В конце 1917 года Николай Бурденко прибыл в Юрьев на должность ординарного профессора по кафедре факультетской хирургической клиники. Однако, Юрьев вскоре был оккупирован немцами. Возобновляя работу университета, командование германской армии предложило Николай Бурденко занять кафедру в «онемеченном» университете, но он отказался от этого предложения, и в июне 1918 года, вместе с другими профессорами эвакуировался с имуществом юрьевской клиники в Воронеж.[1]
После октябрьской революции 1917 года в Воронеже Николай Бурденко стал одним из главных организаторов переведённого из Юрьева университета, продолжая научно-исследовательскую работу. В Воронеже он принимал активное участие в организации военных госпиталей РККА и состоял при них консультантом, проявлял заботу о раненых красноармейцах. В январе 1920 года организовал специальные курсы для студентов и врачей по военно-полевой хирургии при Воронежском университете. Создал школу для среднего медицинского персонала — медицинских сестёр, где вёл педагогическую работу. В это же время Бурденко занимался организацией гражданского здравоохранения, и являлся консультантом Воронежского губернского здравотдела. В 1920 году по его инициативе в Воронеже было учреждено Медицинское общество имени Н. И. Пирогова. Председателем этого общества был избран Н. Н. Бурденко.[1]
Главные его исследования в тот период относились к темам общей хирургии, нейрохирургии и военно-полевой хирургии. В частности, Бурденко занимался вопросами профилактики и лечения шока, лечения ран и общих инфекций, нейрогенной трактовки язвенной болезни, хирургического лечения туберкулёза, переливания крови, обезболивания и др.[1]
Накопив за время Первой мировой войны обширный материал в области лечения повреждений нервной системы, Бурденко считал необходимым выделить нейрохирургию в самостоятельную научную дисциплину. Переехав в 1923 г. из Воронежа в Москву, он открыл в факультетской хирургической клинике Московского университета нейрохирургическое отделение, став профессором оперативной хирургии. Шесть последующих лет Бурденко занимался клинической деятельностью уже в условиях мирного времени.[1] В 1930 году этот факультет был преобразован в 1-й Московский медицинский институт имени И. М. Сеченова. С 1924 года Бурденко был избран директором хирургической клиники при институте. Этой кафедрой и клиникой он руководил до конца своей жизни, теперь эта клиника носит его имя.[1]
C 1929 года Николай Бурденко стал директором нейрохирургической клиники при Рентгеновском институте Наркомздрава.[6] На базе нейрохирургической клиники Рентгеновского института в 1932 году был учреждён первый в мире Центральный нейрохирургический институт (ныне институт нейрохирургии имени Н. Н. Бурденко)[9] с Всесоюзным нейрохирургическим советом при нём. В институте работали нейрохирурги Б. Г. Егоров, А. А. Арендт, Н. И. Иргер, А. И. Арунюнов и другие, а также ведущие представители смежных специальностей (нейрорентгенологи, нейроофтальмологи, отоневрологи). [10]
Бурденко принимал участие в организации сети нейрохирургических учреждений в виде клиник и специальных отделений в стационарах по всему СССР. С 1935 года по его инициативе проводились сессии Нейрохирургического совета, — всесоюзные съезды нейрохирургов.[1]
С первых лет советской власти Николай Бурденко стал одним из ближайших помощников начальника Главного военно-санитарного управления 3иновия Петровича Соловьёва.[1] стал автором первого «Положения о военно-санитарной службе Красной армии».[6] В 1929 году по инициативе Николая Бурденко была создана кафедра военно-полевой хирургии на медицинском факультете Московского университета.[7] С 1932 года он работал хирургом-консультантом, а с 1937 года — главным хирургом-консультантом при Санитарном управлении Красной Армии.[7] Будучи председателем на часто созывавшихся в Москве хирургических съездах и конференциях, Бурденко неизменно ставил проблемные вопросы военной медицины, подготовки военно-врачебных кадров. На основе своего боевого опыта и изучения материалов прошлого он выпустил инструкции и положения по отдельным вопросам хирургического обеспечения войск, что подготовило военную медицину к началу Великой Отечественной войны.[1]
Николай Бурденко был членом Государственного учёного совета Главного управления профессионального образования, председателем Учёного медицинского совета Народного комиссариата здравоохранения СССР. На этом посту он занимался организацией высшего медицинского образования, советской высшей школы.[1]
