Первоначально пионерские организации создавались местными ячейками РКСМ при предприятиях, учреждениях и в деревнях. Пионерские организации в школах, то есть независимо от места жительства, стали создаваться в 1923 г. (под названием «форпостов» и «баз»); они объединяли пионеров разных отрядов и использовались в борьбе за «новую школу» (фактически — в установлении коммунистического контроля над школой, в одинаковой степени в отношении учащихся и преподавателей). В 1929 году началась перестройка организации по школьному принципу (класс — отряд, школа — дружина). Она приняла такие размеры, что ЦК ВКП(б) особым постановлением от 21 апреля 1932 осудило «попытки ликвидировать пионерское движение путём слияния его со школой, а также извращения, пропагандирующие передачу воспитательных функций школы пионерскому движению». Однако заметных практических результатов это постановление не имело.
В своем классическом виде, Всесоюзная пионерская организация объединяла в СССР республиканские, краевые, областные, окружные, городские, районные пионерские организации. Формально Положение о всесоюзной пионерской организации гласило, что основой организации является дружина, которая создается в школах, детских домах и школах-интернатах при наличии не менее 3 пионеров. В дружинах, насчитывающих более 20 пионеров, создаются пионерские отряды, объединяющие не менее 3 пионеров. В детских домах и пионерских лагерях могли создаваться разновозрастные отряды. Отряд, насчитывавший 15 и более пионеров, делится на звенья. Фактически, же, как указывалось, пионерские отряды (делившиеся в свою очередь на звенья во главе с звеньевыми) объединяли учеников одного класса, а дружины — учеников одной школы.
Значок старшего пионера
Старшие пионеры
В 80-х годах структура организации претерпела некоторые изменения — между пионерами и комсольцами было создано новое звено — старшие пионеры (фактически пионеры перед вступлением в комсомол). Внешним отличием было ношение значка, сочетающего элементы комсомольского и пионерского. Теоретически, старшие пионеры должны были продолжать ношение красного галстука, однако многие старались носить «взрослые» галстуки.
Руководство организацией
Всесоюзная пионерская организация руководилась Всесоюзным Ленинским Коммунистическим Союзом Молодёжи (ВЛКСМ), который в свою очередь контролировался КПСС. Все советы пионерских организаций работали под руководством соответствующих комитетов комсомола. Съезды и конференции комсомола заслушивали отчёты советов пионерских организаций, давали оценку их деятельности. Председателей, заместителей и секретарей советов пионерских организаций от Центрального до районного утверждали Пленумы соответствующих комитетов комсомола.
Базой организационно-массовой и инструктивно-методической работы с пионерами и пионерскими кадрами были многочисленные Дворцы и Дома пионеров и школьников, другие внешкольные учреждения. Комитеты комсомола обеспечивали пионерские дружины кадрами старших пионерских вожатых, осуществляли их подбор, расстановку, повышение квалификации и воспитание. Первичные комсомольские организации направляли в пионерские дружины отрядных вожатых, подбирали руководителей кружков, клубов, секций, других объединений по интересам, помогали им в организации жизни пионерских коллективов.
Пионерское самоуправление
Высший орган дружины, отряда, звена — пионерский сбор. Сбор отряда принимал школьников в пионерскую организацию, предлагал совету дружины рекомендовать достойных пионеров в ряды ВЛКСМ, планировал работу, оценивал деятельность совета отряда, звеньев, каждого пионера. Сбор дружины избирал совет дружины, сбор отряда — совет отряда, сбор звена — звеньевого. Советы дружины и отрядов выбирали председателя совета дружины и отряда. Во Всесоюзной, республиканских, краевых, областных, окружных, городских, районных пионерских организациях формой самоуправления пионеров являлись пионерские слёты, которые проводились раз в 5 лет (всесоюзные и республиканские) или один раз в 2—3 года (краевые, областные, окружные, городские и районные). Городские (районные) советы пионерской организации создавали пионерские штабы из представителей всех пионерских дружин города. В городских штабах собиралась наиболее активная часть пионерской организации, её самая деятельная элита.