В решениях собора говорилось о функции церкви как посредника в достижении спасения. Вера, благодеяния и посредничество церкви, именно такой путь к спасению постулировался на Тридентском соборе. Подтверждалась непоколебимость церковных иерархии, таинств и традиций. Тридентский собой в первый период своих заседаний подтвердил схоластическое учение средних веков об оправдании и, таким образом, окончательно сломал мост между католиками и протестантами. Было закреплено, что Священное предание также является источником веры, что отрицали протестанты. Все это означало, что разрыв католицизма с протестантизмом был окончательным.
Из-за реформационного движения католической церкви необходимо было объединиться. Но в это время были уже довольно сильны национальные церкви, желавшие ограничить власть папства, поставить выше его решений решения соборов. Но собор посчитал, что единственной силой, способной объединить церковь, было именно папство. Поэтому Тридентский собор закрепил верховенство власти понтификов. «Критерием верности церкви стала верность папству».
Среди решений собора были и важные в плане реформирования церкви пункты. Так, раз в год в епархиях и раз в три года в провинциях должны были проводиться синоды. Вводились меры по пресечению злоупотреблений, подрывавших авторитет церкви — торговли церковными должностями, вымогательства, сосредоточения в одних руках нескольких бенефициев, присутствия на церковных должностях лиц, не имеющих духовного сана. Подчеркивалась роль исповеди, других церковных таинств. Признавалась недопустимость торговли индульгенциями. Также важным постановлением собора было решение создать по возможности в каждой епархии семинарии, в которых обучались бы священники. Образование должно был идти по реформаторскому типу. Таки образом, подготавливалась основа для обновления нравов как в среде духовенства, так и в среде мирян, которых бы вела за собой католическая церковь.
Решения собора претворялись в жизнь не сразу. Национальные церкви не желали соглашаться с получением папой права назначать и смещать служителей церкви во всех странах. При папе Григории XIII при дворах европейских монархов были учреждены постоянные нунциатуры (дипломатические представительства).
Иезуиты создавали свои учебные заведения с целью давать образование в духе обновленного католицизма. Император Фердинанд I создал университеты в Вене и Праге. Если протестанты предоставляли князьям, перешедшим в их веру, возможность объединить в своих руках и светскую, и религиозную власть, то и Контрреформация давала такую же возможность. «С согласия папы, даже в союзе с ним, они могли сохранить за собой свои приобретения, и их влияние в католической церкви росло (с образованием тесного союза светской власти и папы)». Такое решение было обусловлено тем, что за правителем в вопросах веры в большинстве случаев следовало и дворянство. Таким образом, чтобы не потерять авторитета и усилить влияние, церкви необходимо было дать большую свободу светской власти.
Союз духовной и светской властей предполагал и усиление влияния государственных интересов на избрание пап. В середине XVI века появилось право «государственного вето». Кардиналы-представители той или иной страны были проводниками воли государства, они выдвигали вместо нежелательного для светской власти кандидата на папский престол другого, угодного им. Император Карл V впервые дал указание кардиналам империи, за кого голосовать. Габсбурги обеих ветвей сделали право «вето» своим привычным правом. Позже им пользовались и другие европейские монархи.
