Ситуация актуальна для отношений, возникших до 01.01.2012.
Порядок и срок признания расходов на НИОКР изменялся дважды.
До 01.01.2006 расходы на НИОКР, которые дали положительный результат, учитывались в течение трех лет с момента завершения работ (абз. 2 п. 2 ст. 262 НК РФ), а на НИОКР, не давшие положительного результата, включались в состав расходов в размере 70 процентов от фактически произведенных затрат также в течение трех лет (абз. 3 п. 2 ст. 262 НК РФ).
С 2006 г. (с вступлением в силу Федерального закона от 06.06.2005 N 58-ФЗ) затраты на НИОКР, которые дали положительный результат, включались в состав расходов в течение двух лет с момента завершения работ (абз. 2 п. 2 ст. 262 НК РФ), а на НИОКР, не давшие положительного результата, - в полном размере, но в течение трех лет (абз. 3 п. 2 ст. 262 НК РФ).
С 2007 г. (после вступления в силу Федерального закона от 27.07.2006 N 144-ФЗ) признавать расходы на НИОКР (как в случае положительного результата, так и в случае его отсутствия) следует равномерно в течение года с момента завершения этих работ (абз. 2 и 3 п. 2 ст. 262 НК РФ).
Переходных положений ни Федеральный закон от 06.06.2005 N 58-ФЗ, ни Федеральный закон от 27.07.2006 N 144-ФЗ не предусматривают.
Налоговый кодекс РФ также не содержит разъяснений по данному вопросу.
По данному вопросу есть две точки зрения.
Согласно официальной позиции расходы на НИОКР признаются в том порядке, который существовал на момент их завершения. Если налогоплательщик уже начал учитывать расходы на проведенные НИОКР, он не может менять порядок их признания и пересчитывать сроки признания таких расходов.
Аналогичное мнение высказывают и некоторые авторы.
Альтернативная позиция высказана сотрудниками финансового ведомства в авторских консультациях. Она заключается в том, что налогоплательщик после вступления в силу норм, предусматривающих новый порядок списания расходов, может применять этот порядок, несмотря на то, что расходы на НИОКР начали учитываться по старым правилам. В этом случае налогоплательщик должен произвести перерасчет расходов, исходя из новых правил их признания.
Такая же точка зрения высказана и некоторыми авторами.
Судебной практики нет.
Подробнее см. документы
Позиция 1. Новый порядок признания расходов не применяется, если НИОКР были завершены до вступления в силу изменений
Письмо Минфина России от 16.11.2005 N 03-03-04/1/370
Финансовое ведомство разъясняет, что расходы на НИОКР, которые были завершены до 2006 г., признаются по правилам, действующим на момент их завершения. Налогоплательщик не может применять новый порядок к расходам на НИОКР, которые он начал учитывать до этой даты.
Аналогичные выводы содержит...
Консультация эксперта, 2006
Статья: Проблемы признания расходов на НИОКР в налоговом учете ("Российский налоговый курьер", 2006, N 21)
Статья: Расходы на НИОКР ("Бухгалтерское приложение к газете "Экономика и жизнь", 2006, N 19)
Статья: Прибыль за первый квартал - как бы чего не упустить... ("Новая бухгалтерия", 2006, N 4)
Консультация эксперта, 2006
По мнению автора, если списание расходов на НИОКР началось до 1 января 2006 г. и срок списания до этой даты еще не истек, в данной ситуации необходимо применять прежний порядок признания расходов.
Статья: Как учесть доходы и расходы будущих периодов в налоговом учете ("Российский налоговый курьер", 2006, N 8)
По мнению автора, если НИОКР были завершены до 2006 г., то новый порядок признания расходов по ним не применяется.
Позиция 2. Новый порядок признания расходов применяется к расходам на НИОКР, которые были завершены до вступления в силу изменений
Консультация эксперта, 2005
По мнению автора, организация может применять двухгодичный срок списания расходов на НИОКР, несмотря на то, что эти расходы начали учитываться по правилам, действующим в 2005 г. В этом случае налогоплательщик может пересчитать суммы ежемесячно списываемых расходов начиная с 1 января 2006 г. и полностью списать затраты в течение двух лет.
КонсультантПлюс: Практический комментарий основных изменений налогового законодательства с 2007 года
По мнению автора, организация вправе применить одногодичный срок признания расходов на НИОКР также и по тем работам, которые были завершены до 1 января 2007 г. и расходы по которым уже начали равномерно признаваться. По тем НИОКР, расходы на которые еще не признаны полностью, можно пересчитать срок на одногодичный с 1 января 2007 г. Это значит, что по НИОКР, оставшийся срок признания расходов на которые по состоянию на 1 января 2007 г. составляет более года, несписанную часть расходов можно равномерно признать в течение 2007 г. А по НИОКР, оставшийся срок признания которых составляет менее года, нужно признавать расходы в прежнем порядке.
Статья: НИОКР: менять договоры ради будущей выгоды? ("Учет. Налоги. Право", 2006, N 34)
По мнению автора, налогоплательщик может сократить до одного года срок списания расходов, которые он начал учитывать до 2007 г.