Согласно пп. 4 п. 5 ст. 169 НК РФ во всех случаях получения предоплаты при выставлении счетов-фактур необходимо указывать номер платежного документа. Исключений для этого правила ст. 169 НК РФ не предусмотрено.
Кроме того, с 01.01.2010 вступили в силу изменения, внесенные в п. 2 ст. 169 НК РФ, согласно которым ошибки в счетах-фактурах, не препятствующие налоговым органам при проведении проверки идентифицировать продавца, покупателя товаров (работ, услуг), имущественных прав, наименование товара (работ, услуг), имущественных прав, их стоимость, а также ставку налога, не являются основанием для отказа в вычете НДС.
Официальной позиции нет.
Есть примеры судебных решений, в которых суды признавали допустимым применить налоговый вычет по счетам-фактурам, в которых этот реквизит не был указан, а оплата поступала авансом. В одном случае суд принял доводы налогоплательщика, который разъяснил, что в момент составления счетов-фактур он не имел объективной возможности определить, каким платежным поручением какой счет-фактура оплачен. В другом случае перечисление аванса осуществлялось третьим лицом по указанию покупателя. Кроме того, есть судебное решение, в котором отмечено, что отсутствие в счете-фактуре номера платежного поручения не препятствует применению вычета, поскольку аванс был уплачен лишь частично.
Подробнее см. документы
Постановление ФАС Поволжского округа от 14.07.2008 по делу N А55-18472/07
Отсутствие в счете-фактуре номера платежного поручения при наличии авансов суд не принял в качестве основания для отказа в применении вычетов, поскольку аванс был уплачен лишь частично, а иные условия для применения вычета соблюдены.
Постановление ФАС Московского округа от 15.02.2006 N КА-А40/388-06 по делу N А40-58292/05-118-587
Суд подтвердил право налогоплательщика на вычет в случае, когда в счете-фактуре не был указан номер платежно-расчетного документа, но поставщик получал предоплату. Суд признал, что у налогоплательщика не было объективной возможности указать в счете-фактуре номер такого документа. Взаимоотношения сторон были построены таким образом, что учет поступившей предоплаты по конкретным счетам-фактурам осуществлялся при составлении акта зачета взаимных требований в конце месяца, т.е. до составления такого акта стороны не могли определить, какой счет-фактура каким платежным документом оплачен.
Постановление ФАС Северо-Западного округа от 27.12.2006 по делу N А13-1596/2006-28
Суд установил, что оплата товара покупателем произведена до его отгрузки путем перечисления денежных средств на расчетный счет третьего лица на основании письма продавца. Указанное письмо в целях пп. 4 п. 5 ст. 169 НК РФ не является платежно-расчетным документом, поскольку свидетельствует об указании контрагента о перечислении денежных средств на расчетный счет третьего лица. Вместе с тем платежные поручения о перечислении денежных средств на расчетный счет третьего лица без письменного указания поставщика не являются платежно-расчетными документами, подтверждающими оплату счета-фактуры. Суд пришел к выводу о том, что отсутствие в счете-фактуре ссылки на письмо продавца и на платежные поручения не может быть расценено как отсутствие ссылки на платежно-расчетный документ, поэтому счет-фактура соответствует требованиям ст. 169 НК РФ.