Ефективність функціонування системи органів виконавчої влади великою мірою визначається раціональністю управлінських зв'язків між органами різних організаційно-правових статусів як по вертикалі, так і горизонталі.
В основу формування вертикальних управлінських зв'язків покладено повноваження Кабінету Міністрів України щодо спрямування, координації діяльності інших органів виконавчої влади та здійснення контролю за їх функціонуванням.
Управлінські зв'язки Кабінету Міністрів України з іншими органами виконавчої влади формуються за такими напрямами:
• з метою координації роботи центральних органів виконавчої влади у формуванні та реалізації державної політики в структурі Кабінету Міністрів України створюються урядові програмно-цільові комітети.
• Прем'єр-міністр вносить подання Президентові України про призначення на посаду керівника центрального органу виконавчої влади та його заступників, накладає на них дисциплінарні стягнення;
• Кабінет Міністрів України затверджує граничну чисельність працівників апарату управління і розмір асигнувань на утримання центральних органів виконавчої влади із Державного бюджету в межах виділених на це коштів; здійснює добір керівних кадрів підвідомчих йому органів, їх підготовку, перепідготовку та підвищення кваліфікації; заслуховує звіти керівників центральних органів виконавчої влади;
• Кабінет Міністрів України в межах коштів, передбачених на утримання органів виконавчої влади, може утворювати урядові органи державного управління, призначати керівників та затверджувати положення про ці органи;
• Кабінету Міністрів України підзвітні та підконтрольні місцеві державні адміністрації, голови яких при здійсненні своїх повноважень відповідальні перед ними. Кабінет Міністрів України в особі Прем'єр-міністра вносить подання Президентові України щодо призначення на посаду, звільнення з посад голів місцевих державних адміністрацій. Кабінет Міністрів постійно одержує від місцевих державних адміністрацій детальну інформацію про їхню діяльність, регулярно заслуховує звіти голів місцевих державних адміністрацій з визначених Кабінетом Міністрів питань. У разі неналежного виконання головою державної адміністрації покладених на нього повноважень Кабінет Міністрів має право притягнути його до дисциплінарної відповідальності або звернутися до Президента з поданням про звільнення з посади. Кабінет Міністрів розробляє примірний перелік управлінь, відділів інших структурних підрозділів місцевих державних адміністрацій, затверджує положення про ці підрозділи, кількісний склад заступників голів, чисельність працівників місцевих державних адміністрацій та витрати на їх утримання, розглядає пропозиції місцевих державних адміністрацій з питань, що потребують рішення Кабінету Міністрів;
• Кабінет Міністрів має право зупиняти дію рішень голів місцевих державних адміністрацій, що суперечать Конституції та законам України, актам Президента, Кабінету Міністрів, іншим актам законодавства, а також скасовувати рішення структурних підрозділів місцевих державних адміністрацій;
• Кабінет Міністрів може внести безпосередньо до Верховної Ради або до Президента України законопроект щодо делегування органам місцевого самоврядування окремих повноважень органів виконавчої влади. Уряд подає пропозиції з фінансування здійснення цих повноважень за рахунок коштів держбюджету або шляхом віднесення до місцевого бюджету окремих загальнодержавних податків. Органи місцевого самоврядування в частині делегованих їм за законом повноважень органів виконавчої влади підконтрольні та підзвітні Кабінету Міністрів.
У рамках вертикальних управлінських зв'язків центральним органам виконавчої влади — міністерствам — підпорядковуються їх територіальні органи, які разом з міністерством утворюють виконавчу вертикаль. Органами міністерств на місцевому рівні є управління, відділи та інші структурні підрозділи місцевих державних адміністрацій, які підзвітні й підконтрольні міністерствам. Державним комітетам та іншим центральним органам виконавчої влади на місцевому рівні підконтрольні та підзвітні їх територіальні органи.
Вертикальні управлінські зв'язки в системі органів виконавчої влади передбачають підпорядкованість обласним державним адміністраціям районних державних адміністрацій. Обласні державні адміністрації в межах своїх повноважень спрямовують діяльність районних державних адміністрацій та здійснюють контроль за нею.
Горизонтальні управлінські зв'язки на центральному рівні передбачають координацію роботи центральних органів виконавчої влади у формуванні та реалізації державної політики в рамках Урядових програмно-цільових комітетів.
На місцевому рівні горизонтальні управлінські зв'язки базуються на взаємовідносинах місцевих державних адміністрацій з територіальними органами центральних органів виконавчої влади. Голови держадміністрацій координують діяльність територіальних органів міністерств та інших центральних органів виконавчої влади й сприяють їм у виконанні покладених на них завдань. Формування управлінських зв'язків на цьому рівні великою мірою визначається взаємовідносинами органів виконавчої та представницької влади. Місцеві державні адміністрації здійснюють повноваження, делеговані їм обласними і районними радами згідно з Конституцією та Законом України «Про місцеве самоврядування в Україні» й у цій частині підзвітні та підконтрольні останнім.
