К основным проблемным вопросам между Россией и США относятся помощь России Ирану в осуществлении ядерной программы, энергобезопасность, ситуация в Грузии, Украине и Палестине, а также развёртываемая Соединенными Штатами в Европе система противоракетной обороны. Под предлогом развития демократии США финансируют некоторые российские неправительственные организации и политические партии.
4 мая 2006 вице-президент США Ричард Чейни, находясь в Вильнюсе, произнёс речь, которую многие теперь называют «Вильнюсской» по примеру «Фултонской» речи Черчилля. По его словам, США не устраивает «использование Россией своих минеральных ресурсов в качестве внешнеполитического оружия давления, нарушение в России прав человека и деструктивные действия России на международной арене». Отказ России от прекращения сотрудничества с Ираном, Сирией, КНДР, Белоруссией и другими государствами, «вызывающими тревогу» у США, приводит к постоянным российско-американским конфликтам в Совете Безопасности ООН.
В начале 2007 между США и Россией с новой силой разгорелся конфликт по поводу намерения США разместить в Польше и Чехии элементы своей системы ПРО. По словам руководства США, этот шаг направлен на защиту Европы от северокорейских и иранских ракет. Российское руководство категорически отвергает такое объяснение. 8 февраля 2007 министр обороны США Роберт Гейтс заявил, что «Соединённым Штатам Америки следовало бы быть готовыми к возможному вооружённому конфликту с Россией». В свою очередь, на Мюнхенской конференции по безопасности 10 февраля 2007 Владимир Путин с жёсткой критикой обрушился на внешнюю политику США. Главнокомандующий РВСН генерал Соловцов также заявил, что в случае, если элементы ПРО США все-таки будут размещены в Восточной Европе, Россия может денонсировать Договор о ликвидации ракет средней и меньшей дальности.
14 июля 2007 президент России Владимир Путин подписал Указ «О приостановлении Российской Федерацией действия Договора об обычных вооружениях в Европе и связанных с ним международных договоров». Наблюдатели полагают, что это решение стало первым шагом российского руководства в сторону коренного изменения военно-политической обстановки на европейском континенте, складывающейся с начала 1990-х годов не в пользу России.
В сопровождающей документ справке указывается, что данное решение было вызвано «исключительными обстоятельствами, влияющими на безопасность Российской Федерации». К таковым, в частности, отнесены:
1. Превышение восточноевропейскими государствами — участниками ДОВСЕ, присоединившимися к НАТО, «групповых» ограничений ДОВСЕ в результате расширения альянса;
2. Невыполнение странами НАТО принятого в 1999 году политического обязательства об ускоренной ратификации Соглашения об адаптации ДОВСЕ;
3. Отказ Латвии, Литвы и Эстонии, вступивших в НАТО, от участия в ДОВСЕ и, в результате, появление на северо-западной границе РФ территории, «свободной» от ограничений на размещение обычных вооружений, в том числе и вооружений других стран;
4. Планируемое размещение военных баз США на территориях Болгарии и Румынии.
В августе 2008 года новый виток противостоянию России и США дало вторжение грузинских войск в Южную Осетию. Российские войска очистили территорию почти полностью захваченной непризнанной республики от грузинской армии и в течение нескольких дней продолжали бомбардировки военных объектов на всей территории Грузии, после чего Россия официально признала Южную Осетию и Абхазию независимыми государствами.Под вопросом оказалось дальнейшее существование Совета Россия-НАТО.
Фукуяма, Фрэнсис отмечал, что с избранием Барака Обамы на первый срок: «Я не исключаю, что могут возобновиться отношения периода холодной войны, когда мы имели дело с русскими, которым нельзя было доверять и которые в любой момент могли прибегнуть к военной силе. Разница будет лишь в том, что в отличие от Советского Союза Россия более интегрирована в мировую экономику, а оттого и более уязвима. Это накладывает определенные ограничители на действия России, которых не существовало в период холодной войны».
«Вряд ли можно назвать американскую политику по отношению к России ответственной и осторожной, она безответственно агрессивна» (Пол Крейг Робертс, июль 2009 года).
На брифинге 07.01.2009, посвящённом политике уходящей администрации президента США Буша-младшего, его советник по нацбезопасности Стивен Хэдли, говоря об американо-российских отношениях, так сформулировал итоги последних лет: «…президент Буш работал над тем, чтобы перевести двусторонние отношения из русла противостояния времен «холодной войны» на путь сотрудничества в тех областях, где мы имеем общие интересы, решая при этом имеющиеся разногласия в открытой, последовательной и транспарентной манере». Среди достижений Хэдли отметил американо-российское сотрудничество в области сокращения ядерного оружия, нераспространения ОМП, в решении иранской и северокорейской проблем, поддержании переговорного процесса по достижению мира на Ближнем Востоке.
