Під системою екологічного права розуміють розміщення у певній логічній послідовності його структурних підрозділів, яка обумовлена змістом екологічних відносин, що виступають предметом екологічного права. Екологічне право як галузь права поділяється на Загальну і Особливу частини та складається із підгалузей права; субінститутів; складних та простих інститутів.
Загальна частина екологічного права містить норми права, які регулюють питання, загальні для всіх видів екологічних відносин. Вона охоплює такі положення: а) загальна характеристика екологічних відносин та екологічного права; б) джерела (форми) екологічного права; в) право власності на природні об'єкти; г) управління в галузі використання, відтворення та охорони навколишнього природного середовища; ґ) загальні положення природокористування; д) правове забезпечення екологічної безпеки; е) правове забезпечення економічного механізму у сфері екології; є) загальні питання охорони природного середовища; ж) юридична відповідальність за порушення екологічного законодавства.
Особлива частина містить правові норми, які регулюють окремі види екологічних відносин з урахуванням їх специфіки, а саме право користування землею, водами, надрами, рослинним світом, тваринним світом, атмосферним повітрям, природно-заповідним фондом та іншими видами природних ресурсів. В цій частині також містяться норми, які стосуються міжнародних форм співробітництва в галузі екології, охорони навколишнього природного середовища в сільському господарстві, промисловості, на транспорті, інших сферах господарювання людини.
Як уже зазначалося, екологічне право об'єднує у своєму складі відповідні підгалузі права. Вони становлять сукупність правових норм, що регулюють однорідну групу екологічних відносин, з притаманними для них специфічними рисами, які є невід'ємною частиною загальних екологічних відносин. Оскільки основу кожної групи відносин складають певні природні об'єкти зі своїми, властивими лише їм істотними рисами, це обумовлює необхідність конкретних правових форм. Такими правовими формами є земельне, водне, гірниче, фауністичне, флористичне, атмосфероповітряне, природно-заповідне, природоохоронне право як підгалузі екологічного права. Підгалузева структура екологічного права забезпечує диференційований підхід до правового регулювання відповідних видів екологічних відносин. Екологічне право, його підгалузі об'єднують складні, прості правові інститути і субінститути. Вони можуть або входити до складу підгалузі, або ж займати самостійне місце в системі екологічного права. Так, земельне право, як підгалузь екологічного права, містить низку складних правових інститутів: право користування землями, яке у свою чергу поділяється на прості правові інститути — право користування землями сільськогосподарського призначення, землями населених пунктів тощо; правова охорона земель, яка теж включає ряд простих правових інститутів, і т. д. Правовий інститут екологічної безпеки посідає самостійне місце в системі екологічного права. За таким же принципом систематизуються й інші підгалузі екологічного права.
Система екологічного права як навчальна дисципліна в основному збігається з системою даної галузі права. У перспективі може виникнути необхідність у створенні навчальних спецкурсів у межах екологічного права з метою вдосконалення навчального процесу та більш поглибленого вивчення конкретних питань, що відповідає вимогам правозастосовної практики (наприклад, земельного права).
Система екологічного права як еколого-правова наука також виходить із системи цієї галузі права. Вона являє собою систему наукових поглядів, правових ідей, концепцій, понять, а також знань закономірностей правового регулювання екологічних відносин, які утворюють предмет екологічного права. Еколого-правова наука сприяє вдосконаленню системи екологічного права як навчальної дисципліни, системи екологічного законодавства тощо.
