Налоговый кодекс РФ не содержит разъяснений по данному вопросу.
По данному вопросу есть две точки зрения.
Официальной позиции нет.
Есть примеры судебных решений, из которых следует, что невыделение НДС в акте приема-передачи векселя не может являться основанием для отказа в применении вычета.
В то же время есть судебные решения, согласно которым основанием для отказа в применении вычета НДС является невыделение налога отдельной строкой в акте приема-передачи векселя.
Подробнее см. документы
Позиция 1. Право на вычет есть
Постановление ФАС Западно-Сибирского округа от 17.04.2006 N Ф04-1767/2006(21278-А46-34) по делу N 23-931/05
Суд установил следующее: акт приема-передачи векселей, в котором отсутствует ссылка на счет-фактуру и не выделен НДС, не свидетельствует о неуплате налога, поскольку в дополнительном соглашении к договору поставки прямо указано на то, что данный вексель передается именно в счет оплаты товара.
Постановление ФАС Западно-Сибирского округа от 13.10.2005 N Ф04-7165/2005(15749-А46-23)
Суд указал, что, если в акте приема-передачи векселя сумма НДС не выделена и налог фактически уплачен, это не является основанием для отказа в налоговом вычете.
Постановление ФАС Московского округа от 23.07.2007, 30.07.2007 N КА-А40/6001-07 по делу N А40-70581/06-90-428
Суд указал, что отказ в вычете на основании невыделения НДС отдельной строкой в акте приема-передачи векселей неправомерен, так как акты приема-передачи и сами векселя не являются ни расчетными, ни первичными учетными документами. Поэтому НДС в них отдельной строкой не выделяется.
Постановление ФАС Поволжского округа от 09.10.2007 по делу N А55-3956/06-3
Суд сделал следующий вывод: если в акте приема-передачи векселя НДС не выделен отдельной строкой, это не говорит о том, что налог не был уплачен. Переданными векселями налогоплательщик оплатил не только стоимость товара, но и НДС
Постановление ФАС Уральского округа от 02.07.2008 N Ф09-4702/08-С2 по делу N А76-26719/07
Суд отклонил довод налогового органа о том, что в актах приема-передачи векселей сумма НДС не выделена отдельной строкой, так как это не предусмотрено ст. 9 Федерального закона "О бухгалтерском учете".
Позиция 2. Права на вычет нет
Постановление ФАС Уральского округа от 09.06.2009 N Ф09-3758/09-С2 по делу N А47-2053/2008АК-31
Суд признал законным отказ обществу в вычете, поскольку в актах приема-передачи векселей не был выделен НДС.
Постановление ФАС Уральского округа от 13.03.2006 N Ф09-1365/06-С2 по делу N А60-22520/05
Суд указал, что, так как акты приема-передачи векселей не содержат необходимых реквизитов (нет ссылки на договор с поставщиком и соответствующие счета-фактуры, не указано наименование товара, НДС не выделен отдельной строкой), налогоплательщику правомерно отказано в применении налоговых вычетов.
