Внутривидовая гибридизация может применяться для получения гибридных растений от скрещиваний родительских пар, растущих в идентичных условиях, даже в одной популяции, или в резко различных климатических, эдафических условиях. В первом случае перед гибридизацией обычно ставится задача сочетания полезных в хозяйственном отношении признаков, которыми обладают родительские особи. Например, скрещивая быстрорастущую особь сосны обыкновенной, не отличающуюся высокой смолопродуктивностью, с деревом высокосмолопродуктивным, но умеренного роста, можно при последующем отборе выделить гибриды, удачно сочетающие быстрый рост и высокую смолопродуктивность. Очень важно бывает объединить в гибридных растениях признаки интенсивности роста и устойчивости к болезням и вредителям, признаки продуктивности и качества древесины и т. д.
Нередко перед внутривидовой гибридизацией деревьев из близких условий произрастания будет стоять задача усиления того или иного признака родительских пар, например интенсивности роста и качества стволов плюсовых деревьев, устойчивости к болезням и др. Во всех этих случаях расчет делается на аддитивный эффект, т. е. на суммарное выражение однозначно действующих полимерных генов. При скрещивании отдаленных географических и экологических форм деревьев ставится задача получения высокого гетерозисного эффекта гибридного потомства за счет уникального сочетания генов. Примеров проявления гетерозиса при отдаленных внутривидовых скрещиваниях лесных пород накопилось довольно много.
В УкрНИИЛХА получены внутривидовые гибриды сосны обыкновенной с хорошо выраженным гетерозисом роста при скрещивании климатических экотипов — полоцкого с саратовским, полоцкого и брянского с местным. Известны гетерозисные внутривидовые гибриды ели, березы, осины и др. В результате отдаленных внутривидовых скрещиваний может быть получен и высокий аддитивный эффект. Например, в Северной Швеции при скрещивании ели обыкновенной местного происхождения, отличающейся морозоустойчивостью, с быстрорастущей, но не морозостойкой елью из Средней Европы получены внутривидовые гибриды, сочетающие морозостойкость с высокой интенсивностью роста.
По мнению А. С. Яблокова, подбор производителей должен осуществляться в пределах сравнительно небольших расстояний (несколько сот километров или даже меньше) и отбирать следует в каждом районе по 5— 10 экземпляров (женскихи мужских) в хороших условиях роста из средневозрастных или приспевающих насаждений. В каждом случае родители должны быть по всем показателям (росту, качеству стволов, здоровью) самые лучшие, т. е. это должны быть плюсовые деревья. Если у данной древесной породы выражена дифференциация пола, то в качестве материнских деревьев должны подбираться особи, у которых преобладают признаки женской сексуализации, а в качестве отцов — экземпляры мужской сексуализации. Исходя из учения И. В. Мичурина, А. С. Яблоков, С. С. Пятницкий, А. В. Альбенский считают, что чем старше возраст дерева, тем оно будет сильнее передавать при скрещивании свои свойства гибридам. Поэтому при желании усилить в гибридах свойства отцовского растения в качестве опылителей необходимо брать плюсовые деревья старшего возраста И наоборот. Местные формы всегда сильнее передают наследственные задатки. Определенный интерес для лесной селекции представляет метод межлинейных скрещиваний, оказавшийся столь эффективным в селекции сельскохозяйственных культур. При этом методе путем самоопыления добиваются получения однородных и генетически разных линий, скрещивание которых нередко приводит к возникновению гибридов с хорошо выраженным гетерозисом. Трудности применения этого метода к лесным породам связаны с длительностью выведения чистых линий. С. С. Пятницкий считает, что для выведения гомозиготных растений необходимо пять и больше генераций. В Дании однородное потомство лиственницы было получено в третьем инцухтированном поколении. Э. Ромедер и Г. Шенбах считают возможным переходить к межлинейным скрещиваниям уже в первом инцухтном поколении.
Развитие методов внутривидовой гибридизации, проверка сделанных лесными селекционерами предложений представляют чрезвычайную важность для селекции лесных пород /8/.
