Основная статья: Роспуск Верховного Совета
Вечером 21 сентября 1993 года Борис Ельцин в телеобращении к народу объявил о роспуске Съезда народных депутатов и Верховного Совета и назначении выборов в Государственную думу на 11-12 декабря и подписал соответствующий указ № 1400, который нарушал ряд статей действовавшей в то время Конституции. Конституционный Суд, собравшийся в ночь с 21 по 22 сентября, установил наличие оснований для отрешения президента от должности. Верховный Совет своим постановлением объявил о прекращении президентских полномочий Ельцина «в связи с грубейшим нарушением» Конституции, и о переходе полномочий к вице-президенту Руцкому. А. В. Руцкой принёс присягу и начал назначать своих министров, однако он не был признан в этом качестве ни в России[Источник?], ни за её пределами[Источник?] и ситуацию в стране не контролировал.
Файл:October1993crisis.jpg
Обстрел Белого Дома утром 4 октября 1993 года
Руководство Верховного Совета предприняло попытку созвать Съезд народных депутатов, но на заседание прибыло чуть более 400 человек, то есть, значительно менее половины. По мнению сторонников Верховного Совета, низкая активность депутатов связана с указанием Ельцина задержать депутатов из регионов[6]. Кроме того,>, были и другие причины: указом Ельцина депутатам созыва 1990 - 95 годов предоставлялись серьезные льготы и гарантии (сохранение денежного содержания, права на трудоустройство на прежнее место, неприкосновенность), однако действие этого указа в отношении участников противостояния было ограничено. Противостояние между президентом и верными ему силами охраны порядка и сторонниками Верховного Совета 3-4 октября переросло в вооружённые столкновения. 3 октября сторонники Верховного Совета по призыву А.В. Руцкого взяли штурмом одно из зданий мэрии Москвы на Краснопресненской набережной и направились штурмовать телецентр Останкино. 4 октября Ельцин объявил о введении чрезвычайного положения и после консультации с Виктором Черномырдиным и министром обороны Павлом Грачёвым дал приказ о штурме здания Дома Советов. Штурм здания мэрии, телецентра Останкино и, особенно, штурм здания Дома Советов с применением танков привели к многочисленным жертвам (по официальным данным — более 150 человек) среди сторонников Верховного Совета, сотрудников правоохранительных органов, и, возможно[Источник?], — случайных прохожих. По официальным данным, среди погибших не было ни одного депутата и ни одного сотрудника аппарата Верховного Совета, а также ни одного сотрудника правоохранительных органов и ни одного бойца из подконтрольных президенту формирований. А. В. Руцкой, Р. И. Хасбулатов и некоторые другие участники событий арестованы, но в феврале 1994 года выпущены согласно постановлению Государственной Думы об «амнистии» (все они согласились на амнистию, хотя и не были осуждены).
После роспуска Верховного Совета Ельцин на некоторое время сосредоточил в своих руках всю полноту власти и принимает ряд решений: об отставке А. В. Руцкого и фактическом упразднении должности Вице-президента, о приостановлении деятельности Конституционного суда, о прекращении деятельности Советов всех уровней и изменении системы местного самоуправления, о назначении выборов в Совет Федерации и всенародного голосования, а также своими указами отменяет и изменяет ряд положений действующих законов.
В связи с этим, некоторые политические деятели, юристы, политологи и журналисты (в первую очередь - из числа политических противников Ельцина) утверждали о том, что в стране установлена диктатура. Вот что пишет, например, бывший председатель Верховного Совета и активный участник событий из числа противников Ельцина проф. Р. И. Хасбулатов:
Грубо поправ действующую Конституцию, Президент и его окружение объявили о прекращении деятельности предусмотренных Основным Законом России высших представительных органов власти — Съезда народных депутатов и Верховного Совета Российской Федерации. Тем самым в стране установлена диктатура.[6]
12 декабря 1993 года состоялось всенародное голосование по Конституции, а также выборы в Совет Федерации и в Государственную Думу. Новая Конституция Российской Федерации, предоставила Президенту значительные полномочия, в то время как полномочия Парламента были значительно сокращены. Конституция, после опубликования 25 декабря в Российской газете, вступила в силу. 11 января 1994 года начали работу обе палаты Федерального Собрания, конституционный кризис закончился.
В начале 1994 года Б. Н. Ельцин инициировал подписание договора об общественном согласии и договора о разграничении полномочий с Татарстаном, а затем — и с другими субъектами Федерации.