Потрапивши в XVII ст. під владу московських патріархів, а згодом російських чиновників з Святійшого Синоду, Православна церква в Україні відірвалася від вікових традицій українського народу і стала на службу імперської політики. Єпископами, священиками, учителями духовних семінарій та в духовних бурсах-школах часто були росіяни, які навчали в дусі великоросійського патріотизму. Всього наприкінці XIX ст. серед духовенства українських губерній українців було 50%.
Від 1799 р. на Київському Митрополичому престолі жодного разу не було українця, а з 1812 р. вже не висвячували українців на епіскопів. Російська Православна церква стала засобом русифікації й денаціоналізації віруючих. Імперський уряд заборонив вживати українську мову навіть у проповідях. Духовенство було зобов'язане стежити за політичними рухами, у тому числі й українськими, й інформувати про них поліцію.
Уряд заборонив будувати церкви в українському стилі, малювати ікони, переслідував українські звичаї.
Незважаючи на всі зусилля уряду і церковних властей, серед духовенства було немало людей, які намагалися надати церкві українського характеру. Як і в світських навчальних закладах, в Київській Духовній Академії і духовних семінаріях існували опозиційні гуртки, у тому числі і українофільського характеру. Під їх впливом перебувала певна частина духовної молоді. З початком революції в різних місцях України — на Волині, Катеринославщині, Київщині, Поділлі, Полтавщині, Чернігівщині - духовенство та парафіяни виступили за українізацію проповіді та богослужіння, за визнання одного з найприродніших людських прав — звертатися до Бога рідною мовою. В умовах революції, коли контроль церковних верхів ослаб, це подекуди вдавалось зробити явочним порядком. У деяких парафіях українізації проповідей вдалося досягти на Катеринославщині. Досить широко проповідь рідною мовою стала практикуватися й на Поділлі, де в 1909 р. навіть було видруковано збірник проповідей українською мовою. В 1906 р. в результаті послаблень, зроблених національному рухові під тиском революції, з'явилася можливість видати переклади на українську мову Біблії.
З різних губерній надходили повідомлення про бажання духовенства і віруючих запровадити викладання українською мовою в церковно-парафіяльних школах та духовних семінаріях. Синод змушений був реагувати на подібні постанови. У 1907 р., як виняток, було дозволено викладання української мови в церковнопарафіяльних школах на Поділлі, а в 1908 р. санкціоновано введення в подільській семінарії тих предметів (правда, як необов'язкових), про які клопотався єпархіальний з'їзд.
Але поодинокі локальні перемоги суті справи не міняли. Це зрозуміли деякі національно зорієнтовані священики й миряни. «Нам, українцям, потрібна українська православна церква, як білорусам білоруська», — писав у 1911 р. у листі до газети «Рада» один з священиків. Вимоги надання автокефалії (незалежності) українській церкві увійшли в програму Української народної партії. Відсутність національної церкви негативно позначилася на національно-визвольній боротьбі як у згаданий період, так і, особливо, в 1917 та наступні роки.
Сектантський рух
Відірваність офіційної Православної церкви від запитів та інтересів населення викликали його зростаюче незадоволення. Воно все частіше шукало задоволення своїх релігійних почуттів за стінами офіційної церкви. Внаслідок цього в Україні з'явилися різні релігійні секти.
Сектантство було поширене, головним чином, на Півдні України, в колоніях німців-переселенців. Через українських робітників, які працювали в колоніях, цей рух перекинувся на навколишнє населення. Популярною була секта баптистів. її члени вважали, що людину можна хрестити тільки в дорослому віці, коли вона вже розуміє акт хрещення. Члени іншої секти - євангелістів визнавали лише вчення Нового Завіту і відкидали всі інші церковні джерела. Не приймали вони рішення церковних синодів, писання Отців церкви тощо.
Але найбільш поширеною була секта, відома під назвою «штунда». Назва ця походила від німецького слова «штунде» (година). Ця година щодня відводилася на читання Біблії та співання псалмів. Простота штундизму полегшувала його успіх: він охопив Херсонщину, Катеринославщину, Волинь. Влада штундистів переслідувала: їх засилали до Сибіру, тримали у в'язницях, у них відбирали дітей тощо. Лише революція 1905 р. зняла заборону на їх діяльність. Переслідувалися й інші секти.
