Еще весной 1991 года М.С. Горбачев обещал автономным республикам, краям и областям прямое участие в подписании договора о Содружестве Суверенных Государств на равных правах с союзными республиками. Б.Н. Ельцин пошел дальше, предлагая руководителям автономий брать столько полномочий, сколько они смогут «проглотить». В результате все автономные республики объявили себя суверенными государствами (первым декларацию о государственном суверенитете принял Татарстан). В республиках были проведены выборы президентов, приняты национальные конституции. Наиболее остро вопрос о суверенитете ставили республики, обладающие большими природными запасами (Татарстан – нефти, Якутия – алмазов и т.д.). Они требовали права контроля над недрами и возможности распоряжаться самостоятельно природными ресурсами. Таким образом, после распада СССР, казалось, наступила очередь России. Тем более что дистанцирование от центра первыми начали проводить сами российские лидеры, положившие начало центробежным тенденциям.
В результате долгих и трудных переговоров, 31 марта 1992 года был подписан Федеративный договор, определивший взаимоотношения между субъектами Российской Федерации. Согласно договору земля, недра, природные ресурсы провозглашались фактически совместной собственностью федеральных органов власти и органов власти субъектов Федерации. Субъекты Федерации получали право распоряжения своими природными богатствами, но федеральные органы власти должны были контролировать их международную и внешнеэкономическую деятельность. Признавался государственный суверенитет субъектов Федерации, но они не имели права выхода из состава России.
Большинство республик удовлетворилось частичными уступками центральных властей – договор был подписан всеми автономиями, за исключением Татарстана и Чечни. Президент Татарстана М. Шаймиев добился подписания (февраль 1994 г.) отдельного договора, предоставившего вопросы пользования землей, природными ресурсами, предприятиями.
Наиболее острые формы конфликт принял в Чечне. В августе 1991 г. в Чечено-Ингушской республике начались митинги и демонстрации с требованием отставки Верховного Совета Чечено-Ингушетии. Правительство России первоначально расценило эти выступления как борьбу демократических сил против коммунистического правительства, поддержавшего ГКЧП. Верховный Совет был распущен, новое руководство Чечни заявило о независимости ее от России. Президентом стал генерал Д. Дудаев, который провозгласил создание независимой чеченской республики Ичкерия (Ингушетия выделилась в самостоятельную республику в составе России). Чеченцы захватили имущество и вооружение Советской Армии на территории республики, блокировали железные дороги и автомагистрали. Оказался перерезанным нефтепровод из Баку в Новороссийск, началось массовое выселение русского населения с территории.
Занятые политической борьбой российские власти до 1994 г. не занимались чеченскими проблемами.
В 1994 г. федеральные власти попытались использовать внутреннюю борьбу между различными политическими силами в Чечне, заняв позицию поддержки группировки, ориентированной на союз с Россией. С этой целью в декабре 1994 г. для наведения конституционного порядка были введены войска. Их ввод привел к полномасштабной войне, продолжавшейся до августа 1996 г. Попытки противопоставить Д. Дудаеву другого чеченского лидера Д. Завгаева не увенчались успехом. Более того, боевые действия, массированные бомбардировки населенных пунктов г. Грозного вызвали противодействие большинства населения. Чеченские боевики практиковали такие варварские методы ведения войны, как захват заложников (в июне 1995 г. в г. Буденовске Ставропольского края; январе 1996 г. в г. Кизляре, в Дагестане). В преддверии президентских выборов1996 г. Б.Н. Ельцин совершил однодневную поездку в Грозный, где подписал указ о прекращении боевых действий, заявив, что война закончилась и вооруженные силы сепаратистов разгромлены.
Летом 1996 г. секретарь Совета безопасности А. Лебедь начал переговоры с начальником штаба вооруженных формирований Чечни А. Масхадовым, возглавившим чеченское сопротивление после гибели Д. Дудаева. В 1996 года, 31 августа, в г. Хасавюрте (Дагестан) было подписано совместное Заявление о прекращении военных действий в Чечне. Согласно ему вопрос о статусе Чечни должен быть решен до 31 декабря 2001 года. Война закончилась, в ней погибло около 4,5 тыс. российских военнослужащих и 703 пропали без вести.
Рост влияния А. Лебедя вызвал недовольство окружения президента и в октябре 1996 года указом Б.Н. Ельцина А. Лебедь был освобожден от обязанностей Секретаря Совета Безопасности. Российские войска были выведены из Чечни, что означало поражение России. Сторонники Завгаева были брошены на произвол судьбы, большая часть их была арестована, многие уничтожены. В самой России война вызвала крайне негативную реакцию. В марте 1997 года президентом Чеченской республики Ичкерия был избран А. Масхадов. Он стал проводить курс на достижение независимости от России. В конкретных условиях того времени признание независимости Чечни могло вызвать усиление сепаратистских тенденций в других регионах России. Затягивание решения проблемы рано или поздно вело к новому противостоянию. В августе 1999 г. отряды чеченских боевиков вторглись на территорию Дагестана с целью расширения конфликта. Почти одновременно в Москве, Волго-Донске прогремели взрывы жилых домов. Ответной реакцией федеральных властей на террористические акты стал ввод войск в Чечню. К началу марта 2000 г. Вооруженные силы России разгромили основные группировки чеченских боевиков.
