За свою деятельность Правительство РФ несет ответственность, которая носит прежде всего политический характер и выражается в увольнении Правительства в отставку. Оно может нести также гражданско-правовую ответственность, если его незаконными актами причинен материальный ущерб юридическим или физическим лицам. Возможна уголовная ответственность министров за совершение ими преступлений при исполнении служебных обязанностей (за общеуголовные преступления министры отвечают как обычные граждане).
Политическую ответственность Правительство несет перед Президентом РФ и перед парламентом.
Ответственность перед Президентом имеет абсолютный характер. Он вправе уволить Правительство в отставку в любой момент по своему усмотрению вне связи с какими-то обстоятельствами, указанными в Конституции РФ. Практически это происходит в связи с увольнением в отставку Председателя Правительства (премьер-министра). Это означает, что увольняется и Правительство как таковое, хотя новый премьер-министр и сам Президент РФ могут сохранить состав прежнего Правительства или его отдельных членов. Б.Н. Ельцин неоднократно увольнял по своему усмотрению Председателя Правительства в отставку, часто даже без объяснения причины (такого объяснения не требуют ни Конституция РФ, ни Федеральный конституционный закон о Правительстве 1997 г.).
Президент может также уволить Правительство при наличии определенных юридических фактов, предусмотренных Конституцией РФ: при отказе Правительству в доверии или при выражении ему недоверия. В этих случаях Президент может принять альтернативное решение: уволить Правительство в отставку или распустить Государственную Думу.
Министры также несут ответственность перед Президентом РФ. «Силовые» министры, министр иностранных дел, некоторые другие руководители служб и ведомств подчинены ему непосредственно и несут ответственность только перед ним. Остальные министры, как и названные, назначаются Президентом и отвечают перед ним, хотя их деятельностью непосредственно руководят премьер-министр и Правительство в целом. Президент неоднократно увольнял отдельных министров из состава Правительства, объявлял выговоры заместителям министров. Председатель Правительства объявлял также публичные замечания отдельным министрам.
Контроль парламента в отношении Правительства РФ в определенных формах применяется, но ответственность Правительства перед парламентом имеет ограниченный характер. Во-первых, перед Советом Федерации Правительство ответственности не несет. Совет Федерации не вправе отказывать Правительству в доверии и даже ставить этот вопрос. Хотя представители Правительства иногда выступают на заседаниях Совета Федерации, их выступления носят, как правило, лишь информационный характер (правда, новый Регламент Совета Федерации 2002 г. содержит некоторые контрольные элементы). Во-вторых, ответственность Правительства перед Государственной Думой из-за альтернативного полномочия Президента (право уволить или не увольнять при вотуме недоверия) не безусловна. Государственная Дума не может уволить Правительство в отставку даже при двух вотумах недоверия. Это прерогатива Президента. Кроме того, как уже говорилось, вотум недоверия только тогда имеет юридическое значение, когда он объявлялся два раза в течение трех месяцев. Если этот временной разрыв превышает три месяца, вотумы недействительны.
Акты и действия Правительства могут быть обжалованы в суд. Так, в 1998 г. Верховный Суд РФ, который организационно обеспечивает деятельность судов РФ, обратился в Конституционный Суд РФ с жалобой по поводу того, что Правительство (Министерство финансов РФ) не выделяет запланированных средств из бюджета для работы судов. Обжаловались в Конституционный Суд РФ и некоторые акты Правительства, затрагивавшие конституционные права личности.
