Для колонизации полости рта человека микроорганизмы должны прикрепиться к поверхности слизистой оболочки или зуба. Первый этап адгезии эффективнее происходит у бактерий с повышенной гидрофобностью. В частности, оральные стрептококки адсорбируются как на поверхности зубов, так и на эпителиальных клетках слизистой оболочки. Значительную роль в пр цессе адгезии играют фимбрии или пили, имеющиеся у многих оральных микроорганизмов. Особенности строения адгезинов во многом определяют локализацию микробов в полости рта. Так, Streptococcus sanguis достаточно прочно фиксируются на поверхности зуба, а Streptococcus salivarium — на поверхности эпителиальных клеток слизистой оболочки.
Прикрепление бактерий к поверхности зуба происходит очень быстро. Многие микробные клетки сами не способны прикрепляться непосредственно к зубной эмали, но могут оседать на поверхности других бактерий, уже адгезировавшихся, образуя связь «клетка к клетке». Оседание кокков по периметру нитевидных бактерий приводит к образованию так называемых «кукурузных початков». Возникновение микробных ассоциаций в разных областях ротовой полости определяется биологическими особенностями обитающих здесь видов, между которыми возникают как синергические, так и антагонистические отношения. Например, молочная кислота, образовавшаяся в результате метаболизма оральных стрептококков и лактобактерий, используется в качестве энергетического ресурса вейллонеллами, что приводит к повышению значения рН среды и может оказывать противокариозное действие. Коринебактерии образуют витамин К — фактор роста многих других бактерий, а дрожжи рода Candida способны синтезировать витамины, необходимые для роста лактобактерий. Последние в процессе своего обмена образуют молочную кислоту, которая, закисляя среду, препятствует адгезии и колонизации дрожжей, что в свою очередь приводит к снижению количества витаминов, необходимых для многих микроорганизмов, и задержке их роста.
Оральные стрептококки являются антагонистами фузобактерий, коринебактерий и др. Этот антагонизм связан с образованием молочной кислоты, перекиси водорода, бактериоцинов. Молочная кислота, образуемая оральными стрептококками, подавляет рост многих микроорганизмов, способствуя тем самым размножению лактобактерий. Коринебактерии, снижая значение окислительно-восстановительного потенциала, создают условия для роста факультативных и строгих анаэробов в аэробных условиях. В десневых карманах, складках слизистой оболочки, криптах уровень кислорода значительно снижен. Это создает благоприятные условия для развития строгих анаэробов — фузобактерий, бактероидов, лептотрихов, спирохет. В 1 мл слюны может содержаться до 100 млн анаэробных микроорганизмов.
На количественный и качественный состав оральной микрофлоры во многом влияет состав пищи: повышенное количество сахарозы приводит к увеличению доли стрептококков и лактобактерий, в то время как глюкоза таким действием не обладает. Распад пищевых продуктов способствует накоплению в слюне и десневой жидкости углеводов, аминокислот, витаминов и других веществ, используемых микроорганизмами в качестве питательных субстратов. Однако микроорганизмы не исчезают из полости рта даже при кормлении человека через зонд. На состав микрофлоры полости рта и других биотопов во многом влияет состояние иммунной, гормональной, нервной и других систем, применение некоторых лекарственных препаратов, в частности антибиотиков, которые нарушают стабильность микрофлоры. Определенную роль в изменении состава микробных ассоциаций играет гигиена полости рта.
