Государственные органы управления, контроля и надзора в области охраны окружающей среды подразделяются на две категории: органы общей и специальной компетенции.
К государственным органам общей компетенции относятся Президент, Федеральное Собрание, Государственная Дума, Правительство, представительные и исполнительные органы власти субъектов Федерации, муниципальные органы. Эти органы определяют основные направления природоохранной политики, утверждают экологические программы, обеспечивают экологическую безопасность, устанавливают правовые основы и нормы в пределах своей компетенции, и т. д.
Государственные органы категории специальной компетенции подразделяются на комплексные, отраслевые и функциональные.
Комплексные органы выполняют все природоохранные Задачи или какой-либо их блок. До 2000 г. функции управления природопользованием и охраны окружающей среды выполняли Государственный комитет РФ по охране окружающей среды (Госкомэкологии России) и Министерство природных ресурсов РФ, (МПР России) и другие ведомства. Указом Президента РФ от 17 мая 2000 г. Государственный комитет РФ по охране окружающей среды был упразднен и его функции переданы Министерству природных ресурсов РФ.
К комплексным органам управления относятся также:
— Департамент Госсанэпиднадзора Минздрава РФ (Сан-эпиднадзор РФ) — координатор деятельности всех ведомств и организаций в области санитарной охраны через систему территориальных органов (санэпидстанций и инспекций);
— Федеральная служба России по гидрометеорологии и мониторингу окружающей среды (Росгидромет) — осуществляет экологический контроль за состоянием окружающей среды, информирует население об изменениях в окружающей среде с помощью широкой сети наблюдательных пунктов и др.;
— Министерство РФ по делам гражданской обороны, чрезвычайных ситуаций и ликвидации последствий стихийных бедствий (МЧС России) — обеспечивает безопасность людей в условиях экстремальной ситуации, стихийных бедствий, производственных аварий и катастроф.
Отраслевые органы (Роскомзем, Рослесхоз, Госкомрыболовство, Минсельхоз России) выполняют функции управления и надзора по охране и использованию отдельных видов приходных ресурсов и объектов
Функциональные органы выполняют одну или несколько! родственных функций в отношении природных объектов: Минатом России (обеспечение ядерной и радиационной безопасности); Минздрав России (санитарно-эпидемиологический контроль) МВД России (охрана атмосферного воздуха от загрязнения транспортными средствами, санитарно-экологическая служба муниципальной милиции).
Процесс реорганизации государственных органов управления, контроля и надзора в области охраны окружающей среды продолжает совершенствоваться.
Так, 22 июля 2004 г. принято Постановление Правительства РФ о создании новой структуры — Федеральной службы по экологическому, технологическому и атомному надзору (Рос-технадзор). Таким образом, начиная с 2004 г. в структуру руководящих исполнительных органов государственной власти в области охраны окружающей среды входят Министерство природных ресурсов Российской Федерации (МПР России) и Рос-технадзор.
МПР России координирует деятельность федеральных служб лесного хозяйства, водных ресурсов, по недропользованию и др.
Ростехнадзорнаделен широкими полномочиями в области контроля и надзора, в частности, организует и проводит государственную экологическую экспертизу, выдает разрешения на выбросы и сбросы загрязняющих веществ, устанавливает лимиты на размещение отходов, осуществляет лицензирование деятельности по переработке, хранению и транспортировке по магистральным трубопроводам нефти, газа и т.д.