Поскольку 12 октября 1920 года в Риге был подписан только договор о перемирии и предварительных условиях мира, то предстояло еще заключить и мирный договор, который подвел бы окончательную черту под советско-польской войной. Поэтому переговоры между советской и польской делегациями возобновились в Риге через месяц, 13 ноября. Переговоры в Риге шли медленно, поскольку там решались не только территориальные и политические, но также экономические и другие вопросы. Обе делегации не торопились, ведь военные действия закончились, действовало перемирие, а главное, менялась политическая ситуация в их странах.
Красная Армия разгромила армию Врангеля в Крыму, но внутреннее положение в разоренной и голодной России оставалось напряженным. Не утихали крестьянские восстания. Росло недовольство рабочих и матросов, что вылилось в восстание в Кронштадте, начавшееся в конце февраля 1921 года и продолжавшееся до 18 марта. Полыхала крестьянская война в Тамбовской губернии. Все это заставило советскую делегацию пойти на ряд уступок польской стороне.
Обе делегации поддерживали связь со смешанной военно-согласительной комиссией в Минске и ее председателем с польской стороны полковником Юзефом Рыбаком. Нужно было согласовывать военно-технические вопросы. А в это время на территории Белоруссии действовала армия С. Булак-Балаховича, происходило Слуцкое вооруженное выступление. Затем пришлось заниматься вопросами о семи сахарных заводах на Волыни, принадлежность которых не была еще решена. 26 ноября 1920 года министр иностранных дел Польши Э. Сапега обвинил советскую делегацию в затягивании переговоров методом постоянных протестов (посредством нот Иоффе) и в использовании переговоров (а также протестов) в целях пропаганды. Категорически отвергнув все обвинения, выдвигавшиеся советской стороной, Сапега заявил, что польское правительство «возобновило переговоры с искренним желанием положить конец войне». Переговоры носили острый, а иногда и драматический характер. Были моменты, когда дело могло закончиться их полным разрывом. Но тактика негласных встреч руководителей делегаций позволила достигать компромиссов, которые затем оформлялись на заседаниях комиссий и на пленарных заседаниях. По-прежнему Иоффе и Домбский разговаривали между собой по-немецки.
На первом этапе работы мирной конференции польская сторона предложила внести поправки при точном определении пограничной линии, установленной договором о прелиминарных условиях мира. Иоффе не отверг этих предложений, так как они давали возможность советской делегации требовать уступок в финансовых и хозяйственных вопросах. Польская сторона стремилась исправить границу в Белоруссии в пределах бывшей Виленской губернии — в районе Радошковичей (северо-западнее Минска) и в обширной Туровской Пуще в Полесье, а также на небольших участках на Волыни. Всего требования польской стороны составляли до 10 тысяч квадратных километров. Эти требования подкреплялись ходатайствами жителей приграничной зоны к польским властям оставить их селения на польской стороне границы. Такие петиции были поданы от жителей западной части Лепельского уезда и части Минского уезда. В конце января 1921 года в Варшаву прибыла делегация Минского уезда с требованием при заключении мира учесть пожелания населения о включении этой территории в состав Польши. Иоффе даже отметил в своей ноте от 16 декабря 1920 года, что правительство Польши «принимает представителей помещиков из Белоруссии под видом представителей белорусского народа».
24 февраля было подписано соглашение о репатриации на родину из РСФСР, УССР и Польши всех пленных, интернированных и эмигрантов. В тот же день обе делегации в полном составе подписали дополнительный протокол об исполнении статьи 1 договора о прелиминарных условиях мира, т.е. о проведении линии границы на местности. Для этого была создана смешанная пограничная комиссия из представителей обеих сторон. На разные участки границы назначались подкомиссии, подчиненные смешанной пограничной комиссии. Местом пребывания последней был избран Минск. Дополнительный протокол указывал, какими документами нужно пользоваться для определения линии границы, а также разъяснениями старожилов. Рекомендовалось: «земли единоличных владельцев… включать в состав хозяйственных единиц ближайших селений». Протокол был составлен на русском, украинском и польском языках. Все три текста считались аутентичными.
Ни одна из сторон в ходе войны не достигла поставленных целей: Белоруссия и Украина были разделены между Польшей и республиками, в 1922 году вошедшими в Советский Союз. Территория Литвы была поделена между Польшей и независимым Литовским государством. РСФСР со своей стороны признала независимость Польши и легитимность правительства Пилсудского, временно отказалась от планов «мировой революции» и ликвидации Версальской системы. Несмотря на подписание мирного договора, отношения между двумя странами оставались напряжёнными на протяжении последующих двадцати лет, что в конечном счёте привело к участию СССР в разделе Польши в 1939 году.
