1. Решение о включении вопроса в повестку дня Межсоборного присутствия принимается Поместным или Архиерейским Собором, либо Священным Синодом.
2. Вопросы, включенные в повестку дня Межсоборного присутствия, направляются в комиссии и рабочие группы по резолюции Патриарха Московского и всея Руси. Патриарх может также принять решение о направлении отдельных вопросов на отзыв предстоятелям, синодам или соборным органам самоуправляемых Церквей, епархиальным архиереям или учреждениям Русской Православной Церкви, а также на обсуждение епархиальных собраний (съездов).
3. Комиссии готовят заключения по порученным им вопросам.
Заключение комиссии должно содержать конкретные предложения по решению обсуждаемого вопроса и, в качестве приложения, сводку мнений, выраженных в ходе обсуждения.
4. Заключения комиссий направляются в редакционную комиссию, которая, рассмотрев документы при участии представителей профильной комиссии, передает их в президиум.
5. Президиум может:
— передать документ на обсуждение пленума Межсоборного присутствия;
— принять решение о направлении документа на отзыв в епархии и/или публикации его для проведения общественной дискуссии;
— в исключительном случае представить документ на непосредственное рассмотрение Священного Синода;
Во втором случае, до рассмотрения документа пленумом, он направляется в редакционную комиссию, которая при участии представителей профильной комиссии вносит предложения по отзывам и комментариям, поступившим из епархий или выраженным в ходе общественной дискуссии.
Президиум также обсуждает текущие вопросы деятельности Межсоборного присутствия и принимает по ним решения либо представляет их на рассмотрение Священного Синода.
6. Протоколы заседаний президиума и пленума Межсоборного присутствия подписываются секретарем и утверждаются Патриархом Московским и всея Руси. Заключения пленума Межсоборного присутствия подписываются Патриархом.
7. Священный Синод, рассмотрев представленные ему заключения, передает их на рассмотрение Архиерейского или Поместного Собора, либо принимает по ним собственное решение.
8. Отзывы предстоятелей, синодов или соборных органов самоуправляемых Церквей, епархиальных архиереев или учреждений Русской Православной Церкви, заключения епархиальных собраний (съездов) направляются Патриарху Московскому и всея Руси, а затем, по его резолюции, передаются на обсуждение Межсоборного присутствия. В отдельных случаях эти отзывы и заключения могут быть представлены Патриархом непосредственно Священному Синоду.
9. Аппарат Межсоборного присутствия:
— осуществляет делопроизводство Межсоборного присутствия и ведет его архив;
— обеспечивает практическую подготовку заседаний пленума и президиума Межсоборного присутствия, а также ведение протокола этих заседаний.