7 августа 1899 года, когда у власти находилось уже министерство Вальдека-Руссо, взявшее под свою защиту республику от антидрейфусаров, открыто выступавших против нее клерикалов, антисемитов и монархистов, в Ренне начался второй процесс по делу Дрейфуса.
В переполненный зал суда вошел Дрейфус... Почти пять лет на Чертовом острове, проведенных в цепях, одиночестве и лишениях, тропическая лихорадка сделали свое дело. Сорокалетний, он выглядел стариком, совершенно седой и едва понимающий, что происходит. Отрезанный от всего мира, он один ничего не знал о “деле Дрейфуса” с момента своей высылки. Ничего, даже о суде над Золя и разоблачении Эстергази.
Общественные страсти были еще сильно возбуждены, антисемиты называли этот процесс величайшей пощечиной, полученной французской армией от евреев при содействии Германии. Они утверждали, что некоторые документы, компрометирующие Дрейфуса, по требованию Вильгельма были возвращены обратно, угрожали судьям исключением из товарищеской среды в случае оправдания "ужаснейшего преступника" и т.д.
Свидетелями обвинения выступили пять бывших военных министров (Мерсье, Бильо, Кавеньяк, Цурлинден и Шануан), генералы Буадефр, Гонз и др.; все они настаивали на виновности Дрейфуса, давали противоречивые показания, говорили об опасности оправдательного приговора. В Ренне ежедневно происходили бурные антисемитские волнения, на жизнь Лабори, главного и талантливого адвоката Дрейфуса, было совершенно покушение, причем покушавшийся, ранивший его, не был даже найден. Защита настаивала на вызове в суд Шварцкоппена и Паниццарди, но ей в этом было отказано. Шварцкоппен сделал заявление в печати о том, что документы он получал через Эстергази, а в "Reichsanzeiger" появилась официальная заметка, из которой следовало, что германское правительство никогда не вступало в какие бы то ни было отношения с Дрейфусом.
9 сентября большинством голосов (5:2) судьи вынесли Дрейфусу очередной обвинительный приговор, сократив с учетом обнаруженных смягчающих вину обстоятельств срок его заключения до 10 лет. Антисемитская печать встретила вердикт с возмущением: указывалось на то, что судьи игнорировали указания высшей судебной инстанции — кассационной палаты, и коль скоро Дрейфус признан виновным, для него не может быть никаких смягчающих обстоятельств. Республиканцы же увидели в этих "уступках" судей сделку с совестью: она подсказывала им полную невиновность Дрейфуса, но ложно понятая честь армии, генерального штаба и страх перед высшим военным начальство
м заставили их признать невиновного человека виновным; наконец, присутствие в составе суда двух офицеров, дерзнувших, несмотря ни на что, оправдать "опасного изменника", свидетельствовало о непричастности Дрейфуса к приписываемым ему преступлениям. Республиканцы требовали предания суду лиц, причастных к подлогам Анри, привлечения к ответственности и бывшего военного министра Мерсье, тайно передавшего суду особое досье, в значительной мере им самим впоследствии уничтоженное.
В виде демонстрации порицания несправедливому вердикту и доказательства, что правительство убеждено в невиновности Дрейфуса, 19 сентября появился декрет президента республики Лубе о помиловании Дрейфуса, освобождении его из тюрьмы; в то же время военный министр генерал Галифе отдал приказ по армии о прекращении всякой агитации по делу Дрейфуса, заявив, что "инцидент исчерпан".
Принятие Дрейфусом помилования вызвало недовольство среди многих его сторонников, в том числе и Лабори; этот акт, по их мнению, можно расценить как косвенное признание его вины. Чтобы прекратить дальнейшее обсуждение в стране дела Дрейфуса, положить конец требованиям о предании суду Мерсье и других участников процесса, Вальдек-Руссо провел в декабре 1900 года закон об амнистии для преступлений, совершенных в связи с этим делом. Сам Дрейфус, как уже приговоренный судом, не попал под амнистию и мог продолжать ходатайства о полной своей реабилитации.
В апреле 1903 года Жорес прочитал в палате депутатов письмо генерала Пелье к Кавеньяку, написанное 31 августа 1898 года, т.е. тотчас же после самоубийства Анри. Это письмо, в котором говорилось о ряде фальсификаций, совершенных в отношении Дрейфуса, Кавеньяк скрыл от премьера Бриссона. Далее Жорес сообщил о том, что Кавеньяк узнал о подлоге 14 августа, до 30 августа не удосужился даже допросить Анри, и все это происходило без ведома премьера. По предложению Жореса, одобренному палатой, военный министр Андре должен был лично ознакомиться с делом Дрейфуса. Изучив досье Дрейфуса, министр пришел к заключению о необходимости пересмотра всего дел
В ноябре 1903 года Дрейфус подал новую кассационную жалобу, а в марте 1904 года кассационный суд постановил произвести дополнительное следствие, которое было закончено в июле 1906 года: ввиду отсутствия всякого повода к его обвинению Дрейфус не должен был больше предстать перед судом; приговор реннского суда был отменен, и Дрейфус объявлен невиновным. Через два дня он был восстановлен в своих правах, прикомандирован к генеральному штабу и получил следующий военный чин, майора. Однако он не пожелал оставаться на действительной военной службе и подал в отставку.
В 1908 году при перенесении останков Золя в Пантеон на Дрейфуса было совершено покушение; к счастью, он отделался легким ранением в руку.
Во время первой мировой войны Дрейфус вернулся в армию и окончил войну в звании подполковника, был награжден орденом Почетного Легиона.
Умер Альфред Дрейфус в Париже в 1935 году.
Но лишь 101 год спустя после возникновения "дела Дрейфуса" командование французской армии признало полную неправоту и ошибочность обвинений Альфреда Дрейфуса.
