На формування козацького стану істотний вплив мав воєнний чинник. У XV—XVII ст. південь України був охоплений полум'ям безперервної боротьби з татаро-турецькими загарбниками. Для оборони з рублених і січених колод будувались укріплення – «січі». Серед перших організаторів козацьких загонів були старости прикордонних міст: Остафій Дашкович, Предслав Лянцкоронський, Бернард Претвич, а також сини магнатів Заславських, Корецьких та інші. Із середини XVI ст. пришвидшуються темпи формування козацької верстви. Важливу роль у цьому процесі відіграло заснування Запорозької Січі.
У середині XV ст. осередком згуртування українського козацтва стала Запорозька Січ (тобто укріплення за порогами), яку заснував Дмитро Вишневецький, а військо отримало назву Запорозького. У різні часи Січ розташовувалась на різних островах. Усього на території України існувало 8 січей: Хортицька, Базавлуцька, Томаківська, Микитинська, Чортомлицька. Олешківська, Кам’янська, Нова або Підпільненська. Тут почали збиратися втікачі не тільки з України, а й з Польщі, Білорусі, Молдови, Росії.
Дуже скоро Запоріжжя перетворилося на могутню фортецю, оточену високим частоколом з гарматами. Поступово запорожці розділилися на різні козацькі верстви: січових козаків (практично увесь час перебували на Січі, належали до певного куреня); реєстрових козаків (перебували на службі польського короля, одержували платню та землі за виконання службових обов'язків, а також звільнялися від сплати податків); паланкових козаків (сімейні козаки, які проживали на хуторах і зимівниках, належали до певної паланки); нереєстрових козаків (не внесені до реєстрів козаки, найбідніша та найактивніша під час соціальних виступів частина козацтва).
Війську Запорізькому низовому були притаманні риси демократичної республіки. Січова рада була вищим законодавчим і адміністративним органом. Вона розглядала питання внутрішньої і зовнішньої політики, судила злочинців, обирала уряд – військову і паланкову старшину (кошового отамана, суддю, осавула, писаря, курінних отаманів, військових службовців, хорунжого та інших). На Січі не було феодальної власності на землю, кріпацтва, панувала формальна рівність між усіма козаками на землю, участь в радах, але між старшиною і рядовими козаками існувала соціальна нерівність, яка викликала незадоволення бідних козаків (сіроми).
Запорозька Січ мала своєрідну військово-адміністративну організацію. Запорозьке військо мало два поділи — військовий і територіальний. Військо поділялося на 38 куренів (Пащуківський, Переяславський, Канівський, Іркліївський, Корсунський та ін.), а територія — спочатку на 5, а потім на 8 паланок. Назва «курінь» походить від слів «курити», «диміти». Вона вживалася в значенні сотні, полку, частини війська. Паланка в буквальному перекладі з татарської мови означає «маленька фортеця». Військові клейноди запорожців складалися з булави, пернача, бунчука, корогви, печаті й котлів або литаврів.
Чисельність запорозького війська не була сталою, а коливалася від 6 до 15 тис. Багато європейських монархів неодноразово звертались до козаків з проханням виступити на їхньому боці як наймане військо під час військових конфліктів. Зважаючи на козацтво як на значну військову та політичну силу, уряди Московії, Венеції, Австрії, Туреччини та Кримського Ханства встановлювали з Січчю зв'язки через голову польського короля, якому номінально були підвладні запорожці. Не дивно, що за таких обставин Січ почала виявляти все більшу самостійність у своїй внутрішній політиці. Зростанню міжнародного авторитету Запоріжжя сприяли і морські перемоги січовиків, здобуті завдяки своєрідному легкому, рухливому флоту, що складався із уславлених човнів-чайок.
У 1568 р. король Сигізмунд II Август видав універсал про прийняття на державну військову службу 300 козаків, які мали бути поіменно занесеними до спеціального списку – реєстру – і називатися реєстровими. Організація цього війська велася під проводом коронного гетьмана Юрія Язловецького. 1572 р. це військо було сформоване. У 1578 р. Стефан Баторій збільшив кількість реєстрових козаків до 600 осіб і надав їм ряд привілеїв: право власної військової, адміністративної та судової юрисдикції; звільнення від податків та повинностей; право на землеволодіння; право займатися промислами и торгівлею; право одержувати держплатню; право самостійно обирати гетьмана й козацьку старшину на козацькій раді.
