В классической статье «Вопросы жизни» рассмотрел фундаментальные проблемы российского воспитания. Показал нелепость сословного воспитания, разлад между школой и жизнью. Выдвинул в качестве главной цели воспитания формирование высоконравственной личности, готовой отрешиться от эгоистических устремлений ради блага общества. Считал, что для этого необходимо перестроить всю систему образования на основе принципов гуманизма и демократизма. Система образования, обеспечивающая развитие личности, должна строиться на научной основе, начиная от начальной и заканчивая высшей школой, и обеспечивать преемственность всех систем образования.
Педагогические взгляды: считал главной идею общечеловеческого воспитания, воспитание полезного стране гражданина; отмечал необходимость общественной подготовки к жизни высоконравственного человека с широким нравственно кругозором: «Быть человеком — вот к чему должно вести воспитание»; воспитание и обучение должно быть на родном языке. «Презрение к родному языку позорит национальное чувство». Указывал, что основанием последующего профессионального образования должно быть широкое общее образование; предлагал привлечь к преподаванию в высшей школе крупных учёных, рекомендовал усилить беседы профессоров со студентами; боролся за общее светское образование; призывал уважать личность ребёнка; боролся за автономию высшей школы.
Критика сословного профессионального образования: выступал против сословной школы и ранней утилитарно-профессиональной выучки, против ранней преждевременной специализации детей; считал, что она тормозит нравственное воспитание детей, сужает их кругозор; осуждал произвол, казарменный режим в школах, бездумное отношение к детям.
Дидактические идеи: учителя должны отбросить старые догматические способы преподавания и применять новые методы; надо будить мысль учащихся, прививать навыки самостоятельной работы; учитель должен привлечь внимание и интерес учащегося к сообщаемому материалу; перевод из класса в класс должен проводиться по результатам годовой успеваемости; в переводных экзаменах есть элемент случайности и формализма.
Телесные наказания. В этом отношении он был последователем Дж. Локка, рассматривая телесное наказание как средство, унижающее ребенка, наносящее непоправимый ущерб его нравственности, приучающее его к рабскому повиновению, основанному лишь на страхе, а не на осмыслении и оценке своих поступков.[7] Рабское повиновение формирует натуру порочную, ищущую возмездия за свои унижения. Н. И. Пирогов полагал, что результат обучения и нравственного воспитания, действенность методов поддержания дисциплины определяются объективным по возможности оцениванием учителем всех обстоятельств, вызвавших проступок, и назначением наказания, не пугающего и унижающего ребенка, а воспитывающего его. Осуждая применение розги как средства дисциплинарного воздействия, допускал в исключительных случаях применение физических наказаний, но лишь по постановлению педагогического совета. Несмотря на такую двойственность позиции Н. И. Пирогова, следует отметить, что поднятый им вопрос и развернувшаяся вслед за этим на страницах печати дискуссия имели положительные последствия: «Уставом гимназий и прогимназий» 1864 г. телесные наказания были отменены.[8]
Система народного образования по Н. И. Пирогову:
Элементарная (начальная) школа (2 года), изучается арифметика, грамматика;
Неполная средняя школа двух типов: классическая прогимназия (4 года, общеобразовательный характер); реальная прогимназия (4 года);
Средняя школа двух типов: классическая гимназия (5 лет общеобразовательный характер: латинский, греческий, русские языки, литература, математика); реальная гимназия (3 года, прикладной характер: профессиональные предметы);
Высшая школа: университеты высшие учебные заведения.[9]