Принципы будущей демократической организации были заложены во второй половине VI в. до н. э. и в целом не менялись до периода политического упадка Афин в конце IV в. до н. э. Однако общая система институтов власти и управления выработалась не единовременно, а стала итогом по меньшей мере двух этапов политических реформ.
Первый этап (508 –462 гг. до н. э.) связан с реализацией политики, направленной на окончательное низвержение аристократического господства и традиций родового строя; начало ему положили реформы Клисфена, в 509 г. до н. э. ставшего лидером земледельческого и ремесленного населения в политической борьбе.
В Афинах была создана новая территориальная организация, положенная в основу государственного строя. Все полноправное население (вне прежних фил и фратрий) было расписано на 100 демов (условных слобод). Каждый гражданин должен был быть приписан к такому дему; собственно с занесения в список и начиналось право гражданства. Дем обладал самоуправлением: на собрании избирали демарха, а также кандидатов в Совет полиса и в архонты. Демы были объединены в 10 фил (новых); каждая фила имела свой храм и своих выборных лидеров, пользовалась правами самоуправления (собрание филы, исполнительная комиссия, представители в общеполисном управлении). Помимо этого, вся Аттика была поделена на З тритии: Город, Берег, Внутренняя земля. Филы и демы были приписаны к тритиям произвольно, иногда даже из разных концов полиса. Тритии не имели существенного значения и влияли только на организацию пританов. Старые роды оказались разобщены на разные филы и демы, и сплочению знати и зависимости от них торгово-ремесленного населения был положен конец.
Произошло упрочение выборной власти. Совет полиса (булэ) был увеличен до 500 членов, по 50 от каждой новой филы; установлен и возраст для избрания в него. Булэ стал не только общеполитическим, но и исполнительным органом: он делился на 10 секций, каждая из которых занималась срочными решениями в положенную ей десятую часть выборного года. В 501 г. до н. э. булэ впервые принес присягу в том, что будет придерживаться в своей деятельности законов. Роль булэ несколько ограничивалась народным собранием, которое отныне должно было собираться раз в десятую часть года для избрания магистратов, решения вопросов обороны, лишения прав гражданства. Однако все вопросы выносились на собрание лишь с одобрения Совета полиса. К этому же времени относится появление коллегии 10 стратегов (по одному от филы), которым вручалась военная и исполнительная власть, ранее принадлежавшая архонтам.
Сформировался новый политический статус гражданина. Права афинского гражданина стали неразрывны с особыми правами на получение земли: в 506 г. до н. э. упрочена была система клерухий (первая клерухия устроена в 570-560 гг.), когда по решению народного собрания семьям выделяли землю в новозавоеванных областях, главным образом в Малой Азии. Граждане получили право изгнать любого из своего числа, чья деятельность будет оценена опасной для блага полиса: в 506 г. до н. э. введена практика остракизма, особого голосования об изгнании того, чья деятельность вызывала осуждение большинства. С 501 г. до н. э. утвердился порядок обязательной военной службы граждан безотносительно к их имущественному цензу.
Второй этап (462-412 гг. до н. э) знаменовался дальнейшим продвижением народовластия (после попыток олигархии в 496 г. до н. э. в связи с нашествием персов взять власть в свои руки), созданием правовых начал деятельности новых институтов на основе разграничения полномочий; конкретные преобразования были главным образом плодом реформ лидеров афинского демоса Перикла и Эфиальта, видных ораторов и военачальников.
Произошла демократизация органов власти и управления. Последний оплот аристократии, практически сокрушен был ареопаг как орган власти; ему сохранены были только управление и суд по религиозным делам. С 457 г. до н. э. должности архонтов были открыты впредь и для низшего цензового слоя – зевгитов. Чтобы предоставить реальную возможность небогатым гражданам участвовать в деятельности властных и судебных институтов, была установлена плата за исполнение гражданских обязанностей (членам гэлиэи – по 3, членам Совета – по 5 оболов, архонтам – по 4 обола в день, пританам – по 1 драхме в день).
Народовластие конституировалось в правовом отношении. Между органами непосредственной и выборной демократии произошло перераспределение полномочий, причем общее собрание граждан стало рассматриваться как более важный политический институт. Собрание-экклезия закрепило за собой главным образом законодательные полномочия, булэ и магистраты – исполнительные. И собрание, и булэ, и должностные лица практически не имели теперь судебной власти, она осуществлялась специальными институтами. Незыблемость сложившегося строя стала предметом охраны закона: каждый впредь получал право возбудить иск о незаконной деятельности против того, кто желал как-то переменить конституцию Афин.