Ежегодное расширение торговли требовало увеличения количества таможен, а практика организации таможенного дела – улучшения управления деятельностью таможенных органов.
В 1800 году восстанавливается компетенция Коммерц-коллегии. Она была разделена на семь экспедиций. Первая вела дела внешней торговли, а также представляла предложения об изменениях в таможенном тарифе и торговом уставе. 8 сентября 1802 г. принят Высочайший манифест об учреждении министерств. Таможенные учреждения остались в составе Министерства коммерции. 25 июня 1811 г. подписан манифест о новом учреждении министерства. В состав Министерства финансов входил Департамент внешней торговли, директором которого был назначен Михаил Алексеевич Обрезков. Он состоял из двух отделений: внешних сношений и таможенного, которое ведало делами, относящимися к управлению таможен.
Таможенное отделение имело три стола: первый – по всему производству дел в таможнях по европейской границе и на морях – Белом, Балтийском, Черном, Азовском; второй – по делам таможен на Азиатской границе и по Каспийскому морю; третий – по делам об определении и увольнении чиновников и служителей по таможням и заставам, о наградах и производстве их, об определении и увольнении маклеров, таможенных зданиях.
Учитывая слабость Таможенной пограничной стражи, в 1811 г. было введено «Положение об устройстве Пограничной казачьей стражи», подписанное военным министром России Барклаем де Толли. На каждые 150 км границы выделялся Донской казачий полк. Службу казаки несли от Палангена до реки Ягорлык, впадающей в Днестр. Всего было выделено одиннадцать донских казачьих полков. Границы охранялись в две линии. В первой охрану осуществляли казачьи команды, во второй – вольнонаемные таможенные объездчики.
В результате реорганизации Таможенной пограничной стражи из вольнонаемных создавались команды пограничной стражи из 10 объездчиков каждая. Три команды подчинялись надзирателю и его помощнику. Каждая команда охраняла участок границы протяженностью 15 верст. Таможенная пограничная охрана укомплектовывалась за счет Отставных армейских нижних чинов, при условии наличия у них рекомендаций военных органов, где ранее служил аттестуемый. Однако в связи с тем, что бывших военных не хватало, в пограничную стражу набирали лиц из числа местных жителей. Практика охраны границы смешанным способом не всегда оправдывала себя. Следует отметить, что и среди казаков было много злоупотреблений. Они подчас потворствовали контрабанде, а в ряде случаев и сами занимались незаконным провозом товаров через границу.
Отрицательно сказывалась и двойная подчиненность. Опыт подтверждал между тем, что вследствие специфики охраны границы защита экономических интересов и борьба с незаконным переходом границы более успешно осуществляются военными. Это привело к мысли о создании пограничной стражи по военному образцу. Начались поиски наиболее приемлемой организационной структуры пограничной стражи, которая бы в первую очередь защитила экономические интересы государства на границе. В 1822 году правительство принимает решение об упразднении Таможенной пограничной стражи и создании Пограничной таможенной стражи из полковых воинских чинов, преимущественно кавалерийских полков, и выдвижении ее в первую линию, казачьи полки переводились во вторую линию.
Однако вскоре практика охраны границы указанным способом показала, что надзиратели и объездчики, подчиненные гражданским лицам, не оправдывают своего назначения, они сблизились с контрабандистами и потворствовали им. Казачьи полки, оторванные от Дона, разлагались. Назрела необходимость новой реформы в области защиты экономических интересов Российского государства на государственной границе.
5 августа 1827 г. была учреждена новая Таможенная пограничная стража на твердых воинских началах с военной организацией по типу регулярной армии. Ранее созданная таможенная стража была упразднена. В 1832 г. казачьи полки также были отозваны с границы и отправлены на Дон. В соответствии с Карантинным уставом 1832 г. Таможенная пограничная стража была переименована и получила название «Пограничной стражи». Переименование было подтверждено Высочайшим указом 1835 г., в котором говорилось, что всю стражу, независимо от того, возложена на нее охрана границы в карантинном отношении или нет, именовать пограничною стражею.
Пограничная стража подчинялась гражданским чиновникам Департамента внешней торговли в лице начальников таможенных округов. Главной задачей Пограничной стражи была охрана границы в экономическом отношении, то есть борьба с контрабандой. Второй задачей являлся пограничный надзор. На Пограничную стражу возлагались следующие обязанности: «недопущение провоза и переноса товаров и задержание их, а также недопущение проезда и перехода лиц через границу не в указанных таможенными учреждениями местах; прекращение буйств, грабежей и всяких беспорядков на пограничной черте; осуществление в некоторых местах границы Империи карантинного надзора; оказание помощи судам, бедствующим по близости берегов, в спасении людей, находящихся на них и в сохранении имущества судов, потерпевших крушение».
С целью защиты экономических интересов государства, правительство России разрабатывает ряд мер, направленных на пресечение контрабанды. Прежде всего, вводится система вознаграждения для задержателей контрабанды. В соответствии с Высочайшим указом Александра I (1811 г.) 80% сумм штрафов за контрабанду и реализованной стоимости конфискатов предназначалось в награду, 20% зачислялось в накопление пенсионного фонда таможенных чиновников и их семьям. Из 80% – 2/3 выдавалось задержателям, а 1/3 – начальнику таможенного округа, управляющим и членам таможни. Одновременно получает развитие законодательство о контрабанде. В Таможенном уставе 1819 г. было дано определение контрабанде. Под контрабандой понимали не только пронос или провоз товаров через границу мимо таможни, но и товары, не указанные в предъявленных в таможню документах.
Однако принятые меры не в состоянии были устранить проблему контрабанды в целом. Исторические источники свидетельствуют, что в начале века контрабандным товаром были завалены все лавки. В конце 1820-х и в 1840-е годы на границах Пруссии и Австрии контрабанда возросла в несколько раз. Это было связано с тем, что в 1822 г. был принят новый тариф, в соответствии с которым пошлины возросли по некоторым товарам более чем в 2,5 раза.
Усиление контрабанды было вызвано и тем, что сопредельные страны в своем экономическом развитии достигли более высокого уровня по сравнению с Россией, где только начинался промышленный переворот. Сказалось и неблагополучное положение в финансовой сфере. Инфляция, вызванная войной 1812–1813 гг., а затем и фритредерским тарифом 1819 г., охватила все стороны деятельности и в итоге оказалась огромным внешним и внутренним долгом. Все это, вместе взятое, способствовало развитию контрабанды.
Вот так выглядел мундир таможенного пограничного объездчика Российской империи 1827 года