Учение о методе составляет особую область знания — методологию, которая определяется как система принципов и способов организации, построения теоретической и практической деятельности, а также как учение об этой системе. Методология равно относится и к теоретической, и к практической деятельности человека. С этой точки зрения существуют методология педагогической деятельности, методология психологической науки и т.п. Методология учит, как надо действовать ученому или практику, чтобы получить истинный результат; исследует внутренние механизмы, логику движения и организации знания, законы его функционирования и изменения, объяснительные схемы науки и т.п.
Различают философский и конкретно-научный уровни методологии. Философская методология разрабатывает всеобщий метод познания мира, способы духовной деятельности людей. Различные философские системы предлагают собственное объяснение мира, свое понимание метода достижения истинного знания о нем, указывают на способ практического преобразования мира. Например, философское учение Ф.Бэкона обосновывало индуктивный эмпирический подход к явлениям природы, согласно которому научное познание должно 
базироваться на планомерном и точном эксперименте. Р.Декарт разработал правила рационалистического метода, исходящего из требования допускать в качестве истины только такие положения, которые отчетливо осознаются. Познание, по Р.Декарту, строится на основе аксиом как самоочевидных истинах, усматриваемых разумом интуитивно, безо всякого доказательства; из них путем дедуктивного доказательства выводится новое знание. В марксистской философии разработан диалектико-материалистический метод познания мира, выраженный в учении о принципах, категориях, законах познавательной деятельности.
В качестве мировоззренческой основы психологической антропологии может быть определена философская антропология как учение о целостной человеческой реальности. Человек в философской антропологии понимается как самостоятельное и свободное существо, творчески воздействующее на объективные сферы бытия. Конкретно-научное познание человека должно исходить из философского понимания сущности человека, из выявления основной структуры человеческого бытия, из фундаментальных свойств человеческого способа существования. В свою очередь, философская антропология призвана синтезировать конкретно-научное изучение различных сторон и сфер человеческого бытия.
Одним из постулатов методологии философской антропологии является положение о бесконечности человека и о принципиальной незавершенности его бытия. Поэтому невозможно окончательно познать и определить человека. Следует различать познание абстрактного человека в специальных науках и понимание его духовной сути, выявление «человека в человеке», его живой человеческой индивидуальности.
Основополагающим для психологической антропологии является различение в рамках философской антропологии естественнонаучного и гуманитарного подходов в объяснении и понимании человека. В отечественной психологии на такое различение лишь указывается, но оно не выступает основой определения метода познания человека. В методологическом плане это различение имеет принципиальное значение, поскольку каждый из подходов представляет собой специфическое понимание идеалов и норм исследования, исходит из определенных мировоззренческих установок, способов получения, истолкования и использования знаний.
