В заимоотношения церкви и государства в XVI–XVII вв. определяли многие процессы в развитии страны. Со времён Ивана IV власть в Московском государстве в лице царя носила сакральный (священный) характер, так как её источником был Бог, а ограничивалась она только христианскими заповедями, церковными уложениями и традициями. В этой связи православная церковь не посягала на светское управление, а выступала нравственным противовесом русскому самодержавию. Важное значение в этом имело такое явление в жизни общества, как юродство. Юродивые, поддерживаемые церковью и простыми мирянами, обладали неограниченной возможностью обличать власть.
Церковь и монастыри располагали значительной экономической мощью, развитым и эффективным хозяйством, были очагами культуры. Монастыри строились часто в стратегически важных местах и имели огромное значение в обороне страны. Церковь была в состоянии выставлять до 20 тысяч ратников. Не претендуя на светские функции власти, она была приобщена к принятию государственных решений. Так, Священный собор как орган церковного управления принимал участие в работе Земских соборов. В годы Смуты патриаршество, несмотря на некоторые колебания, сыграло большую роль в борьбе с самозванцами и польско-шведскими войсками, что подтверждается трагической смертью патриарха Гермогена, гибелью монахов при защите монастырей, материальной поддержкой ополчения.
После Смутного времени роль церкви заметно возросла. Это связано с именем патриарха Филарета (отца царя Михаила), который сосредоточил в своих руках светскую и духовную власть и фактически в течение 14 лет правил Россией, заботясь об укреплении самодержавия и новой династии.
К середине XVII в. начинается переориентация в отношениях между церковью и государством. Поводом для этого стала попытка патриарха Никона поставить духовную власть выше светской. Вместе с тем внутри церкви усиливаются разногласия. К 1640-м гг. в Москве сложился кружок «ревнителей древнего благочестия» (в него входили авторитетные представители Русской церкви), выступавший за исправление церковных служб, поднятие нравственности в среде духовенства, против проникновения светских начал в жизнь мирян. Царь Алексей Михайлович поддерживал эти устремления. Сторонники Никона (с 1652 г. патриарх) считали, что исправление богослужебных книг и церковных служб надо проводить по греческим оригиналам. Сторонники же протопопа Аввакума (одного из активных ревнителей благочестия) хотели в основу исправления положить древнерусские церковные книги. Споры вначале не выходили за рамки узкого круга лиц. Когда же Никон стал патриархом, были осуществлены реформы, которые привели к расколу церкви.
Против никоновских реформ резко выступил протопоп Аввакум. Он и его сторонники – «старообрядцы» подверглись репрессиям.
Одновременно Никон стал претендовать и на светскую власть. Это привело к конфликту между царём и патриархом. На церковном Соборе в 1666 г. Никон был низложен, что усилило позиции светской власти. На этом же Соборе были осуждены все противники церковной реформы.
После этого раскол усилился и приобрёл социальную окраску. Общим лозунгом раскольников (сторонников Аввакума, стоявших за сохранение русской церковной старины) была борьба с никоновскими преобразованиями и светскими властями.
Причинами неприятия частью российского общества церковных реформ являлись социальные проблемы: рост государственных налогов, крепостничества. Однако нельзя забывать и о религиозном аспекте протеста, прежде всего против греческого и украинского влияния на русское православие, что, по мнению раскольников, вело к утрате духовной самобытности России.
Борьба со старообрядцами, хотя и сопровождалась жестокими преследованиями, всё же не привела к крупномасштабным религиозным войнам.
