Василий Шуйский в Москве по настоянию Годунова выходил на Красную площадь и убеждал народ, что настоящий царевич Дмитрий похоронен в Угличе.

В начале 1605 Годунов назначил Шуйского командовать двинутой против самозванца армией. Хотя она насчитывала 70 тысяч солдат, Лжедмитрий с 15-тысячным войском едва не разгромил её у Добрыничей, но потерпел в итоге сильное поражение от далеко превосходной мощи вражеской артиллерии. Потрепанного самозванца было легко добить совсем, но Василий Шуйский и его товарищ, боярин Мстиславский, протянули время до весны в осаде городов Рыльска и Кром..

В апреле 1605 Борис Годунов внезапно умер в Москве.

Его неожиданную кончину многие приписывали отравлению.

Царский трон занял его молодой и неискушённый сын Фёдор под регентством своей нелюбимой народом матери Марии, дочери свирепого опричника Малюты Скуратова. Большая часть царских войск, двинутых против Лжедмитрия, перешла на его сторону.

Шуйский и Мстиславский возвратились в Москву, где правление юного Фёдора Годунова уже едва держалось. 1 июня в столицу прибыли послы от самозванца и с Лобного места читали его обращение к народу. Московская масса, не зная, верить ли в то, что Лжедмитрий – настоящий царевич, послала за Василием Шуйским, и он на сей раз отвечал, что Дмитрий 14 лет назад в Угличе спасся от убийц, а вместо него был похоронен какой-то попович. Эти слова решили судьбу Годуновых. Толпа ворвалась в Кремль и низложила Фёдора и его мать. 10 июня их задушили.

Низвергнув Годуновых, бояре достигли своей главной цели.

Масса теперь считала Лжедмитрия истинным сыном Ивана Грозного.

20 июня самозванец торжественно въехал в Москву, а уже 23-го числа Василий Шуйский был арестован, так как распространял слухи о том, что Лжедмитрий – не настоящий царевич. Шуйского судили и приговорили к смерти.

25 июня он уже был выведен к плахе и простился с народом, но прискакавший в последний момент гонец объявил, что Лжедмитрий прощает Василия и заменяет ему казнь ссылкой с отнятием всех вотчин.

Несколько недель спустя Василий и его братья были прощены совсем, получили назад имения и возвратились в Москву.

Василий Шуйский не прекратил интриг с целью самому добиться трона. Шуйский с сообщниками Василием Голицыным и Михайло Татищевым составили заговор..

В ночь с 16 на 17 мая 1606 Василий Шуйский и другие бояре въехали в Кремль с вооружённым отрядом. К ним стал собираться народ, принявшийся избивать поляков по всему городу.

Шуйский с крестом в одной руке и мечом в другой вошёл в Успенский собори, поцеловав образ Владимирской Богоматери, призвал всех «идти на злого еретика». Толпа бросилась в царский дворец.

Лжедмитрий, спасаясь от неё, хотел выбраться из дворцового окна, но упал с высоты на землю и сильно разбился. Сообщник Шуйского, Григорий Валуев, застрелил самозванца, чей изуродованный труп лежал потом двое суток на Красной площади. Во время резни в Москве погибло, по разным известиям, от полутора до 3,5 тысяч человек – поляков и русских.

Утром 19 мая народ собрался на Красную площадь и объявил вышедшим к нему боярам, что надо избрать нового царя. Предложения созвать для этого Земский собор с участием всех городов были отвергнуты и по настоянию бурлящей толпы государём здесь же провозгласили («выкрикнули») Василия Шуйского.

Шуйский сделал в Успенском соборе крестоцеловальную запись, что не станет никого казнить, лишать имущества и вотчин без суда с участием бояр. Василий обязался вершить совместно с боярами все важнейшие дела.

Василий Шуйский разослал по всей стране грамоты с перечнем преступлений Лжедмитрия I. Мать настоящего Дмитрия, Марфа, ранее публично признавшая самозванца своим сыном, теперь отреклась от этого.

Чтобы окончательно убедить подданных в самозванчестве убитого царя, Шуйский устроил торжественное перенесение в Москву из Углича мощей истинного царевича Дмитрия. Их выставили в Архангельском соборе Кремля. Возведённый Лжедмитрием на патриарший престол грек Игнатий был низложен и заменён стойким русским ревнителем православия Гермогеном.

Сосланный Шуйским в Путивль за преданность самозванцу князь Григорий Шаховской стал распространять там слухи, что Лжедмитрий I не был убит в Москве, а вновь чудесно спасся. Путивль восстал против Шуйского.

К начавшемуся бунту примкнул и воевода соседнего Чернигова Телятевский. Брожения против Шуйского начались и в Москве.

