Незважаючи на десятиріччя гонінь, релігія і церква зуміли зберегти своє місце в суспільстві і вплив на нього.
З проголошенням незалежності України церковне життя пожвавлюється: йде помітне зростання кількості релігійних громад, будуються, відроджуються монастирі, духовні навчальні заклади, недільні школи. У духовний світ наших громадян глибше входить релігійна література, нам відкривається багатюща духовна спадщина України.
Відносини з релігійними громадами, особами, які належать до різних конфесій, у нашій країні регулюють Конституція України (ст. 35. Право на свободу світогляду і віросповідання) і Закон України "Про свободу совісті та релігійних організацій" від 23 квітня 1991 року, який підтверджує, що ніхто не може встановити обов'язкових переконань і світогляду. Не допускається будь-який примус щодо визначення громадянином свого ставлення до релігії, участі або неучасті в богослужіннях, релігійних обрядах і церемоніях, навчання релігій. У Законі закріплюється рівноправність громадян незалежно від їх ставлення до релігії. Церква і релігійні організації в Україні відокремлені від держави, а школа - від церкви.
Завдяки вдосконаленню законодавства, адміністративним та організаційним заходам вдалося нормалізувати релігійну обстановку.
Незабаром після проголошення незалежності визріла криза в православ'ї України, яке функціонувало на платформі РПЦ. Собор православної церкви в Києві проголосив автокефальність (незалежність), визнав себе Українською православною церквою (УПЦ). Собор звернувся до Московського патріархату з проханням канонізувати її в такому статусі. Але Московський архієрейський собор категорично відхилив прохання українського собору.
У червні 1992 р. відбувся об'єднавчий собор УПЦ і УАПЦ (яка діяла паралельно). Патріархом УПЦ-КП (так вона фактично почала називатися після об'єднання) обрали Мстислава (Скрипника), а його заступником Філарета (Денисенка). Та єдина УПЦ-КП тоді не склалася, того не побажав Мстислав, який невдовзі відійшов з життя. Після його смерті розкол поглибився і, по суті, закріпився собором УАПЦ, на якому її патріархом обрано Димитрія.
У свою чергу, на соборі УПЦ-КП в жовтні 1993 р. патріархом цієї церкви обрали колишнього політрепресанта, українського правозахисника Володимира (в миру Романюк), а його заступником стає Філарет. У липні 1995 р. патріарх Володимир (Романюк) відійшов з життя. Через деякий час патріархом УПЦ-КП на соборі вищих ієрархів церкви цієї конфесії в Києві обрали Філарета. Покійний патріарх конфесії Володимир, а потім Філарет порушували питання про об'єднання всіх гілок православ'я в одну. їх пропозиції знаходили розуміння в уряді, оскільки біли спрямовані на консолідацію українського суспільства, передусім віруючого населення. Ідея об'єднання всіх православних церков до тепер залишається нереалізованою.
Таким чином, у православ'ї Української незалежної держави існує кілька течій (конфесій): УПЦ-КП, УПЦ-МП, УАПЦ, УПЦ-катакомбна і УПЦ Андрія Первозванного. Крім того, низка церковних громад, зокрема в східних областях країни, підпорядкована безпосередньо Московському патріархату, тобто перебуває поза впливом патріархів, що функціонують в Україні.
Новий конфлікт між православними церквами спалахнув у 2004 р. під час президентських виборів, коли УПЦ-МП відкрито підтримала на виборах кандидата у Президента України В. Януковича, тим самим порушивши основний принцип діяльності церков — невтручання у політичне життя.
Серед інших конфесій — Українська греко-католицька церква, протестантські об'єднання Євангельських християн-баптистів, Адвентистів сьомого дня та ін., нехристиянські конфесії представників іудаїзму й мусульманства. Відроджуються дохристиянські вірування слов'ян. Є й нелегальні об'єднання. Серед них, зокрема, сатанисти, Біле братство, керівництво якого було притягнуто до судової відповідальності за протизаконну, антигуманну діяльність, сектантське об'єднання Муна та ін.