Переслідування сектантів російським урядом тільки збільшувало їх популярність, піднімало в народі їх авторитет як мучеників за віру. На початку XX ст. сектантські рухи набрали значних розмірів і налічували понад мільйон членів. За деякими даними, на момент вибуху в 1914 р. світової війни їх в Україні уже було 4 мільйони.
Спільною рисою сектантських рухів було те, що вони відривали своїх послідовників від Православної церкви. При цьому загальним для сект було ігнорування ними проблем захисту національних інтересів українців. Головним чином вони звертали увагу на соціальні моменти. Звичайно, серед сектантів траплялися і національно свідомі українці, проте не вони визначали обличчя сект. Сектантський рух не міг виконати роль об'єднуючої українців сили.
Церква в Галичині
На початку XX ст. Греко-Католицька церква в Галичині відігравала діаметрально протилежну роль у порівнянні з Православною церквою на Наддніпрянщині. їй належало видатне місце у національному відродженні на західноукраїнських землях. Вона охоплювала найширші маси населення, її священики, будили національну свідомість у найглухіших селах. Часто священик був єдиною високоосвіченою людиною на селі, до якого всі зверталися за порадою. Один із діячів цієї церкви на установчих зборах Львівської «Просвіти» говорив: «Дивні речі чинить Провидіння... Та Унія, що її сприяв польський уряд в XVI ст., перевернулася в XIX ст. в найбільшу захисницю української національної справи, давши низку патріотів священиків-католиків, що врятували Галичину від полонізації».
Непересічна роль в національному русі Галичини належала митрополиту Греко-Католицької церкви Андрію Шептицькому. Багато він зробив у власне церковних справах, добиваючись, щоб розкол церков в Україні не перешкоджав загальнонаціональному відродженню. Шептицький першим із греко-католицьких митрополитів звернув увагу на Схід. У 1908 р. він таємно подорожував по Центральній Україні, зав'язував контакти з місцевими українцями, з вченими Києва. Андрій Шептицький організував щорічні з'їзди церковних діячів різних слов'янських народів для обговорення питань, зв'язаних з об'єднанням церков.
Церковне життя на Буковині
На Буковині понад дві третини віруючих належали до Православної церкви. Як і в Наддніпрянщині, тут цій церкві теж не вдавалося виконувати роль захисника українських інтересів. Якщо Православна церква на Сході України служила засобом русифікації краю, то на Буковині вона була засобом румунізації: більшість серед духовенства складали румуни або румунізовані українці. Лише на рубежі XX ст. буковинці добилися, щоб українці отримали 2 місця радників у керівництві місцевої єпархії та кафедру на богословському факультеті Чернівецького університету.
Поруч з православними, в Буковині була греко-католицька меншість. Буковинські греко-католики відчували позитивний вплив земляків з Галичини.
У цілому румунський тиск на українців був пом'якшений сусідством сильної Греко-Католицької церкви. Звичайно, цей вплив перш за все позначався на буковинських одновірцях. Але й православних віруючих надихав приклад успішної оборони національних прав галичанами. Налагодивши зв'язки з ними, вони не без успіху протистояли румунізації та онімеченню.
Закарпатська церква
Серед українців Закарпаття переважали віруючі греко-католики. Була й незначна присутність православ'я. Неодноразово і в XVIII, і в XIX ст. робилися спроби церковного об'єднання з Галичиною. Але цьому рішуче протидіяли угорці. Як і в Галичині, Греко-Католицька церква на Закарпатті була опорою українства.
Проте, якщо на Прикарпатті справі національного відродження служило все греко-католицьке духовенство, то по іншу сторону гір певна частина священиків піддалася угорському тиску і не чинила опору зугорщенню, зокрема, переведенню на угорську мову богослужіння.
Роль захисника українства, яка у Галичині належала Андрію Шептицькому, на Закарпатті взяв на себе мукачівський єпископ Юлій Фірцак (1836 — 1912рр). Він рішуче боровся проти зугорщення краю, протестував проти економічного пригнічення українців. На його протести змушені були реагувати в Будапешті, і на початку XX ст. закарпатці відчули певне економічне полегшення після впровадження деяких реформ, що ввійшли в історію під назвою «Верховинська Акція».