Во времена латинского владычества на Востоке (XIII в.) Православная Церковь в Греции была гонимой. Некоторых греческих митрополитов заточили в тюрьмы (например ученого, Афинского митрополита Михаила Акомината, ок. 1220), другие вынуждены были скрываться. На кафедрах оставлялись лишь те, кто признавал над собой власть папы. В Коринфе, Афинах и в других важнейших городах были поставлены латинские архиепископы, подчинявшиеся латинскому Константинопольскому Патриарху. По всей Греции развернулась энергичная пропаганда католицизма, хотя и безуспешно. В особенно тяжелом положении оказались православные островитяне. Более других испытали гнет католицизма православные острова Крит, который несколько веков (1204–1669) находился под властью венецианцев. Они не имели своего православного архиерея и всеми способами были принуждаемы принять католичество.
После того как в 1261 году был отвоеван Константинополь у латинян, началось восстановление православных епархий (Коринфская митрополия была восстановлена только в конце XVI в.). Хотя некоторые области еще продолжали оставаться в ведении латинян, византийские императоры проявляли покровительство и заботу о проживавших в них православных греках.
Со времени завоевания Греции турками (XIV–XV вв.) латинское насилие прекратилось — епархии были подчинены Константинопольскому Патриарху, но положение греков, как и прочих покоренных турками народов, было тяжелым.
Испытывая от турок тяжелые притеснения, греки не теряли надежды на освобождение и первыми из народностей Балканского полуострова достигли политической и церковной самостоятельности. Воодушевленные надеждой на свободу, они часто брались за оружие против своих притеснителей, но в XV–XVIII веках добиться чего–либо для своей независимости не смогли. Более благоприятными были для них следующие столетия — XVIII и XIX. Турция в это время дошла до крайней степени государственного бессилия, а единоверная грекам Россия, на которую они в течение многих лет смотрели с упованием как на свою единственную защитницу и освободительницу, заявила о себе как о сильной державе. В то же время и сами греки имели достаточные силы, чтобы начать открытую борьбу с притеснителями. Население Архипелага получило от турок некоторые льготы в связи с тем, что из своей среды давало хороших моряков в турецкий флот. Важной льготой было право островитян свободно плавать по всем морям Османской империи. Благодаря этому праву они развили широкую торговлю и располагали большими денежными средствами. Во время войны XVIII века греки под предлогом торговли или же охраны торговых судов от морских пиратов стали заводить и вооруженные корабли, из которых можно было на первый случай составить довольно значительный флот. Одновременно принимались меры к развитию народного образования. С этой целью греки у себя на родине открывали школы, в которых, воспитывая молодое поколение на своей древней национальной литературе, стремились раскрыть перед ним счастливое прошлое свободной Греции, помочь сравнить с прошлым теперешнее униженное положение Эллады под игом турок и таким образом оживить стремление к национальной свободе. Принятые меры дали желаемые результаты. Как только в 1768 году началась война между Россией и Турцией, греки сочли это время удобным для завоевания своей независимости. Едва русский флот под командованием графа Орлова появился в Средиземном море, греки Морей и Архипелага восстали против турок. Греческие моряки присоединились к русским и действовали с ними вместе. Хотя турки после ухода русских войск жестоко отомстили восставшим, греки не теряли надежды на освобождение, тем более что по заключенным между Россией и Турцией мирным договорам после первой войны в Кучук–Кайнарджи (1774), а после второй – в Яссах (1791) Россия дважды получила право покровительствовать православным христианам на Востоке.
