Экспертизы могут проводиться любым лицом, обладающим специальными знаниями, или экспертными учреждениями. Основные экспертные учреждения в России находятся в системах органов внутренних дел, юстиции и здравоохранения.
Центральное руководство экспертными подразделениями органов внутренних дел осуществляет Федеральное государственное казенное учреждение «Экспертно-криминалистический центр Министерства внутренних дел Российской Федерации» (ЭКЦ МВД России), находящееся в непосредственном подчинении Министерства внутренних дел Российской Федерации.
В структуру ЭКЦ входят: организационно-методическое управление, включающее в себя отделы организации деятельности экспертно-криминалистических подразделений, методического, технико-криминалистического, информационного, технического обеспечения и автоматизации экспертной деятельности, технико-криминалистического обеспечения; федеральная пулегильзотека МВД России; отделы криминалистических экспертиз и исследований; научно-исследовательская лаборатория.
Кроме того, экспертные подразделения на местах входят в структуру региональных управлений или отделов внутренних дел. Структуру экспертно-криминалистических подразделений органов внутренних дел на местах составляют ЭКЦ субъектов РФ и крупных городов.
Судебно-экспертные учреждения Минюста России возглавляет Российский федеральный центр судебной экспертизы (РФЦСЭ). Периферийными судебно-экспертными учреждениями этой системы являются: региональные центры судебной экспертизы (РЦСЭ), центральные лаборатории судебной экспертизы (ЦЛСЭ) и лаборатории судебной экспертизы (ЛСЭ). Некоторые ЛСЭ в городах своей зоны обслуживания имеют отделы (филиалы) или экспертные группы.
Судебно-экспертные учреждения Минздравсоцразвития России состоят из судебно-медицинских и судебно-психиатрических подразделений. Бюро судебно-медицинской экспертизы имеются в крупных городах, областях, краях и республиках России. Контроль за качеством судебно-медицинских экспертиз на местах возложен на главных районных, межрайонных и городских судебно-медицинских экспертов. В научно-практическом и организационно-методическом отношении бюро судебно-медицинской экспертизы подчиняются Главному судебно-медицинскому эксперту. Головным учреждением, осуществляющим научное и методическое руководство судебно-медицинскими экспертными учреждениями, является Федеральный центр судебно-медицинской экспертизы.
К участию в производстве судебно-медицинских экспертиз могут привлекаться профессора, доценты, преподаватели кафедр и курсов судебной медицины медицинских институтов и университетов, специалисты учреждений здравоохранения.
В системе органов здравоохранения РФ также осуществляются судебно-психиатрические экспертизы (стационарно и амбулаторно). Стационарные судебно-психиатрические экспертизы проводятся в судебно-психиатрических отделениях или палатах психиатрических (психоневрологических) стационаров или общих отделениях психиатрических больниц. Амбулаторные судебно-психиатрические экспертизы (в том числе заочные и посмертные) проводятся специально создаваемыми для этих целей судебно-психиатрическими экспертными комиссиями, которые функционируют при психиатрических или психоневрологических учреждениях. Персональный состав комиссии (не менее трех специалистов) ежегодно утверждается органом здравоохранения (республики, края, области, крупного города).
Научно-методическое руководство деятельностью судебных экспертов-психиатров во всероссийском масштабе возложено на Государственный научный центр социальной и судебной психиатрии им. В. П. Сербского.
Организационно-методическое руководство психиатрическими и психоневрологическими учреждениями, в том числе и судебно-психиатрическими экспертными комиссиями, возложено на главного психиатра медицинского управления (органа здравоохранения) региона.
Государственные судебно-экспертные учреждения существуют, кроме того, в Министерстве обороны, Федеральной таможенной службе (ФТС), Федеральной Службе Безопасности (ФСБ), Федеральной Службе РФ по контролю за оборотом наркотиков (ФСКН).
В последние годы в России создана сеть коммерческих экспертно-криминалистических учреждений, лабораторий и экспертных центров.
