Контрольна робота з дисципліни
«Компютерні технології у фармації»
№ 10
Виконані завдання контрольної роботи повинні бути представлені в паперовому варіанті та надіслані на адресу comptechfarm@ukr.net з вказанням у темі листа «ПІП, номер, курс, роки навчання, контрольна робота №»І. Коротка характеристика (3-4 друк. ст.) конкретних завдань
1. Умови доступу та використання електронних ресурсів Інтернет-бібліотек
2. Характеристика твердофазних та рідкофазних методів комбінаторного синтезу.
3. Умови доступу до бази даних MEDLINE та посилання на повнотекстові ресурси.
ІІ. Дати визначенням таким поняттям та термінам:
Правила «лікоподібності»,
Молекулярний докінг,
QSAR-аналіз
ІІІ. Дати відповіді на наступні тестові завдання
На рівні мережних протоколів для ідентифікації вузлів і маршрутизації пакетів слугує ІР-адреса (чотирьохбайтне число). Що відповідає ІР-адресі?
A. HTML-протокол
B. Доменне ім’я DNS (Domain Name System)
C. HTTР-протокол
D. SMTP/POP3
E. WWW
Які інтернет-браузери вам відомі?
A. Opera, FireFox, Google chrome, WindowsXP, Symbian OS, Skype
B. Internet Explorer, Netscape Navigator, Opera, DjVu, Skype
C. Internet Explorer, Opera, FireFox, Google chrome, Netscape Navigator
D. Internet Explorer, Opera, FireFox, Google chrome, iChate
E. Internet Explorer, Opera, FireFox, Google chrome, AltaVista
Що з нижченаведеного відноситься до інформаційно-пошукових систем?
A. http://www.yahoo.com, http://www.google.com, http://www.lycos.com, http://www.altavista.com, http://www.msn.com
B. http://www.yahoo.com, http://www.google.com, http://mail.yahoo.com, http://www.hotmail.com, http://www.lycos.com,
C. http://www.yahoo.com, http://www.google.com, http://freemail.ukr.net, http://www.mail.ru, http://www.yandex.ru,
D. http://www.microsoft.com; http://www.ritlabs.com; www.washington.edu/pine; http://www.msn.com; http://www.google.com
E. http://www.yahoo.com, http://www.google.com, http://www.lycos.com, http://www.altavista.com,www.morion.kiev.ua
Які українські фармацевтичні інформаційні ресурси в мережі INTERNET ви би віднесли до найбільш авторитетних?
A. www.moz.gov.ua; drugmed.gov.ua
B. www.morion.kiev.ua; www.afvu.org.ua
C. www.provisor.com.ua; www.apteka.ua
D. www.darnitsa.ua; www.bhfz.com.ua; www.arterium.ua
E. www.optima.kiev.ua; www.biocon.com.ua
5. Відомий принцип “Діли та змішуй”як один з методологічних підходів використовується у:
A. високоефективному фармакологічному скринінгу;
B. віртуальному скринінгу;
C. комбінаторній хімії;
D. гнучкому молекулярному докінгу;
E. молекулярному моделюванні.
6. Виберіть приклади програмних пакетів, за допомогою яких здійснюють молекулярний докінг:
A. AutoDock, FRED, GOLD;
B. PASS C & T, Ореn Вавеl, Vida, AutoDock;
C. Dragon, Hyper Chem, FRED;
D. CONJURE, Isis, Open Eye;
E. Hyper Chem, ASD-labs, Chem-offise;
7. Однією з переваг комбінаторної хімії є:
A. можливість швидкого отримання великого набору сполук чи їх сумішей, як правило у малих кількостях;
B. можливість наробки великої кількості речовини для «класичного» фармакологічного тестування;
C. можливість автоматизації процесу синтезу/очистки для наробки достатньої кількості сполуки-лідера;
D. можливість швидкого отримання хімічно різнопланових сполук/реагентів;
E. всі відповіді вірні.
8. Для «паралельного синтезу» як одного з підходів комбінаторної хімії властиво:
A. Спрямований на одержання сумішей речовин, при цьому ряди дискретних речовин готуються одночасно в масивах фізично не відокремлених реакційних посудин;
B. Спрямований на одержання індивідуальних речовин. При цьому ряди дискретних речовин готуються одночасно в масивах фізично відокремлених реакційних посудин без взаємозаміни.
C. Спрямований на одержання індивідуальних речовин. При цьому ряди дискретних речовин готуються одночасно в масивах фізично не відокремлених реакційних посудин. Усі операції проводяться на твердому носії;
D. Спрямований на одержання речовин/сумішей у еквімолярному співвідношенні, що відповідає скринінговим вимогам;
E. всі відповіді вірні.
9. Одним з видів докінгових досліджень, що передбачає використання ряду конфірмаційних обмежень є:
A. Комплексний молекулярний докінг;
B. Системний молекулярний докінг;
C. Жорсткий молекулярний докінг;
D. Комбінаторний молекулярний докінг;
E. Гнучкий молекулярний докінг.
10. Існує велика кількість програмних пакетів для проведення молекулярного докінгу? За даними ISI Web of Science лідируючу позицію серед основних займає:
A. Chem & Bio 3D
B. PDB
C. FlexX
D. HyperChem
E. LUDI
11. Комп’ютерне моделювання взаємодії малої молекули (ліганда) з біологічною мішенню (білком), результатом якого є оцінка їх зв'язування є суттю:
A. Віртуального скринінгу
B. Високоефективного фармакологічного скринінгу
C. QSAR-аналізу
D. Молекулярного моделювання
E. Докінгу.
12. Інформація про тривімірну структуру біологічних мішеней (ензимів, рецепторів), як правило у форматі pdb є загальнодоступною в базі даних білків (proteindatabank), вкажіть адресу відповідного ресурсу:
A. http://www.vcclab.org
B. http://www.echemportal.org
C. http://www.qsarworld.com/
D. http://www.rcsb.org
E. http://www.ncbi.nlm.nih.gov
13. Відсів абсолютно «непридатних» речовин (хімічноагресивних, токсичних тощо) з досліджуваної віртуальної бібліотеки є суттю одного з етапів віртуального скринінгу:
A. REOS
B. Оцінка 2Dподібності
C. Молекулярний докінг
D. Молекулярне моделювання
E. Розрахунок афінності.
14. Встановіть відповідність:
1) тривимірне суміщення структури з порожниною мішені (рецептора, фермента тощо)
2) число яке характеризує структуру органічної сполуки
3) відбір речовин у межах віртуальних бібліотек звикористання різних показників, фільтрів, теорій алгоритмів
4) структурний прототип майбутнього лікарського засобу, з визначеною фізіологічною активністю
A. 1 - віртуальний скринінг, 2 – дескриптор, 3 –докінг, 4 - сполука-лідер;
B. 1 –докінг, 2 – дескриптор, 3 - De-novodesign, 4 – ліганд;
C. 1 – молекулярне моделювання, 2 – дескриптор, 3 –HTS, 4 - сполука-лідер
D. 1 –докінг, 2 – дескриптор, 3 - віртуальний скринінг, 4 - сполука-лідер;
E. 1 – візуалізація, 2 –ліофільність, 3 - віртуальний скринінг, 4 – pro-drug
