Отдельно следует рассказать о мероприятиях, проводимых Наркомздравом под руководством Н.А.Семашко, по борьбе с эпидемиями. Одной из главных причин массового распространения инфекционных заболеваний было тяжёлое санитарно-эпидемическое состояние страны, низкий уровень общей и санитарной культуры населения. Ситуация ещё более осложнялась Гражданской войной и иностранной интервенцией, поскольку в противостоящих армиях были распространены многочисленные инфекционные заболевания. Так, среди 60 тысяч солдат, перешедших на сторону Красной армии после разгрома Колчака и Дутова, 80% оказались заражёнными тифом.
Положение осложнялось ещё и тем, что вследствие экономической разрухи в стране ощущался острый недостаток самого необходимого – белья, мыла, дезинфекционных средств, оборудования для дезинфекционных камер, бань и.т.д.
Среди всех инфекционных заболеваний были наиболее распространены паразитарные тифы, особенно сыпной тиф, заболеваемость которым в 1919 и 1920 года превышала 2 миллиона человек, а всего с 1918 по 1922 года им переболели 6,5 миллионов человек, возвратным тифом – 3,2 миллиона человек. Общая смертность среди больных сыпным тифом составляла 6-9%. Большую угрозу представляли также брюшной тиф, дизентерия, холера, оспа. В Туркестане, на Кавказе, в Поволжье, центральных и северных губерниях распространилась малярия. В Забайкалье отмечались вспышки чумы.
Уже в первые дни работы Наркомздрава в его составе был образован санитарно-эпидемиологический отдел. Его руководителем был назначен А.Н. Сысин.
На местах создавались санитарно-эпидемиологические подотделы. В октябре 1918 года Народный комиссариат здравоохранения созвал совещание представителей медико-санитарных отделов и санитарных врачей. Н.А. Семашко открыл его заседание. Совещание одобрило принятую Наркомздравом схему борьбы с сыпным тифом.
18 августа 1918 года была создана Центральная комиссия по борьбе с эпидемическими заболеваниями. 19 октября на основании материалов работы этой комиссии был составлен и разослан циркуляр с планом борьбы с эпидемией. План предусматривал развёртывание больничных коек, устройство и оборудование бань, прачечных, дезинфекционных пунктов, организация учёта заболеваемости, санитарно-просветительская работа и пр.
В то же самое время большое внимание борьбе с тифом уделяло и советское правительство. На 7 Всероссийском съезде Советов В.И.Ленин заявил: «Товарищи, всё внимание этому вопросу. Или вши победят социализм, или социализм победит вшей!»
Еженедельно Наркомздрав предоставлял в СНК справки о деятельности Центральной комиссии по борьбе с заразными болезнями за подписью Н.А.Семашко.
Наркомат здравоохранения также проделал большую работу по борьбе с холерной эпидемией. В ряде районов были созданы чрезвычайные комиссии по борьбе с холерой. В городах и населенных пунктах, на железнодорожных станциях, речных и морских вокзалах срочно проводились мероприятия противоэпидемического порядка. Была развёрнута дополнительная сеть госпиталей, все лечебные учреждения обеспечивались инвентарём, продовольствие и медикаментами, а больные – диетическим питанием. В портах вводились строгие карантины. В результате принятых мер уже в 1922 году удалось добиться реального снижения заболеваемости, а в 1923 году она практически была ликвидирована.
Среди населения и в войсках проводилась массовая вакцинация. 10 апреля 1919 года Н.А. Семашко доложил проект декретов об обязательном оспопрививании и о снабжении бактериологических институтов необходимым материалом и инвентарём, в тот же день они были приняты.
В отчёте 9 всероссийскому съезду Советов о деятельности Наркомздрава РСФСР за 1921 год Н.А.Семашко говорил, что «в настоящее время не ощущается недостатка в прививочном материале; это дало возможность в текущем году провести почти поголовно прививки в Красной армии против холеры и брюшного тифа».
