Система власти во Флорентийской республике-коммуне была основана на сосуществовании самых разных учреждений и институтов — как по своему происхождению, так и по порядку образования. Строгого распределения полномочий между ними также не было, скорее было различие функций — причем не только государственного, но и обычного коммунального содержания. При этом, согласно городским уставам 1250, 1282 и 1293 гг. (последний — «Установления справедливости» — надолго стал фактически конституцией коммуны), определяющее политическое влияние сохранили цеховые объединения полноправных граждан Флоренции. Государственная организация тесно переплеталась с самоуправлением.
Номинально высшим правительственным учреждением республики была коллегия правителей (с 1282 г. — приоров, приорат). Их выбирали путем сложной двойной и тройной процедуры по кварталам города (по 4 от двух кварталов и по 2 от трех). В основных государственных решениях коллегия была обязана советоваться со старейшинами цехов, т. н. ректорами или консулами. Старейшин выбирали цеховые мастера на 6 месяцев, приоров — на 2, и ни те, ни другие не могли переизбираться. Решения по новым налогам обязательно требовали согласия цехов. Законодательные решения приората нуждались в особом одобрении других народных представительств и должностных лиц.
Роль главы исполнительной власти, по сути главы республики, выполнял подестá (должность учреждена в конце XII в.). Вначале это был исключительно глава обороны города и его внешней безопасности. Его даже обязательно приглашали из негородских жителей, чаще — знатных феодалов (специальная комиссия изучала кандидатов) на полгода или год. Город предоставлял подеста дворец, охрану-гвардию, денежное содержание. Его имя ставилось в заглавии городских актов, он считался главой городской юстиции, он возглавлял прием послов. Однако далеко не все сферы городской жизни и даже исполнительной власти были в его руках. Рядом с ним (с 1292 г.) была учреждена должность капитана и защитника народа, выдвигавшегося органами самоуправления и исключительно из «пополанов». Капитан считался главой цехового и народного ополчения, он же исполнял отдельные правительственные поручения, иногда действия по конкретным декретам приората. Он обладал специальной административной и судебной компетенцией, управлял финансовыми делами.
Ни подеста, ни капитан не могли управлять самостоятельно. Рядом с ними существовали советы: при подеста — Совет коммуны, при капитане — Совет народа. Первый представлял как бы весь город, и в его состав могли входить гранды. Второй был только народным, пополанским представительством. Совет народа (в числе до 150 чел.) избирался на год особой комиссией из членов правительства и особых советников; каждый квартал имел право на определенное число голосов (запрещалось только избирать одновременно родственников). Совет коммуны был более многочислен (в XIII в. — 300 членов: по 50 от квартала). Однако собрания в нем были жестко дисциплинированы. Регламентировалось время начала и конца слушаний, число ораторов. Под угрозой больших штрафов запрещалось прерывать оратора, уходить с собрания, говорить с места. Дела управления решались путем голосования при необычной процедуре — вставанием (сидя — «за», поднявшись с места — «против»).
Требование жесткой законности действий городских властей стало еще одной чертой республиканско-коммунального устройства. Граждане обязаны были соблюдать законы города и конституцию. Со знати даже брали особую подписку о соблюденииих за себя и семью под угрозой изгнания и большого штрафа. Для контроля за действиями правительства и должностных лиц создавались особые комиссии административной проверки: своя — для проверки действий приоров, свои — для подеста, для капитана. Наибольшее значение имел надзор за подеста, для чего Совет избирал особых синдиков. В случае жалоб граждан на то, что должностные лица вышли за пределы своей компетенции, устанавливался 15-дневный срок рассмотрения и возражений на это обвинение.
При различных должностных лицах создавались также особые профессиональные магистратуры. Наиболее важными были финансовые консулы (которых выдвигали цехи менял и импортеров шерсти). В их ведении были дела о сборе налогов, пошлин и т. д. А также чиновники общественного продовольствия, ведавшие закупками для города продуктов.
Совершенно особую роль в городских учреждениях играл гонфалоньер правосудия, избиравшийся народом. Он вместе с подеста рассматривал судебные дела и, как считалось, выступал защитником граждан и городских вольностей. В случае, благоприятном для гражданина, его вмешательство было безусловной защитой. В этом гонфалоньер как бы повторил значение народного трибуна эпохи классического Рима. Однако гонфалоньер также обязан был брать на себя руководство народным судом, когда преступление было очевидным и общество требовало саморасправы над преступником. В тяжких преступлениях гонфалоньер выступал как инициатор изгнания, конфискации имущества, лично руководил особой акцией — срытием дома (для чего при нем существовал даже особый отряд рабочих-саперов).
К XV в. многие учреждения и институты городской коммуны обрели новый вид и даже названия, но соотношение функций и переплетение полномочий остались прежними. При организации высших правительственных коллегий вошло в практику общее избирательное право лиц старше 24 лет, включенных в списки цехов (реально это было до 3 % жителей). После утверждения правления Медичи основная власть сосредоточилась в особых Совете ста и Совете 70-ти. За органами народного представительства сохранилась преимущественно роль совещательная и «одобрительная».