідні підрозділи. Зокрема, у 1925 р. при Народному комісаріаті робітничо-селянської інспекції СРСР, насамперед з числа спеціалістів, що працювали в державних організаціях, було створено Інститут державних бухгалтерів-експертів.
Один з основних етапів становлення та подальшого інтенсивного розвитку цієї галузі знань припадає на кінець 40-х рр.
04.06.1947 р. Президією Верховної Ради СРСР був ухвалений Указ «Про кримінальну відповідальність за розкрадання державного і громадського майна». Виконання цього Указу стало причиною збільшення кількості справ з розслідування господарських злочинів, що, у свою чергу, вимагало значно ширшого застосування спеціальних знань у галузі бухгалтерського обліку і звітності та одержання доказів у формі висновків експертів-бухгалтерів. Отже, виникла необхідність створення відповідної експертної установи. Розпорядженням Голови Ради Міністрів СРСР від 02.08.1948 р. № Ю814 р. при Міністерстві фінансів СРСР було створено Бюро державної бухгалтерської експертизи з філіями при міністерствах фінансів союзних та автономних республік і фінансових органах на місцях.
Діяльність Бюро бухгалтерської експертизи регулювала низка нормативно-правових документів: положення про Бюро державної бухгалтерської експертизи при Міністерстві фінансів СРСР, ухвалене Радою Міністрів СРСР 19.05.1952 р., інструкція Міністерства фінансів щодо застосування цього положення, а також порядок розрахунків за бухгалтерські експертизи.
Згідно із зазначеними Положеннями та Інструкцією були сформовані Бюро бухгалтерської експертизи та його філії з постійними штатними кадрами експертів-бухгалтерів у республіках, у тому числі й в Україні, а також областях та містах Москві і Ленінграді. Зазначеним Положенням на Бюро та його філії покладалась функція з проведення бухгалтерських експертиз у кримінальних і цивільних справах за завданнями органів розслідування, прокуратури, судів та арбітражу.
У 1957 р. Радою Міністрів УРСР республіканську філію було перетворено на Бюро державної бухгалтерської експертизи при Міністерстві фінансів УРСР з філіями при обласних відділеннях. А 02.02.1957 р. Радою Міністрів УРСР ухвалено постанову № 111 «Про Бюро державних бухгалтерських експертиз при Міністерстві фінансів України». Відповідно до цієї постанови Міністерством фінансів України було видано Інструкцію від 20.06.1957 р. № 1 щодо застосування зазначеної постанови.
Для поліпшення діяльності Бюро та координації функцій постановою Ради Міністрів УРСР від 04.01.1970 р. Бюро і його обласні філії в повному складі штатних працівників підпорядковано Міністерству юстиції України.
Зі становленням Бюро бухгалтерської експертизи розпочався новий етап розвитку судово-бухгалтерської експертизи в Україні.
Міністерством юстиції України за погодженням з Прокуратурою та Верховним Судом України було розроблено Інструкцію «Про порядок проведення судово-бухгалтерських експертиз в Бюро державної бухгалтерської експертизи Міністерства юстиції України» від 30.12.1974 р. Це був перший в Україні нормативно-правовий документ, яким визначались процесуальні, організаційні, правові засади призначення та проведення бухгалтерських експертиз.
Протягом трьох десятиліть підпорядкування бухгалтерської експертизи Міністерству юстиції України структура і функції Бюро та його філій зазнали певних змін: обласні філії Бюро були перетворені на міжобласні та їх експертні підрозділи, за якими закріплювались зони обслуговування відповідних територій.
Після ухвалення 1994 р. У квітні 1990 року республіканське Бюро було ліквідовано, а кадровий склад експертів-бухгалтерів Бюро та міжобласних філій з відповідними функціями передано до Київського і Харківського науково-дослідних інститутів судових експертиз та Одеської лабораторії південного регіону України.
Закону України «Про судову експертизу» значно розширилася система науково-дослідних інститутів судових експертиз Міністерства юстиції України. Так, у 1995 р. на базі лабораторій та відділень було створено Донецький, Львівський та Одеський науково-дослідні інститути судових експертиз, а на їхні відповідні підрозділи покладено функції з виконання судово-бухгалтерських експертиз.
За ці роки лабораторії судово-бухгалтерської експертизи значно розширили коло розв’язуваних ними завдань, почали проводити складні та нові види економічних досліджень. Експерти-бухгалтери оволоділи новими економічними спеціальностями з дослідження документів про фінансово-кредитні операції, економічну діяльність підприємств і організацій. З розширенням кола і завдань, що вирішувались експертами-бухгалтерами, виникла необхідність у зміні самої назви цього виду експертизи. Рішенням Президії науково-консультативної та методичної ради з проблем судової експертизи при Міністерстві юстиції України від 30.01.2001 р. судово-бухгалтерську експертизу було перейменовано на судово-економічну.
Сучасне тлумачення судово-бухгалтерської (судово-економічної) експертизи полягає в тому, що в її функції входять економічні дослідження конфліктних ситуацій у господарській діяльності, які стали об’єктами розслідування правоохоронними органами для усунення та запобігання їм у майбутньому.
