В настоящее время известно около трех тысяч химических реакций, катализируемых ферментами. Чтобы ориентироваться в таком разнообразии, необходима систематизированная классификация и номенклатура, которой могли бы пользоваться биохимики всех стран. Основные принципы международной классификации и номенклатуры ферментов были разработаны в 1964 году комиссией по ферментам, созданной при международном биохимическом союзе.
В основу классификации положен тип реакции, катализируемой ферментом. По этому принципу все ферменты разделены на 6 классов. Ферменты каждого класса делят на подклассы, объединяя в них ферменты, действующие на субстраты сходного строения. Подклассы разбивают на подподклассы, в которых уточняют структуру химических групп, отличающих субстраты друг от друга. Внутри подподклассов перечисляют относящиеся к ним ферменты. Таким образом, каждый фермент получает свой кодовый номер, состоящий из четырех чисел, разделенных точками. Например, глутаминаза (L-глутамин-амидогидролаза) имеет номер 3.5.1.2. Первое число обозначает класс, второе – подкласс, третье – подподкласс, четвертое – номер фермента в пределах подподкласса. Такой способ нумерации ферментов позволяет помещать вновь открытый фермент в конце соответствующего подподкласса без изменения нумерации других ферментов. Точно также при выделении новых подклассов и подподклассов их можно добавлять без нарушения порядка нумерации ранее установленных подразделений.
Ферменты имеют систематическое и рабочее название. Систематическое название составляется из двух частей. Первая часть содержит название субстрата или субстратов, вторая – с окончанием «аза» - указывает на природу катализируемой реакции. Дополнительная информация о реакции при необходимости приводится в скобках в конце названия. Систематическое название присваивается только ферментам, каталитическое действие которых полностью изучено.
Рабочее название фермента короче систематического, с минимальной детализацией. В ряде случаев в качестве рабочего может быть использовано тривиальное название фермента. В научных публикациях при первом упоминании о ферменте принято указывать его систематическое название и кодовый номер, а в дальнейщем пользоваться рабочим названием фермента.
Особенности номенклатуры отдельных классов ферментов приводятся в таблице.
| № | Название Класса | Тип реакции и ее схема | Систематическое название фермента | Пример реакции, название фермента |
| Оксидо-редуктазы | Окислительно-восстановительная реакция АН2+В = А+ВН2 В – акцептор протонов, коферменты НАД+, ФАД и др. | Донор: акцептор – оксидоредуктаза | 
Этанол: НАД+ - оксидоредуктаза
сукцинат: ФАД - оксидоредуктаза
| |
| Гидролазы | Реакция гидролиза А-В+Н2О=А-Н + В-ОН | Субстрат: отщепляемая группа – гидролаза |
L-глутамат-амидогидролаза
| |
| Изомеразы | Реакция изомеризации А=А1 | Субстрат – изомераза (либо указывают тип реакции Изомеризации) |
УДФ-гдюкозо-4-эпимераза
|
