29 июня 1999 г. официально опубликован и вступил в силу Федеральный конституционный закон "О военных судах Российской Федерации". С его принятием на законодательном уровне завершились реорганизация военно - судебной системы Российской Федерации и создание самостоятельных и независимых от органов исполнительной власти (в том числе и от органов военного управления) судов, способных быть гарантом законности и справедливости в таких важнейших государственных структурах, как Вооруженные Силы Российской Федерации, другие войска, воинские формирования и федеральные органы исполнительной власти, в которых федеральным законом предусмотрена военная служба.
Вступивший в силу Закон устанавливает полномочия, порядок образования и деятельности военных судов в соответствии с требованиями ч. 3 ст. 22 Федерального конституционного закона Российской Федерации "О судебной системе Российской Федерации". При этом в Законе учтены новые требования, предъявляемые сегодня к судам общей юрисдикции, в связи с чем в нем имеются новеллы, которые в будущем планируется ввести и для остальных судов общей юрисдикции.
Давая характеристику Закону в целом, необходимо, прежде всего, подчеркнуть, что в нем получил дальнейшее развитие принцип единства судебной системы Российской Федерации, согласно которому военные суды не образуют какую-то самостоятельную и обособленную ветвь судебной власти, а наравне с районными, городскими, областными и другими судами полностью входят в единую систему судов общей юрисдикции, возглавляемую Верховным Судом Российской Федерации. Военные суды также создаются по территориальному принципу и могут быть созданы или упразднены лишь федеральным законом. В своей деятельности при рассмотрении дел они руководствуются, как и другие суды общей юрисдикции, таким же процессуальным и материальным законодательством, а их решения могут быть обжалованы, наравне с решениями иных судов общей юрисдикции, в Верховный Суд РФ. Особенностью военных судов является то, что они осуществляют правосудие в специфических армейских условиях.
Данные положения закреплены в ст. 1 рассматриваемого Закона, согласно которой военные суды входят в судебную систему Российской Федерации, являются федеральными судами общей юрисдикции и осуществляют судебную власть в Вооруженных Силах РФ, других войсках, воинских формированиях и федеральных органах исполнительной власти, в которых федеральным законом предусмотрена военная служба. Военные суды создаются по территориальному принципу по месту дислокации воинских частей и учреждений Вооруженных Сил РФ, других войск, воинских формирований и органов. Военные суды располагаются в открытых для свободного доступа местах. Военные суды создаются и упраздняются федеральным законом. Никакой военный суд не может быть упразднен, если отнесенные к его ведению вопросы не были одновременно переданы в юрисдикцию другого суда. Количество военных судов и численность судей военных судов устанавливаются Верховным Судом РФ. Такие принципы организации военных судов в России сильно отличаются от существующих, например, в США принципов организации и деятельности военных судов, согласно которым они в этой стране образуют отдельную систему и по многим вопросам осуществления правосудия непосредственно подчинены военному ведомству.
В нашем же новом Законе, напротив, усилены гарантии независимости судей военных судов от командования и исполнительной власти. С этой целью военные суды выведены из состава Вооруженных Сил, куда ранее они организационно входили.
Кроме того, существенно изменен порядок материально - технического обеспечения военных судов, которое до принятия Закона целиком было возложено на органы военного управления, которые зачастую сами были участниками судебных разбирательств в военных судах.
На Вооруженные Силы осталось возложено обеспечение военных судов, в основном, лишь такими специфическими средствами, как вооружение, связь, транспорт, а также охрана предоставленных военным судам служебных помещений.
Наряду с укреплением в системе военных судов общих для всех судов принципов осуществления правосудия в новом Законе подробно освещены специфические моменты организации и деятельности военных судов, обусловленные их работой в войсках.
Исходя из того, что военные суды работают в условиях, в которых действуют Вооруженные Силы, в целях обеспечения их мобильности, близости к войскам, готовности действовать в военное время, боевой обстановке, экстремальных ситуациях, предусматривается, что судьи военных судов и часть работников их аппаратов находятся на военной службе и имеют воинское звание офицерского состава, что является основным принципиальным отличием военных судов от остальных федеральных судов общей юрисдикции (ст.27 и 33).
В соответствии со ст. 27 анализируемого Закона одним из обязательных требований, предъявляемых к кандидату на должность судьи военного суда, наряду с общими требованиями к остальным кандидатам в судьи, является наличие офицерского звания и заключение контракта о прохождении военной службы.
Но поскольку военные суды исключены из состава Вооруженных Сил, вводится институт прикомандирования судей и работников аппаратов из числа военнослужащих к военным судам, аналогичный прикомандированию военнослужащих к другим федеральным органам государственной власти. Это даст им возможность проходить службу в судах и позволит полностью вывести из подчинения командованию военных ведомств, исключив какую-либо зависимость от воинских должностных лиц.