Органи виконавчої влади — не просто спільність однорідних одиниць, а цілісна система, тобто така сукупність, у якій усі складові частини (окремі органи та їх структури підрозділи) є взаємопов'язаними й водночас складають самостійні підсистеми з своїми особливостями структури, функцій, компетенції.
Побудова цієї системи ґрунтується на засадах єдності й цілісності державної території, поєднання принципів централізації та децентралізації, збалансованості соціально-економічного розвитку регіонів залежно від адміністративно-територіального устрою країни.
Система органів виконавчої влади утворюється з урахуванням забезпечення державного суверенітету й економічної самостійності України, проведення фінансової, цінової, інвестиційної та податкової політики, політики в сферах праці й зайнятості населення, соціального захисту, освіти, науки, культури, охорони природи, екологічної безпеки та природокористування, а також здійснення загальнодержавних програм економічного, науково-технічного, соціального й культурного розвитку України.
Побудова та удосконалення системи й підсистем органів виконавчої влади відбуваються з урахуванням необхідності єдиного центру керівництва економічними та соціальними справами на підставі планування, ринкових відносин, рівності всіх форм власності, поєднання галузевого й територіального принципів управління, їх централізації з відповідною самостійністю регіонів і окремих адміністративно-територіальних одиниць, господарською самостійністю підприємств, об'єднань та інших суб'єктів.
Утворення органів виконавчої влади, формування їх системи та її функціонування здійснюються згідно з принципами демократизму й законності. Конституція України надає громадянам право брати участь в управлінні державними справами, у всеукраїнському та місцевих референдумах, вільно обирати й бути обраними до органів державної влади та органів місцевого самоврядування. Громадяни користуються рівним правом доступу до державної служби, а також до служби в органах місцевого самоврядування (ст. 38).
Органи державно влади та органи місцевого самоврядування, їх посадові особи зобов'язані діяти лише на підставі, в межах повноважень і в спосіб, передбачені Конституцією та законами України (ч. 2 ст. 19 Конституції України). Організація й діяльність органів виконавчої влади, основи державної служби визначаються законами України.
Важливою особливістю побудови та функціонування органів виконавчої влади є організаційні зв'язки структурних одиниць системи, що виявляються в розпорядництві, підпорядкованості, підконтрольності, підзвітності та координації.
Розпорядництво одного органу управління відносно інших виявляється насамперед у обов'язковості для них його нормативно-правових актів. У свою чергу, воно обумовлено підпорядкованістю тих чи інших органів тому, хто розпоряджається. Так, Кабінет Міністрів України в межах своєї компетенції видає постанови й розпорядження, які є обов'язковими до виконання міністерствами та іншими органами виконавчої влади, роботу яких він спрямовує й координує.
Підконтрольність означає, що всю діяльність органів або якийсь її обсяг перевіряють вищі органи або орган, спеціально створений для здійснення контролю чи нагляду.
Підзвітність виражається в обов'язку органу інформувати про свою роботу вищий орган, який, керуючись даними звітів, оцінює діяльність підзвітного в цілому чи за окремими напрямами. Так, місцеві державні адміністрації підзвітні й підконтрольні органам виконавчої влади вищого рівня.
Координація виявляється в об'єднанні координуючим органом підпорядкованих або підконтрольних йому органів для виконання певних завдань.
Як уже було зазначено, система органів виконавчої влади має свої підсистеми, ланки та окремі органи, які відрізняються між собою за певними критеріями. Найважливішими з них є обсяг компетенції та територіальний масштаб діяльності. Згідно з цими критеріями до системи органів виконавчої влади входять такі ланки:
· Кабінет Міністрів України — вищий орган у системі органів виконавчої влади;
· міністерства, державні комітети та інші центральні органи виконавчої влади;
· органи виконавчої влади АРК;
· обласні державні адміністрації, управління, відділи міністерств, інших центральних органів виконавчої влади;
· Київська та Севастопольська міські державні адміністрації, управління, відділи міністерств та інших центральних органів виконавчої влади в містах;
· районні державні адміністрації, відділи міністерств та інших центральних органів виконавчої влади.
Система та підсистеми органів виконавчої влади мають відповідні організаційні структури, які відображують взаємозв'язки між окремими ланками системи й підсистем, субординацію по вертикалі та горизонталі, стосунки з вищими органами, підпорядкованими й підконтрольними об'єктами. Оптимальність організаційних структур цієї системи є одним із чинників підвищення ефективності виконавчої влади.