Валовый выброс загрязняющих веществ в атмосферу в 1998г. составил 888,8 тыс. т (на 14,4% меньше, чем в 1997г.), из них от стационарных источников - 83,6 тыс. т., что на 196,58 тыс. т. меньше, чем в 1989г. Стационарные источники по-прежнему продолжают оказывать негативное воздействие на атмосферный воздух широким спектром вредных веществ, многие из которых относятся к первому и второму классам опасности и способны даже малыми количествами нанести значительный ущерб окружающей природной среде и здоровью людей. Основными источниками загрязнения являются ТЭЦ, котельные и особенно автотранспорт, насчитывающий к настоящему времени более 967 тыс. единиц, выброс от которых составляет до 88% от суммарной массы выброшенных в атмосферу загрязняющих веществ. Наиболее остро стоит проблема загрязнения атмосферного воздуха в городах Краснодаре и Новороссийске; среднегодовая концентрация формальдегида в этих городах составила соответственно 5 и 7 ПДК, фенола - до 4,8 ПДК (города Краснодар). На основании многочисленных наблюдений города Новороссийск и Краснодар включены в приоритетный список городов Российской Федерации с самым высоким уровнем загрязнения воздуха. Комплексный показатель загрязнения воздушного бассейна в городе Армавире превышает допустимый более, чем в 2 раза. Атмосферный воздух в городе Туапсе значительно загрязнен оксидами углерода (максимум зарегистрирован на уровне 4,6 ПДК) и диоксидом азота, среднегодовая концентрация которого превышала допустимую в 1,2 раза. Во многих крупных и курортных городах края отмечено превышение предельно допустимых концентраций вредных веществ в атмосферном воздухе от 1,5 до 6 раз. Высокий уровень загрязнения воздушного бассейна и урбанизированных территорий Краснодарского края подтверждают данные Росгидромета.
По-прежнему сложной остается экологическая обстановка в бассейне реки Кубань, что в первую очередь обусловлено влиянием транзитного переноса загрязняющих веществ от источников, расположенных за пределами края. Так, доля каждой из сопредельных территорий в общей массе сбрасываемых в составе сточных вод загрязняющих веществ в 1998г. составила соответственно: Республика Карачаево-Черкесия - 30%, Ставропольский край - 21,1%, Республика Адыгея - 13,9%, Краснодарский край - 35%. В приграничных створах уровень загрязнения вод нефтяными углеводородами, железом, хромом превышал допустимый в 1,2; 2,6; 2,5 раза соответственно.
По данным государственного водного кадастра, объем загрязненных сточных вод, сбрасываемых в природные водные объекты за период с 1989 по 1998 гг., сократился на 1,42 млрд. м3, а по сравнению с 1997г. снизился всего на 0,53 млрд. м3, за счет сокращения сброса с рисовых систем коллекторно-дренажных вод и составил в 1998г. 1,91 млрд. м3. Масса загрязняющих веществ, сброшенной со сточными водами за 10-летний период снизилась на 45% и составила 211,4 тыс. т.
Основными загрязняющими веществами поверхностных вод суши являются соединения меди, среднегодовые концентрации которых варьировали в пределах 2-12 ПДК; соединения железа - 1-24 ПДК; нефтепродукты 3-6 ПДК; нитриты - на уровне 1-2 ПДК; на отдельных участках содержание органических веществ превышало допустимое в 2 раза. В дельте реки Кубани воды были несколько чище, чем в 1997г. Однако, уровень основных загрязняющих примесей оставался выше допустимого: соединения меди и железа - 3 ПДК, максимальные концентрации нефтепродуктов на отдельных участках отмечались на уровне 23, 26 и 29 ПДК; увеличилось содержание ртути в воде. Периодически по всей Кубани и на притоках регистрировались (единичные случаи) хлорорганические пестициды и фосфорорганические соединения. Качество воды рек бассейна Кубани и Восточного Приазовья оценивалось в 1998г. по семибалльной шкале, в основном, IV - "загрязненная", а рек Черноморского побережья - III - "умеренно-загрязненная" и IV- "загрязненная" классами чистоты, Азовского моря - II, III и IV классами. Анализ результатов мониторинга морской среды за последние 10 лет показал, что качество вод в этот период оценивалось в основном II - "чистая" и III - "умеренно - загрязненная" классами чистоты. К основным загрязняющим веществам относятся: нефтяные углеводороды, растворенная ртуть, азот нитритов.
Состояние экосистем Черного и Азовского морей за последние годы оценивается как неблагополучное. Анализ данных экологических исследований и мониторинга в акваториях Черного и Азовского морей, проводимых силами специалистов морской наблюдательной сети Росгидромета, позволяет сделать вывод, что экологическое состояние прибрежных зон и районов в близи устьев рек приближается к критическому уровню. По результатам ранжирования 13-ти внутренних и окраинных морей РФ, проведенного с учетом степени деградации их экосистем за период 1990-1995 гг. Азовское море занимает первое место. Черное - второе.