Первые десятилетия XIX века явились временем настойчивых усилий греков свергнуть турецкое иго. В Париже учившиеся там греки образовали литературное общество под названием «Гетерии» (друзья муз), которое вскоре приняло политический характер, поставив перед собой целью освобождение Эллады. Греки, проживавшие в Европе, считали своим долгом быть членами этого общества. К нему также принадлежали находившиеся на русской службе граф Иоанн Каподистрия и князь Александр Ипсиланти. Последний в 1821 году во главе отряда вооруженных греков вторгся в Дунайские княжества и поднял там восстание. Но это предприятие не имело успеха. Турки смогли подавить восстание. Ипсиланти был вынужден удалиться в Австрию, где был схвачен и заключен в тюрьму. Однако спустя всего несколько дней митрополит Патрский Герман водрузил в Калаврите знамя нового восстания и обратился к народу со следующим воззванием: «Героические сыны геройских отцов! Пусть препояшется каждый мечом своим, потому что лучше пасть с мечом в руках, нежели видеть бедствия отечества и оскверненные святыни! Ну же! Разорвите оковы, сокрушите иго, которое возложили на вас, потому что мы — наследники Божий и сонаследники Христовы! Дело, которое вы призываетесь защитить, есть дело Самого Бога». В том же году произошло большое по силе восстание греков в Морее и на Архипелаге. «Не жить больше турку ни в Морее, ни в целом свете», — пели восставшие греки в своих воинственных песнях. И действительно, последовала упорная и кровопролитная борьба. Турки смиряли греков самыми жестокими мерами, греки отвечали тем же. Европейские правительства смотрели на происходящее в Морее как на внутреннее дело Турецкой империи, поэтому греки долгое время были предоставлены собственной участи. Только по настоянию России европейская политика бездействия кончилась. Россия, Англия и Франция, заключив между собой договор, потребовали от Махмуда II прекратить бесчеловечную резню греков. Когда же он отказался выполнить это требование, союзники применили оружие. В 1827 году произошел Наваринский бой, в котором весь турецко–египетский флот в несколько часов был истреблен союзным флотом России, Англии и Франции. Принимая Россию за главную виновницу поражения Турции, султан издал против нее оскорбительную прокламацию, ответом на которую со стороны России было объявление войны. Война (1827–1829) окончилась для России победоносно. В 1829 году Турция была вынуждена подписать мирный договор в Адрианополе, по которому, в частности, обязалась признать независимость Греции. Окончательно этот вопрос был решен в 1830 году. Восставшие греческие провинции были признаны самостоятельным государством, ему было присвоено название Греческого, или Эллинского. В состав нового государства вошли: Морея, Средняя Греция и некоторые острова.
Какую же роль играла Православная Церковь в освободительной борьбе греческого народа? Этот вопрос хорошо раскрывает профессор Салоникийского университета Э. Д. Теодору. «Элладской Церкви, — пишет он, — пришлось вести во время оттоманского владычества новую духовную борьбу. В это время Церковь как любящая мать и как птица, собирающая «птенцов своих под крылья» (Мф. 23, 37), выступила в защиту порабощенного греческого народа и оказала огромную помощь в сохранении органической целостности греческой нации. Без поддержки своей Церкви греческий народ под гнетом турок оказался бы в очень серьезной опасности. Церковь поддерживала духовные силы народа и его национальные традиции, верной хранительницей которых она являлась при посредстве греческого языка и письменности, и особенно церковных богослужений… С помощью Церкви было построено множество школ, библиотек, общественных столовых для студентов, типографий. Церковь предоставляла стипендии и осуществляла другую деятельность подобного рода. В этот период Церковь способствовала даже развитию науки. В качестве характерного примера можно привести двух известных священников — Евгения Булгариса и Никифора Теотокиса, которые впервые ознакомили греков с физическими науками. Помимо богословских трудов, они писали о математике, астрономии и физике.
Таким образом, православные греки объединились вокруг своей Церкви, сохраняли свое национальное сознание и не поддавались ассимиляции со стороны ислама… Как во всеуслышание заявил Евгений Булгарис в патриаршей часовне в Константинополе в 1760 году, Церковь «даже в оковах рабства излучала свет и сохраняла свое достоинство». Вся жизнь порабощенного народа имела церковный характер: интересы Церкви были интересами народа и наоборот.
В период оттоманского владычества огромную деятельность осуществляли монастыри. Они являлись убежищем для всех угнетенных, укрепляя благочестие народа… Монахи–учителя преподавали или в самих монастырях, или же во время путешествий по стране; проповедники и духовные исповедники воодушевляли людей как в вере, так и в стойкости. Во многих монастырях регулярно работали школы, причем все они превращались в хранилища рукописей…
Элладская Церковь не только спасла греческую нацию, но и подготовила ее освобождение от турецкого ига, участвуя и словом и делом в борьбе за национальную независимость».
В ознаменование заслуг священнослужителей перед Церковью и родиной в Афинах в 1974 году открыт памятник неизвестному священнику.
