Дальнейшая этническая история страны связана с носителями курганной культуры раннего железного века и с режимом Ямато (IV – VII вв.). примерно в V в., возможно, на островах появились кочующие скифо-сарматы (ху китайских летописей). Прямых подтверждений этой гипотезе письменные источники не содержат. Зато они фиксируют неоднократные переселения в IV – VII вв. китайцев и корейцев, выделяя династийную или государственную принадлежность иммигрантов. По «Синсэн сёдзи року» («Новому реестру кланов и фамилий»), в 815 г. из 1182 кланов столицы и пристоличных провинций 30% считались иноземного происхождения: из Китая, Пэкче, Когурё, Сила, Кая. В конце периода население достигло 5-6 млн. человек.
Процесс формирования первичной японской народности достиг поворотного пункта в VII в. и выразился в создании относительно однородного массива населения архипелага, за исключением северо-востока о-ва Хонсю. Китайско-корейская иммиграция связала японскую народность узами крови с населением материкового Дальнего Востока и Корейского полуострова уже на стадии формирования государственности.
В последние века до нашей эры и первые века нашей эры произошли знаменательные перемены в земледелии (распространение рисосеяния), ремесле и(внедрение бронзы), самом обществе (появление союзов племен). Поливное рисосеяние возникло на Северном Кюсю и за два века распространилось до равнины Канто (III-II вв. до н.э.). земледельческие орудия изготавливали из дерева, камня, в конце периода – из железа. Жители научились добывать медную руду, выплавлять бронзу, но охотнее переплавляли старые импортированные вещи или просто использовали готовое вооружение и предметы ритуала (II-I вв. до н.э.). Люди жили в крупных земледельческих поселениях (до сотни землянок); они не порывали полностью с известными прежде формами хозяйства, развивали ткачество и обработку металлов. Из рядовых селян выделилась знать, выполнявшая организаторские функции. По китайским источникам, в I в. до н.э. на о-ве Кюсю насчитывалось сотня «владений», в конце II – середине III в. их число сократилось, появилось главное владение федерации – «владение царицы» (Яматай или Ематай), поддерживавшее довольно регулярные связи с китайскими властями на Корейском полуострове.
В V-VII вв. японцы повсеместно освоили поливное рисосеяние, оросительную систему, железные земледельческие оружия, разведение крупного рогатого скота, коней. На раннем этапе земля принадлежала общине, или клану, в целом, а пахота оставалась в распоряжении сельских дворов. Лес, луга, неудобные земли находились в общественном пользовании очень долго. Постепенно лучшие пахотные земли стали подпадать под контроль сильных кланов и отдельных глав кланов. Эту пахоту, в сущности частную, обрабатывали общины, или корпорации, несвободных. Первые корпорации комплектовались из местных земледельцев, рыболовов, охотников, утративших связи со своими кланами, последующие – из заморских переселенцев – ремесленников, грамотных людей. Исходные ресурсы: земля и особенно люди – стали объектами конкурентной борьбы между кланами, рядовыми и царскими. Перехватить инициативу частного присвоения, заменить ее государственной и предстояло реформам Тайка.
Патриархально-родовая структура общества раннего железного века предпологала существование больших и малых кланов. Первым по значению в этой иерархии стоял царский клан. Типичный клан состоял из его главы, жрецов, группы диц с низшими организаторскими функциями и рядовых свободных. Кланам принадлежали группы полусвободных и рабы, членами клана на считавшиеся.
Закабаленные корпорации – члены покоренных, изгнанные, переселенцы с материка, военнопленные и т. д. члены зависимой группы имели участки земли для пропитания, семьи, но обязаны были работать на кланы или на глав кланов. Рабы составляли очень тонкую прослойку в обществе. Это были иноземцы-военнопленные, люди из низших слоев переселенцев; использовались рабы в домашнем хозяйстве. К концу периода расслоение между кланами дополнилось внутриклановым. Наиболее мощные кланы во главе с царским подмяли под себя более слабые. Внутри кланов выделились семь глав кланов.
Каждый клан существовал довольно независимо на своей территории. Выделение клана правителя (царского) стало поворотом в политической власти (около IIIв.). клан правителя-царя правил при помощи «советников» - лидеров сильных, разветвленных кланов. В ходе процесса сложения государственности появились «владыки округов» и «управляющие областями» - обычно те же вожди местных кланов, но уже уполномоченные царем на управление несколькими округами.
Цари Ямато использовали власть для объединения страны, идеологической подготовки единовластия, для походов против айнов на севере и на Корейском полуострове, для введения новой религии – буддизма. Сношения со странами на Корейском полуострове в это время своей интенсивностью и многосторонностью значительно превосходили японо-китайские. Участие Ямато в делах полуострова оказалось разнообразным, как и эффект от такого участия. Присутствие Китая на корейском полуострове до начала IV в., формирование местных государств и интерес их к Ямато по разному оценивались на островах. Соперничавшие между собой корейские государства обращались к Ямато за помощью, заключали с Ямато договоры и воевали в союзе с ними против соседей. Сама Япония неоднократно воевала с этими государствами.
Начало сношений Ямато с Китаем относится к 265-275 гг., после чего нет сведений о посольствах до 413 г. сношения снова продолжались с разными династиями Китая и оставались более или менее регулярными до 502 г., затем снова прекратились на столетие, с тем чтобы возобновиться в 600 г с новой династией Суй, и с той поры продолжались регулярно, с 630 г. – с династией Тан. Цели посольств: первоначально – получение почетных званий, подарков, позднее – ознакомление с ситуацией на континенте и заимствование любых подходящих новшеств.
Японцы обожествляли и почитали духов.
Буддизм нанес мощный удар по представлениям, замкнутым в пределах каждого клана, унифицировал религиозные, моральные, эстетические идеи, проникнув во все разделы общественной, культурной и художественной жизни, духовно связал японцев с их единоверцами на материке и на корейском полуострове.
Китайская письменность появилась на островах, по-видимому, в V в., а в VI в. распространилась – не без помощи буддийских сочинений.
При всем этом фундаментальные науки)математика, астрономия) развивались на островах медленнее, прикладные (медицина, горное дело, строительство) – быстрее. Сложилось лекарствоведение.
Инженерно-строительное дело имело уже давние традиции в Японии. Строились водохранилища, каналы, плотины, гавани, дороги, суда, царские резиденции. Впервые сложился прообраз настоящего города – комплекс царских резиденций в Ясука.
Внутренняя политика царей Ямато была направлена на объединение страны и на оформление идеологической основы единовластия. Важную роль в этом сыграли созданные в 604 г. принцем Сетокутайси «Законоположения из 17 статей». В них был сформулирован главный политический принцип высшего суверенитета правителя и строгого подчинения младших старшему. Социально-экономический строй VII вв. вступает в стадию разложения патриархальных отношений. Общинные пахотные земли, находившиеся в распоряжении сельских дворов, начинают постепенно подпадать под контроль сильных кланов, противоборствующих друг с другом за исходные ресурсы, землю и людей.
Таким образом, внутри первобытнообщинного строя развиваются рабовладельчество и одновременно элементы феодальных отношений. Возникает классовое общество, в котором феодальные отношения всё больше преобладают над рабовладельческими. Это объясняется тем, что рабов было во много раз меньше, чем полузависимых крестьян, и они использовались не столько в сельском хозяйстве, сколько в качестве домашней челяди, на строительстве различных сооружений и других второстепенных работ. Рабовладельчество оставалось укладом, не перерастая в формацию.