На юге мятежники собрали целую армию. Во главе неё с согласия Телятевского и Шаховского стал Иван Болотников. Человек дерзкий и много повидавший, Болотников провёл немало лет в татарско-турецком плену, бывал в Западной Европе и теперь уверял, что за границей виделся со спасшимся Дмитрием.

С 1300 казаков Болотников разгромил под Кромами 5-тысячную рать Шуйского, и к восстанию быстро примкнула вся южная половина России: города Венев, Тула, Кашира, Калуга, Орёл, Астрахань. Дворяне Ляпуновы подняли против Василия Шуйского всю Рязанскую область.

Осенью 1606 войско Болотникова пошло на Москву «возвращать престол царевичу Дмитрию». На столицу двинулись и рязанские отряды Ляпуновых.

2 декабря Болотников вступил в подмосковное село Коломенское, его люди страшно бесчинствовали, грабили всех подряд, водворяя повсюду кровавую анархию. Дворянские ополчения Ляпуновых, решили порвать с бывшими союзниками, и во имя восстановления порядка соединиться с Василием Шуйским.

Дворянские отряды покинули Болотникова и перешли в Москву к Шуйскому, Болотников, отогнанный от столицы юным племянником Шуйского, Михаилом Скопиным, отступил в Калугу, где его осадил князь Мстиславский.

Смута продолжала шириться. Появился новый самозванец, Илейка Муромец, назвавшийся царевичем Петром (никогда не существовавшим сыном царя Федора Иоанновича). Илейка двинулся на выручку Болотникова, который сумел выйти из Калуги и перебраться в Тулу, где соединился с Лжепетром.

Василий Шуйский разными крутыми мерами собрал почти 100-тысячную армию и лично двинулся к Туле во главе неё.

В июне 1607 он разбил бунтовщиков на реке Восме, в упорном бою, шедшем целый день. Болотников, Илейка и Шаховской были загнаны в Тулу и осаждены там. Они оборонялись до осени, пока боярский сын Кровков не посоветовал Шуйскому запрудить протекавшую через Тулу реку Упу.

Запружённая Упа затопила тульский Кремль, где сидели мятежники. Страдая от голода, бунтовщики сдались. Илейка Муромец был повешен, Болотников утоплен, а князь Шаховской сослан в отдалённый монастырь.

Но во время осады Тулы в южном городе Стародубе появился человек, называвший себя «спасшимся Дмитрием». По некоторым сведениям, он был крещёным евреем из Белоруссии. И вокруг него быстро собралось большое войско из разного сброда.

Боеспособное ядро этой армии составляли отряды казаков и наёмные шайки присоединившихся к Лжедмитрию II польско-малороссийских шляхтичей.

Сам ничего не смысля в военном деле, самозванец назначил своим главнокомандующим известного польского кондотьера Рожинского.

Лжедмитрий II устремился к Москве.

Летом 1608 полубандитская армия самозванца подошла к стенам Москвы, и, не в силах штурмовать город, разбила лагерь в ближнем селе Тушино.

Шуйский держался в столице, но не имел достаточно войска для того, чтобы отбить от неё нового «Дмитрия».

Отряды «Тушинского вора» разошлись по всей России. Особой жестокостью отличались бывшие на службе у Лжедмитрия II иноземцы. Города и веси подвергались страшному разорению, жителей безжалостно калечили и убивали.

В конце 1608 соратники Вора, поляки Лисовский и Сапега, осадили главный религиозный центр России – Троице-Сергиеву лавру.

Эти бедствия усилили недовольство голодающей Москвы бессильным Василием Шуйским.

В феврале 1609 заговорщики во главе с боярином Василием Голицыным и неприязненными Шуйскому дворянами Ляпуновыми и Сунбуловым созвали народ на Лобное место, чтобы низложить незаконно избранного царя. Но масса не поддержала эту попытку, ей смело воспротивился и силой приведённый на площадь патриарх Гермоген. Заговорщики ворвались было во дворец, но, получив смелый отпор от самого Шуйского, бросили своё предприятие.

Между тем ход Смуты стал меняться. Северные города Галич, Кострома, Вологда, Белоозеро, Ярославль и Владимир вооружились и изгнали отряды Лжедмитрия II. Тушинскому вору помогали поляки, а Василий Шуйский решил вступить в союз с тогдашними неприятелями Речи Посполитой – шведами.

Молодой, но очень талантливый в военном деле племянник царя Василия, Михаил Скопин-Шуйский, был послан в Новгород, г де начал переговоры со шведским королём. В обмен на уступку пограничного города Корелы Василий Шуйский получил от Швеции отлично обученный наёмный отряд генерала Делагарди. Скопин и Делагарди двинулись от Новгорода к Москве, повсюду одерживая победы над силами Лжедмитрия II. Те вскоре были изгнаны со всего севера России.