С началом войны, уже 1941-1942 гг. произошли значительные изменения в судоустройстве, в материальном и в процессуальном праве.
В первый же день войны, в соответствии с Указом Президиума Верховного Совета СССР от 22 июня 1941 г. «О военном положении» и «Об утверждении Положения о военных трибуналов в местностях, объявленных на военном положении в районах военных действий» учреждались военные трибуналы в местностях объявленных на военном положении и в районах военных действий. В период войны действовали военные трибуналы Красной Армии и ВМФ, войск НКВД, железнодорожного и водного транспорта. Суды общей юрисдикции на прифронтовых территориях преобразовывались в военные трибуналы, так же как и городов (например, Москвы) в период нахождения на осадном положении). Военные трибуналы получали широкие полномочия. В их компетенции находились не только преступления, совершенные военнослужащими, но и гражданским населением в прифронтовых районах, если в составе преступления фигурировали нарушение общественного порядка, хищения, уклонение от воинской службы, повинностей и др. Штаты судов комплектовались как из военно-юридического состава армии, так и из военнообязанных народных судей.
В 1941-1942 гг. дела рассматривались тремя военными судьями, а с 1942 г. и до конца войны в состав трибуналов были введены и двое народных заседателей, выделявшихся политическими партийными органами и военным командованием фронта.
В связи с военным положением к подсудности военного суда были отнесены и дела о правонарушениях за паникерство, распространение лживых слухов, преступлениях, совершенных лицами, находившимися в ополчении, в истребительных батальонах, а также партийными, советскими и хозяйственными руководителями за нарушение мобилизационных планов и эвакуации, всеми трудящимися за нарушения трудовой дисциплины, отнесенные теперь к преступлению.
Военные трибуналы, по аналогии с советской судебной системой, соответственно Конституции 1936 г. обладали трехзвенной системой, состоявшей из военных трибуналов армий, корпусов, иных воинских соединений и военных учреждений, военных трибуналов фронта, округа, флота, Военной коллегии Верховного Суда СССР.
В военных трибуналах устанавливался ускоренный и упрощенный порядок рассмотрения дел с ограничением процессуальных гарантий подсудимого. Большинство дел рассматривалось в закрытом судебном заседании, что было связано с охраной военной тайны. Следует отметить, что в годы войны существовала и получала все более широкое распространение практика отсрочки исполнения наказаний. Многие осужденные получали возможность искупить свою вину в бою, на фронте. Данная практика отсрочки исполнения наказания применялась не только на практике военных судов, где с 1941 по 1942 гг. данная судебная практика стала распространяться, а с 1943 г. и до конца войны стала практически повсеместна, если речь шла о малозначительных преступлениях или нарушениях устава. Названная практика получила широкое распространение и в тылу, где с начала войны осужденные за малозначимые преступления просились на фронт. Их заявления, как правило, рассматривались положительно. Практика отсрочки исполнения приговоров суда и снятие судимости за доблесть и героизм, проявленные в бою основывались не столько на военной редакции соответствующей статьи УК РСФСР 1926 г., сколько на приказе Народного комиссара обороны № 0391 от 4 октября 1941 г. «О фактах подмены воспитательной работы репрессиями». Данный приказ напоминал судам, что советский уголовный закон нацелен на воспитание, а не на репрессии.
В чрезвычайных условиях войны мера наказания за многие преступления ужесточалась. Так, за призывы к нарушению общественного порядка вводилась смертная казнь на месте преступления. При этом следственные и судебные действия упрощались. В общем, особенностью трибуналов в годы войны была их широкая подсудность, они рассматривали и дела, которые должны были рассматривать по роду своей деятельности, то есть связанные с преступлениями военнослужащих, но вынуждены были рассматривать и другие дела, если правонарушение произошло на прифронтовой территории, например, хулиганство, нарушение трудовой дисциплины, и т.д.
Во второй период войны начинается постепенное восстановление советского народного суда. В августе 1942 г. произошло восстановление народного суда Москвы, в 1943-1944 г. и в других областях СССР, освобожденных от оккупантов, за исключением местностей, где имело место организованное сопротивление националистов, активных участников антисоветского подполья на Украине, в Прибалтике. Повсеместное же восстановление советского народного суда и выборы судей прошли в СССР в 1945-1946 гг., уже после победы нашей страны в войне.
Великая Отечественная война не внесла особых изменений в существующую судебную систему, в материальное и процессуальное право.
