С юридической точки зрения события октября 1993 года противоречили действовавшей на тот момент Конституции. До этих событий между президентом и Верховным Советом возникли серьёзные разногласия. Ещё в марте 1993 года Ельцин планировал ввести так называемый ОПУС в том случае, если депутаты выскажут недоверие президенту. Однако этого не понадобилось.
21 сентября был издан указ 1400. В тот же день Конституционный суд признал указ неконституционным и Верховный Совет назначил временно исполняющим обязанности президента А. В. Руцкого, однако фактически Б. Н. Ельцин продолжал исполнять обязанности Президента. С 22 сентября по распоряжению Ельцина здание Верховного Совета было блокировано милицией и отключено от воды и электроэнергии. Таким образом депутаты оказались на осадном положении.
Выступления граждан на улицах 3—4 октября, последовавшие за штурмом московской мэрии и телецентра Останкино сторонниками Руцкого 3 октября, жестоко подавлялись. Ранним утром 4 октября в Москву были введены войска, затем последовал обстрел Дома Советов, а после 17 часов — капитуляция его защитников. В ходе этих событий с обеих сторон погибло, по данным следствия, 123 человека, из них ни одного депутата.
Конституционная реформа
12 декабря 1993 года состоялись выборы в Совет Федерации и в Государственную Думу, а также всенародный референдум о принятии проекта новой Конституции. 20 декабря ЦИК России объявил результаты референдума: «за» проголосовало 32,9 млн избирателей, против — 23,4 млн. Конституция была принята, так как в соответствии с действующим при проведении референдума указом Президента Ельцина от 15 октября 1993 № 1633 «О проведении всенародного голосования по проекту Конституции Российской Федерации» для вступления в силу новой Конституции необходимо абсолютное большинство голосов. Впоследствии были попытки оспорить результаты этого голосования в Конституционном Суде Российской Федерации, однако Суд отказал в рассмотрении дела.
Новая Конституция Российской Федерации предоставила Президенту значительные полномочия, в то время как полномочия Парламента были значительно сокращены. Конституция после опубликования 25 декабря в Российской газете вступила в силу. 11 января 1994 года начали работу обе палаты Федерального Собрания, конституционный кризис закончился.
В начале 1994 года Ельцин инициировал подписание договора об общественном согласии и договора о разграничении полномочий с Татарстаном, а затем — и с другими субъектами Федерации.
По мнению О. А. Платонова, Ельцин и его ближайшее окружение в 1993—1994 гг. не исключали также возможности реставрации в России монархии с провозглашением монархом несовершеннолетнего правнука Великого князя Кирилла Владимировича — Георгия Михайловича. Ельцину и его соратникам отводилась в случае реализации этого проекта роль «коллективного регента» при Георгии; этот ход сторонникам идеи реставрации монархии виделся как одна из «легитимных» возможностей сохранения власти, «без риска выборов».
Чеченский конфликт
Ещё в сентябре 1991 года люди Дудаева разгромили в Грозном Верховный Совет Чечено-Ингушетии, председателем которого был сторонник ГКЧП Докку Завгаев. Председатель Верховного Совета России Руслан Хасбулатов после этого отправил им телеграмму «С удовольствием узнал об отставке ВС республики». После распада СССР Джохар Дудаев объявил о выходе Чечни из состава Российской Федерации и о создании Республики Ичкерии.
И даже после этого, когда Дудаев прекратил платить налоги в общий бюджет и запретил сотрудникам российских спецслужб въезд в республику, федеральный центр официально продолжал перечислять Дудаеву деньги. В 1993 году на Калининградскую область было выделено 140 млн рублей, на Чечню 10,5 млрд рублей.
Российская нефть до 1994 года продолжала поступать в Чечню. Дудаев за неё не платил, а перепродавал за рубеж. Также Дудаеву досталось много оружия: 2 пусковые ракетные установки сухопутных войск, 42 танка, 34 БМП, 14 БТР, 14 легкобронированных тягача, 260 самолётов, 57 тысяч единиц стрелковой техники и много другого оружия.
Так, представитель партии «Яблоко» в 1999 году обвинила Ельцина в том, что в Чеченской республике имеются многочисленные случаи похищения людей: «Он, Президент Ельцин, виновен в том, что в год, когда все мировое сообщество отмечало 50-летие Декларации прав человека и он, Президент Ельцин, объявил в России год защиты прав человека, в России на рубеже третьего тысячелетия возрождена работорговля, возрождено крепостное право. Я имею в виду тех 500 наших ребят, которые пленены и каждый день это количество пленённых, к сожалению, не уменьшается, а возрастает… Это он, Президент Ельцин, виноват в том, что одной из моих избирательниц в День праздника международной солидарности трудящихся позвонили из Чечни, из Грозного, и предложили выкупить своего сына за 30 тысяч долларов, либо обменять на одного из пленённых чеченцев в российских тюрьмах, осуждённых чеченцев».
30 ноября 1994 года Б. Н. Ельцин принял решение о вводе войск в Чечню и подписал секретный указ № 2137 «О мероприятиях по восстановлению конституционной законности и правопорядка на территории Чеченской Республики», начался чеченский конфликт.
11 декабря 1994 года на основании указа Ельцина «О мерах по пресечению деятельности незаконных вооружённых формирований на территории Чеченской Республики и в зоне осетино-ингушского конфликта» начался ввод войск в Чечню. Многие непродуманные действия привели к большим жертвам как среди военного, так и среди гражданского населения: десятки тысяч человек погибли и сотни тысяч были ранены. Часто происходило так, что во время военной операции или незадолго до неё из Москвы приходил приказ об отбое. Это давало возможность чеченским боевикам перегруппировать свои силы. Первый штурм Грозного был непродуманным и привёл к большим жертвам: погибло и пропало без вести свыше 1500 человек, в плен попало 100 российских военнослужащих.
В июне 1995 года, во время захвата отрядом боевиков под руководством Ш.Басаева больницы и родильного дома в Будённовске, Ельцин находился в Канаде, и решил не прекращать поездку, предоставив возможность Черномырдину урегулировать ситуацию и вести переговоры с боевиками, вернулся только после завершения всех событий, уволил руководителей ряда силовых ведомств и губернатора Ставропольского края. В 1995 году в Конституционном Суде РФ законность указов № 2137 и № 1833 была оспорена группой депутатов Государственной Думы и Советом Федерации. По мнению Совета Федерации, оспариваемые им акты составили единую систему и привели к неправомерному применению Вооружённых Сил РФ, поскольку их использование на территории Российской Федерации, а также иные предписанные в этих актах меры юридически возможны лишь в рамках чрезвычайного или военного положения. В запросе подчёркивается, что результатом этих мер явились незаконные ограничения и массовые нарушения конституционных прав и свобод граждан. По мнению группы депутатов Государственной Думы использование оспоренных ими актов на территории ЧР, повлёкшее значительные жертвы среди гражданского населения, противоречит Конституции РФ и международным обязательствам, принятым на себя Российской Федерацией. Конституционный Суд прекратил производство по делу о соответствии указа № 2137 Конституции Российской Федерации без рассмотрения по существу, поскольку этот документ был признан утратившим силу 11 декабря 1994 года.
В августе 1996 года чеченские боевики выбили федеральные войска из Грозного. После этого были подписаны Хасавюртовские соглашения, которые многими рассматриваются как предательские.
