Микробтар, немес микроорганизмдер (бактериялар, саңырауқұлақтар, қарапайымдар, вирустар), өзара ұқсатығымен, ерекшеліктерімен және қарым-қатынастарымен жүйелендірілген. Бұнымен арнайы ғылым - микроорганизмдерді жүйелеу айналысады. Жүйелеу үш бөлімнен тұрады: жіктелуі, таксономиясы және идентификациялау. Микробтардың таксономиясының негізіне (грек тілінен taxis - орналасуы, реті) олардың морфологиялық, физиологиялық, биохимиялық және молекулалық-биохимиялық қасиеттері алынған. Таксономиялық категориялар төмендегідей болады: патшапық, (патшалық тармағы), бөлім, класс, реті, туыстастық, тұқымдастық, түр, (түр тармағы) және т.б. Таксономиялық категорияның түрлеріне байланысты таксондарды ажыратады - ол біркелкі, ұқсас қасиеттеріне байланысты біріктірілген организм топтары. Микроорганизмдердің аталуын Халықаралық номенклатура кодексі (зоологиялық, ботаникалық, бактериялар номенклатурасы, вирустар) тағайындайды.
Микроорганизмдер жасушаға дейінгі (вирустар - Уіга патшалығы) және жасушалық (бактериялар,
архибактериялар, санырауқмлақтар мен қарапайымдылар) пішіндермен берілген. Жаңаша жоғарғы деңгей бойынша жасушалық тіршілік иелерінің жіктелуінде 3 доменді (немесе «империялар») ажыратады:
«Васtеrіа», «Агсhаеа» және «Еuсаrуа»:
1). «Васtеrіа» домені - прокариоттар, нағыз бактериялар (эубактериялар);
2). «Агсhаеа» домені- прокариоттар, археабактериялар;
3). «Еuсаrуа» домені - эукариоттар, олардың жасушаларында ядро, ядрошық және ядро қабықшасы, ал цитоплазмасында күрделі құрылымды органеллалар - митохондриялар, Гольджи аппараты болады. «Еuсаrуа» доменіне: Fungi (саңырауқұлақтар); Аnіmаlіа - жануарлар (қарапайымдылар кіретін Protozoa патшалық тармағы); Рlаntае - өсімдіктер патшалығы кіреді.
Домендер патшалықтан, типтен, кластан, реті, туыстастык, түкымдастык, түрден тұрады. Негізгі таксономиялық категориялардың бірі түр (specics) болып табылады. Түр - жақын қасиеттерімен біріктірілген, бірақ тұқымдастықтың басқа өкілдерінен айрмашылығы бар жекеленген даралар жиынтығы.
Морфологиялық, тинкториалдық (боялғыштығына байланысты), дакылдык, биохимиялық және антигендік қасиеттеріне байланысты ұқсастығы бар, қоректік ортада бөлініп алынған, біртекті микроорганизмдер жиынтығы таза дақыл деп аталады.
Белгілі бір көзден бөлініп алынған, түрдің басқа өкілдерінен айырмашылығы бар
микроорганизмдердің таза дақылы штамм деп аталады. Штамм - түр немесе түршеге қарағанда мағы насы тарлау. Штамға мағынасы бойынша клон жақынырақ болып келеді. К7011 жалғыз микроб жасушасынан өсірілген, ұрпақтар жиынтығы. Микроорганизмдердін белгілі бір қасиеттерімен ерекшеленетін кейбір бірлестіктерін атап көрсеткен кезде бұрын гуре суффиксін пайдаланған, оның орнына қазіргі кезде var (әртүрлілігі) қолданылады. Сондықтан микроорганизмдерді ерекшелендіретін қасиеттеріне байланысты: морфоварлар (морфологиясына байланысты), резистентоварлар (тұрақтылықтарына байланысты, мысалы, антибиотиктерге), сероварлар (антигендеріне байланысты), фаговарлар (бактериофагтарға сезімталдылығына байланысты), биоварлар (биологиялық қасиеттеріне байланысты), хемоварлар (биохимиялық қасиеттеріне байланысты) және т.б. деп ажыратылады.
Бактерияларды идентификациялау мен типтеуде фенотиптік, генотиптік және филогенетикалық
көрсеткіштерді пайдаланады (олардың мәні келесі тарауларда беріледі).
Фенотиптік: Грамша бояу, морфологиялық және дақылды қ қасиеттері, биохимиялық реакциялар, көмірсу көздерін пайдалану, антибиотикограммасы, бактериоцинотиптеу, фаготиптеу, антигендік қасиеттері, жасуша қабырғасыньщ химиялық құрамы (пептидогликан, микол қышқылы), сонымен қатар жасушаньщ
ақуыздары мен майлары.
Геноmuпmік: G + С қарым-қатынасы, ДНҚ гибридизациясы, молекулалық барлау (зондирование), плазмидтік талдау, ДНҚ рестрикциясының бөлшектерінің полиморфизмі, риботиптеу.
Фuлогенеmuкальzқ: рРНҚ-ізділікті талдау, РНҚ-РНҚ-гибридтеу, праймерлер туындыларын пайдаланыпполиморфты ДНҚ-ын амплифакциялау, 16S және 23S рРНҚ-ын секвестрлеу.
