С распадом СССР, сменой экономического и политического курса и началом экономических реформ в начале 90-х годов происходят коренные изменения в финансовой и бюджетной системе страны. К прежним причинам бюджетного дефицита присоединились новые, связанные прежде всего с экономическим спадом и сокращением объема ВВП, что естественно привело к сокращению доходной базы. Бюджетный дефицит стал хроническим: в 1993 г. он составлял 6,9% к ВВП, в 1994 - 9,9%, в 1995 - 3,0%, в 1996 - 3,3%, в 1997 - 3,6%, в 1998 - 6,3%.
Важнейшей причиной дефицитности бюджета стало несовершенство налоговой системы. Это связано прежде всего с высокими ставками многих налогов, что привело к значительному сокращению налоговых поступлений. Зависимость поступлений в бюджет от налоговых ставок находит свое теоретическое обоснование в положении А. Лаффера, согласно которому чрезмерное повышение налоговых ставок на доходы предприятий и физических лиц снижает стимулы к капиталовложениям, замедляет экономический рост и приводит к повсеместному уклонению от уплаты налогов. Всё это в конечном счете отрицательно сказывается на поступлениях в государственный бюджет. Графическое отображение зависимости между доходами государственного бюджета и динамикой налоговых ставок получило название кривой Лаффера.
При увеличении налоговой ставки доходы в госбюджет возрастают. Возрастание происходит до тех пор, пока не будет достигнут оптимальный размер налоговой ставки, обеспечивающий максимальные поступления в бюджет в размере Qk. Дальнейшее повышение налоговой ставки уменьшает стимулы к труду, предпринимательской деятельности и при возрастании налоговой ставки доходы бюджета уменьшаются. Теоретически, при 100%-ном уровне налогообложения поступления в бюджет могут приблизиться к нулю. Таким образом снижение чрезмерно высоких налогов в длительном периоде обеспечивает рост сбережений, инвестиций, занятости, и, следовательно, налоговых поступлений в бюджет.
Ещё одной проблемой, появившейся после перехода страны на рыночную, экономику стал огромный объем теневой экономики, который составляет 41% ВВП. Это намного больше, чем в любой развитой капиталистической стране и даже чем в странах с переходной экономикой (за исключением некоторых государств СНГ). Естественно, что никаких доходов в госбюджет от этого сектора не поступает.
Бюджетный дефицит в России финансировался различными методами. До 1995 года основным внутренним источником финансирования были займы в Центробанке. В 1993 г. впервые были выпущены государственные краткосрочные обязательства (ГКО), а затем облигации федерального займа (ОФЗ). За счет выпуска этих и других государственных ценных бумаг (также использовались казначейские обязательства, облигации внутреннего валютного государственного займа, государственные сберегательные займы, золотые сертификаты) производилось всё внутреннее финансирование бюджетного дефицита. Ещё одним основным источником финансирования являются зарубежные кредиты.
Помимо вышеуказанных методов с 1990 по 1995 гг. для покрытия дефицита широко использовалась эмиссия денег, что послужило мощным инфляционным фактором и привело к гиперинфляции. Эмиссия перестала применяться с 1995 г. и это значительно снизило инфляцию в стране.
Внутреннее финансирование дефицита с 1995 г. за счет выпуска ГКО и ОФЗ привело к быстрому росту внутреннего долга. Динамика государственного внутреннего долга России по ГКО и ОФЗ (в млрд. деноминированных рублей) выглядит следующим образом: 1994 г. - 10,6; 1995 г. - 76,6; 1996 г. - 237,1; 1997 г. - 384,9; 1998 г.- 387,1. Следствием возрастания государственного долга стало резкое увеличение расходов по его обслуживанию. Это вынудило Правительство РФ осенью 1998 года отказаться от погашения государственных ценных бумаг, осуществить реструктуризацию внутреннего долга, отодвинув сроки выполнения своих обязательств. В результате этого в стране разразился глубокий финансовый кризис, оказавший влияние на все сферы экономической жизни.
Начиная с 1999 года наметилась явная тенденция к сокращению дефицита В 1999 г. он составлял 1,4% от ВВП, а в 2000 г. - 1,08%. Это связано прежде всего с начавшимся экономическим ростом, который был отчасти обусловлен тем, что из-за кризиса 1998г. значительно выросли цены на иностранные товары и многие импортеры ушли с российского рынка, и это создало стимул для развития отечественной промышленности. Также положительную роль сыграло снижение курса рубля, что способствовало увеличению прибыли российских экспортеров и, следовательно, поступлений в бюджет от этих компаний.
За последние годы сделаны значительные шаги по созданию более эффективной бюджетной системы. Сокращение нерациональных государственных затрат привело к позитивным сдвигам в структуре бюджета. Производится урегулирование отношений, в том числе и бюджетных, между федеральным центром и регионами, что также оказывает влияние на функционирование бюджетной системы.
Огромное значение для регулирования госбюджета имеет налоговая реформа, которая призвана снизить налоговое бремя на налогоплательщиков, упростить налоговую систему и повысить качество налогового администрирования. Это в конечном итоге должно способствовать улучшению собираемости налогов и увеличить поступления в бюджет. Важным этапом налоговой реформы стало введение с 1.01.2001. единого социального налога с регрессивной ставкой и 13%-ного подоходного налога со всех граждан. По словам различных официальных лиц, эта мера уже положительно сказалась на поступлениях в бюджет. Это объясняется положением Лаффера о зависимости бюджетных доходов от величины ставки налога. При снижении ставки до оптимальной объем поступлений увеличился.
Следствием принятых мер стала возможность формирования бездефицитного бюджета на 2001 год - первого за весь период экономических реформ. Вследствие этого Россия может отказаться в этом году от иностранных займов. При сохранении положительных тенденций в развитии экономики у правительства есть уверенность, что и бюджет следующего года будет составлен без дефицита.
Федеральный бюджет в I полугодии 2001 года на основе данных о финансировании исполнен с профицитом в сумме 62,8 млрд. рублей, или 1,6% к объему ВВП за I полугодие 2001 года. Эти средства были направлены в основном на погашение государственного долга.