1506 году Крымский хан объявил всю Южную Русь родовым улусом и начал уничтожение населения южных окраин Московского государства и Литвы.
Приднестровье в это время занимает стратегическое положение на стыке трех сильных государств — Польши, Крымского ханства и Османской империи. У всех трех были серьезные интересы в Приднестровье. На защиту южных рубежей государства встало новое военное сословие — казаки.
В период между 1508 и 1528 г.г. казаки под начальством брацлавского и виленского старосты князя Константина Острожского и каменецкого старосты Предслава Ляндскоронского совершили четыре похода против татар, отражая их нападение и опустошая пограничные с Литвой земли.
В 1538 году султан Сулейман I Кануни отобрал у Молдавского княжества территорию междуречья Днестра и Прута вплоть до Тигины (Бендеры) и полностью подчинил себе это княжество.
Для закрепления достигнутого успеха и управления завоеванными землями султан повелел отстроить в Бендерах сильную крепость. В ХIV-ХV вв. еще не возникло серьезных предпосылок для появления города на правом берегу Днестра. И решение турок о строительстве крепости говорит о коренной перемене всего образа жизни, складывавшейся веками системе хозяйствования этой территории. В комплексе с Хотином и Аккерманом (Белгород-на-Днестре) Бендеры создали сильный плацдарм турецкого влияния на южных рубежах христианского мира.
1 июля 1569 году в Люблине была подписана новая уния (союз) Польши и Литвы. За несколько месяцев до этого король издал универсалы, включающие украинские земли в состав Польши, в числе новых приобретений Польши были Подолия и Брацлавщина, а значит и Приднестровье. Это событие имело огромное значение для южнорусского населения. По унии эти земли присоединялись на правах свободной страны со свободным населением: «яко вольные до вольных и ровные до ровных люди». Так сказано было на бумаге, но не так вышло на деле.
Казачество оказалось в Речи Посполитой вообще лишним сословием. Дело в том, что в Польше того времени существовало лишь три сословия — шляхетское, мещанское и холопское. У казаков определенной организации не было, и только отправляясь в поход, они выбирали себе предводителей, возвращаясь же назад, поступали под ведение старост.
Население Приднестровья всегда было православным. В составе Литвы православные имели равные права с католиками, но в Польше это было не так. Включение Приднестровья в состав католической Польши обострило отношения между католиками и православными.
В 1596 году на Брестском соборе была провозглашена церковная уния. Несмотря на то, что подписанными ранее договорами Польская корона даровала Брацлавщине некоторые свободы и права, в частности это касалось употребления русского языка в государственной практике — все указы должны были написаны на русском языке, уния положила этому конец. Польская конституция разрешала шляхтичу вмешиваться в религиозную жизнь подданных. Шляхта запрещала православным отправлять религиозные обряды, преследовала тех, кто отказывался насильно принять унию, обязывала содержать католическое духовенство. По всей Брацлавщине и Подолии были открыты иезуитские коллегиумы и базилианские монастыри. Православных детей обязывали отдавать в обучение в иезуитские школы и монастыри. Приднестровье не стало исключением. Жизнь между двумя враждебными религиями: польским католицизмом и османским мусульманством вырабатывала в народе особый уклад жизни, а православное мессианство и мученичество, свойственное всем православным, реализовывалось не только в молитве, но и в делах. Историк Н. П. Батюшков писал «...забужане и поднестряне, самый бойкий и отважный народ Южной Руси, отличались расположенностью к буйству и неповиновению...».
