Контроль за состоянием водных объектов осуществляют как водопользователи, так и органы госконтроля - Госкомэкология РФ, Росгидромет через ЕГСЭМ, Госком-санзпидемнадзор РФ, Роскомрыбоводство, их местные органы. Водопользователи организуют для этого лаборатории, а мелкие предприятия - межведомственную лабораторию. Водоснабжающие службы городов или крупных регионов создают также свои лаборатории и автоматизированные системы наблюдения и контроля за состоянием воды в городах или промзонах. Такая сеть наблюдений, сбора, обработки и управления за состоянием водных объектов в РФ составляет систему водного мониторинга ЕГСЭМ (см. подраздел 4.3). Санитарно-гигиеническое состояние воды в пределах населенных пунктов также контролируется CЭC города или района.
При наблюдении и контроле за водными объектами оцениваются уровень и динамика их загрязнений, изучаются закономерности самоочищения водоемов и выноса 3В из них. Периодичность и правила отбора и анализа проб воды определяются ГОСТ 2874-82. Пробы отбирают не реже 1 раза в месяц, а на водотоках и водоемах, имеющих особо важное народнохозяйственное значение, при наличии сброса загрязненных стоков - ежедекадно. Места забора проб согласовываются с СЭС. На водотоках заборы проводятся обычно на 3 контрольных створах. Первый (фоновый) створ располагается на 1 км выше источника загрязнения (потребления), второй створ вблизи (не далее 500 м) сброса СВ, а третий - в месте достаточного (не менее 80%.) перемешивания СВ с водами реки. На предприятиях не реже, чем 1 раз в десять дней контролируется состав исходных и очищенных СВ, а также в местах водозабора данного предприятия.
При контроле качества воды определяются органолептические показатели, рН и температура воды, содержание в ней 
, БПК и ХПК, а также концентрации 3В. В настоящее время органы контроля за качеством воды оснащаются автоматическими автономными системами контроля, которые без участия человека отбирают пробы, делают экспресс-анализы и выдают информацию на ЭВМ. Оценка качества воды в водоеме является основным условием для выдачи разрешений на сброс СВ. Такие разрешения даются с учетом наихудших условий разбавления стоков. Полностью запрещен сброс вод, содержащих возбудители инфекционных болезней и ненормированные вещества или вещества с токсическими свойствами. Также запрещается сброс бытовых и производственных СВ в заповедные воды. При сбросе стоков в водоемы, расположенные в пределах населенных пунктов, они должны быть очищены до уровней, предусмотренных нормами для коммунально-бытового водопользования. При сбросе производственных и хозяйственных стоков в городскую канализации ПДС не устанавливается, а технические условия на сбросы определяются управлениями канализационного хозяйства города. В соответствии с требованиями СНиП 2.04.03-85 такие стоки не должны содержать более 500 мг/л взвешенных и всплывающих веществ, а также веществ, способных засорять трубы или отлагаться на стенках труб. Стоки не должны разрушать сооружения канализации, содержать горючие примеси и вещества, способные образовывать взрывоопасные смеси и т.п.
