Налоговый кодекс РФ не содержит разъяснений по данному вопросу.
По данному вопросу существует две точки зрения.
Согласно официальной позиции, выраженной Минфином России, УМНС России по Московской области, возлагать на субарендатора обязанность по исполнению функций налогового агента нельзя. Есть работы авторов, подтверждающие данную точку зрения.
В то же время есть судебные решения, в которых субарендатор был признан налоговым агентом, поскольку на него были возложены обязанности согласно условиям договора, и привлечен к ответственности за их неисполнение.
Подробнее см. документы
Позиция 1. Возлагать обязанность налогового агента на субарендатора неправомерно
Письмо Минфина России от 15.01.2010 N 03-07-11/05
Разъяснено, что порядок уплаты НДС, установленный п. 3 ст. 161 НК РФ, применяется только в случае предоставления имущества в аренду органами государственной власти и управления и органами местного самоуправления. При передаче в субаренду такого имущества уплату в бюджет НДС производят организации - арендаторы данного имущества.
Письмо УМНС России по Московской области от 09.08.2004 N 06-18/15826 "О порядке исчисления налога на добавленную стоимость от арендной платы"
На субарендатора нельзя возложить обязанность по исполнению функций налогового агента, поскольку такие функции возлагаются только на организацию, непосредственно арендующую федеральное или муниципальное имущество у органов государственной власти и управления или органов местного самоуправления.
Консультация эксперта, 2011
По мнению автора, если организация предоставляет арендованное госимущество субарендатору, налоговым агентом по НДС будет организация - первоначальный арендатор, с которой напрямую заключен договор аренды.
Аналогичные выводы содержит...
Консультация эксперта, 2011
Статья: Об уплате НДС налоговыми агентами ("Налоговый вестник", 2005, N 6)
Автор разъясняет порядок налогообложения операций по сдаче федерального или муниципального имущества в субаренду. При сдаче первым арендатором федерального или муниципального имущества в субаренду НДС с доходов по субаренде исчисляется субарендодателем в общеустановленном порядке. Субарендатор перечисляет денежные средства непосредственно субарендодателю, который исчисляет с полученного дохода НДС. Одновременно субарендодатель выполняет обязанность по уплате НДС в качестве налогового агента.
Позиция 2. Арендатор вправе переложить обязанность налогового агента по перечислению налога в бюджет на субарендатора
Постановление ФАС Западно-Сибирского округа от 03.04.2007 N Ф04-1963/2007(33063-А70-7) по делу N А70-4012/13-2006 (Определением ВАС РФ от 31.07.2007 N 8931/07 отказано в передаче данного дела в Президиум ВАС РФ)
Суд пришел к следующему выводу: предприниматель (как налоговый агент) обязан самостоятельно определить базу по НДС, исчислить и уплатить в бюджет сумму налога, поскольку он является фактическим пользователем муниципального имущества и рассчитывается за субаренду с собственником.
Постановление ФАС Западно-Сибирского округа от 30.03.2006 N Ф04-1929/2006(21135-А70-19) по делу N А70-10809/14-05
Договором предусмотрено, что исчисление налога на добавленную стоимость производится субарендатором по расчетной налоговой ставке 16,67 процентов с налоговой базы и уплачивается на счет отделения федерального казначейства. Поскольку субарендатор не перечислил налог в бюджет, суд посчитал правомерным привлечение субарендатора к ответственности по ст. 123 НК РФ за неисполнение обязанностей налогового агента, возложенных на него в соответствии с условиями договора.