По мере развития перестройки все большее значение стали приобретать национальные проблемы. Причем национальные противоречия и столкновения зачастую искусственно раздувались политическими деятелями из различных лагерей, которые пытались использовать напряженность для решения тех или иных проблем.
С началом демократизации и восстановления исторической правды, накопившееся за долгие годы напряжение разрядилось в стремительно нараставших центробежных силах. Так, годовщина подписания советско- германского пакта 1939 г. (впервые за многие годы оказавшегося в центре внимания печати) стала поводом для массовых манифестаций 23 августа 1987 г. в столицах трех Прибалтийских республик. Эти выступления положили начало процессу, завершившемуся позднее провозглашением независимости этих республик.
Связанная с национальными отношениями напряженность возникла почти во всех республиках. Она затронула самые разные вопросы, от требований признания государственного статуса национального языка (сформулированных сначала в Прибалтийских республиках, затем на Украине, в Грузии, Молдавии, Армении, а, в конечном счете, по мере расширения и углубления движения, выдвинутых и в других республиках: РСФСР, Белоруссии, Азербайджане и мусульманских республиках Средней Азии) до возвращения на историческую родину депортированных народов.
Вставшие в центр внимания национальные проблемы привели к обострению конфликтов между русскими «колонизаторами» и представителями «коренных» национальностей (прежде всего в Казахстане и в Прибалтике) или между соседними национальностями (грузины и абхазы, грузины и осетины, узбеки и таджики, армяне и азербайджанцы и т.д.). Наиболее трагические формы принял конфликт между армянами и азербайджанцами по поводу Нагорного Карабаха, в 1923 г. присоединенного к Азербайджану, несмотря на армянское большинство его населения. В феврале 1988 г. армяне этой автономной области в составе Азербайджана официально потребовали воссоединения с Арменией. Из-за двусмысленной позиции союзного правительства и сопротивления руководства Азербайджана конфликт обострился, а погром армян, учиненный азербайджанцами в Сумгаите, стал прологом к настоящей войне между Арменией и Азербайджаном.
В 1989 г. и особенно в 1990-1991 гг. произошли кровопролитные столкновения в Средней Азии (Фергана, Душанбе, Ош и целом ряде других районов). Особенно пострадали национальные меньшинства, к которым относилось и русскоязычное население. Районом интенсивных этнических вооруженных конфликтов был Кавказ, прежде всего Южная Осетия и Абхазия. В 1990-1991 гг. в Южной Осетии, по существу, шла настоящая война, в которой не применялись только тяжелая артиллерия, авиация и танки. Столкновения, в том числе и с применением огнестрельного оружия, происходили и между различными горскими народами.
Противостояние имело место также в Молдове, где население гагаузских и приднестровских районов протестовало против ущемления их национальных прав и в Прибалтике, где часть русскоязычного населения выступала против руководства республик. Эти противостояния поддерживались и провоцировались частью центрального руководства СССР и КПСС.
В Прибалтийских республиках, на Украине, в Грузии острые формы принимает борьба за независимость, за выход из СССР. В начале 1990 г., после того как Литва провозгласила свою независимость, а переговоры о Нагорном Карабахе зашли в тупик, стало очевидным, что центральная власть не в состоянии использовать экономические связи в процессе радикального пересмотра федеративных отношений, что было единственным способом предупредить, или хотя бы приостановить распад Советского Союза.
