После смерти Василия II великим князем стал его старший сын Иван III Васильевич (1462 - 1505). Именно ему выпало завершить объединение русских земель вокруг Москвы. Безусловно, к 1462 году Московское княжество было самым сильным государственным образованием в северо-восточной Руси, но не единственным. Существовали Ростовское, Ярославское, Тверское, Рязанское княжества, а также Новгородская и Псковская республики. Кроме того, многие исконно русские земли входили в состав Великого княжества Литовского, и их возвращение было одной из насущных задач московской политики.
Проще всего была ситуация с Рязанским княжеством: его князь был женат на родной сестре Ивана III и фактически находился в полной зависимости от Москвы. Присоединение Ростова и Ярославля также прошло достаточно легко - Ярославское княжество перестало существовать в 1463 г., а Ростовское - в 1474 г. Ликвидация их независимости не сопровождалась какими-либо вооруженными столкновениями - исследователи предполагают, что права на княжение были просто выкуплены Иваном III у местных князей.
Более трудным делом было присоединение Новгорода. Новгородские правители осознавали, что сохранить независимость от усиливающейся с каждым годом Москвы будет делом нелегким. Внутреннее положение Новгорода осложнялось еще и тем, что среди самих новгородцев не было единства: часть населения считала, что следует подчиниться великому князю московскому. Кроме того, Псков, долгое время являвшийся пригородом Новгорода и его союзником, к середине XV в. оказался на стороне Москвы. Но несмотря на все эти проблемы, новгородское правительство, фактически возглавлявшееся Марфой Борецкой (вдовой посадника), приняло решение отстаивать свою независимость. Новгородцы заключили союз с Великим княжеством Литовским, чтобы в нем найти противовес усиливающейся Москве. Соглашение с великим князем литовским Казимиром было подписано. По его условиям Великое княжество Литовское гарантировало самостоятельность Новгородской республики.
О договоре вскоре стало известно и Ивану III. Обращение к Литве было расценено им как измена православной вере (ведь правители Великого княжества Литовского являлись католиками). Решено было начать войну. Кроме собственно московских войск в походе на Новгород участвовали тверские и псковские отряды, а также дружины удельных князей - младших братьев Ивана III. Решающая битва произошла на реке Шелонь (июль 1471 г.). Новгородские войска были полностью разгромлены, в плен попали некоторые бояре - противники Москвы, среди них и сын Марфы Борецкой, посадник Дмитрий. По приказу великого князя наиболее упорные противники Москвы, оказавшиеся в плену, были казнены. Поражение новгородцев было предопределено, что среди жителей Новгорода не было единства - часть горожан не одобряла обращение за помощью против Москвы к Литве. Кроме того, в битве отказалась участвовать одна из самых боеспособных частей новгородского войска - архиепископский полк, а великий князь литовский Казимир не оказал своим союзникам никакой помощи. В таких условиях продолжение борьбы с Москвой не имело никаких шансов на успех. Однако Иван III не ликвидировал на этот раз самостоятельность Новгорода, была лишь усилена власть великого князя в судебных делах и республика лишалась права внешних сношений.
Окончательно же Новгород был покорен в январе 1478 г. Предлогом для этого послужил вопрос о титуле Ивана III. Город был окружен московскими войсками и правительству Новгородской республики пришлось капитулировать. Символ независимости - вечевой колокол - был увезен в Москву, а управлять Новгородом стали наместники, назначаемые великим князем. Впоследствии большинство новгородских бояр было выселено из города, их земли конфискованы, и Новгород навсегда вошел в состав Русского государства.
После ликвидации независимости Новгородской земли наступил черед Тверского княжества. Последний князь Твери Михаил Борисович понимал, что это только вопрос времени. Стараясь избежать подчинения Москве, он заключил соглашение все с тем же великим князем литовским Казимиром. Опыт новгородцев, также обращавшихся к Литве за помощью, ничему не научил его. Узнав о соглашении Твери с Литвой, Иван III начал войну. Тверские земли были разорены, и Михаил Борисович был вынужден отказаться от проведения самостоятельной внешней политики. Однако спустя буквально несколько месяцев москвичи перехватили тверского гонца, отправленного к Казимиру. Это событие послужило предлогом для окончательного присоединения Твери. В сентябре 1485 г. Тверь была занята московскими войсками, последний князь Михаил Борисович бежал с группой приближенных на территорию Великого княжества Литовского.
Ликвидация самостоятельности Тверского княжества означала создание единого Русского государства. Формально независимость сохранили лишь Рязанское княжество и Псковская республика, но они находились фактически в полном подчинении великого князя Московского и их окончательное присоединение было лишь вопросом времени. С присоединением Твери Иван III стал называть себя государем всея Руси, показывая тем самым свои претензии на русские земли, входившие в состав Великого княжества Лито
