Байкальский ЦБК до осени 2008 года являлся одним из основных загрязнителей воды озера Байкал[15]. По данным Евгения Шварца, директора по природоохранной политике Всемирного фонда дикой природы России, ссылавшегося на государственный доклад «О состоянии озера Байкал и мерах по его охране в 2008 г.», объём сбросов предприятия в 2008 году составил 27,53 млн т, а с 1999 по 2007 годы, когда комбинат работал на полную мощность, — в пределах 36,8-48,2 млн т ежегодно.[2] По данным природоохранной организации «Гринпис», в 2010 году Байкальский ЦБК сбросил в озеро 12,5 млн м3 недостаточно очищенных сточных вод, в 2011 году — 26,5 млн м3[16]. В ходе погружения глубоководных аппаратов «Мир» в июле 2010 года в месте выхода сточных труб комбината на глубине 33 м были обнаружены опасные соединения хлора (ПДК по ним не установлены)[17].
На протяжении последних лет разрабатывался ряд программ, направленных на перепрофилирование либо перенос этого вредного производства. Однако перевод предприятия на замкнутый цикл водооборота сдерживался неготовностью канализационных очистных сооружений (КОС) города Байкальска: все хозяйственно-бытовые стоки города проходили через очистные сооружения предприятия[15].
В начале декабря 2007 года Росприроднадзор России направил в арбитражный суд Иркутской области иск с требованием приостановить работу Байкальского ЦБК в связи с истечением 3 ноября сроков действия лицензий на использование водного объекта. По результатам проверки замглавы данного ведомства Олега Митволя, концентрация отдельных загрязняющих веществ в стоках предприятия превышена в 12 раз по сравнению с нормативом.[18]
5 сентября 2008 года была начата тестовая эксплуатация системы замкнутого водооборота комбината (технология позволяет очищать сбросы на 98 %)[19][20], сброс неочищенных стоков прекращён.
2 октября 2008 года предприятие перешло на замкнутый водооборот. Однако, экологи считают, что это не решит проблемы загрязнения Байкала.[21] При этом было прекращено производство вискозной беленой целлюлозы, которую при замкнутом цикле водооборота производить невозможно[3].
6 ноября 2008 года Арбитражный суд Иркутской области вынес решения по Делу № А19-18235/07-23 о приостановлении деятельности ОАО «Байкальский ЦБК», и по Делу № А19-1004/08-54 о возмещении вреда окружающей среде ОАО «Байкальский ЦБК» по заявлениям Росприроднадзора в пользу БЦБК, в удовлетворении заявленных требований отказано.
13 января 2010 года постановлением правительства № 1 «О внесении изменений в перечень видов деятельности, запрещенных в центральной экологической зоне Байкальской природной территории»[22], подписанным В. Путиным[23] во изменение Постановления от 30 августа 2001 года[24], была создана правовая база для возобновления работы комбината.
15 марта 2011 года Альфа-банк, пользуясь своим контролирующим положением, в одностороннем порядке одобрил план внешнего управления предприятием. Данный план, рассчитанный на два года, предусматривает существенное увеличение производства беленой целлюлозы, но не содержит никаких экологических мероприятий, которые были ключевым условием выдачи разрешений на запуск. Другие кредиторы БЦБК и государство не голосовали за данный план, в том числе потому, что он не содержал программы экологической модернизации и перепрофилирования.
Сегодня государство, местные власти, экологи, ученые (оставшееся без ответа письмо академика Н. П. Лавёрова президенту Альфа-банка Петру Авену[25]) и широкая общественность бьют тревогу в связи с ситуацией вокруг БЦБК, которая может привести к нежелательным социальным и экологическим последствиям.[26][27][28][29].
В 2011 году, накануне Дня Байкала, водолазы «Гринпис» установили на дне озера знак с перечислением тройки финалистов голосования «Враг Байкала», причём лидирующую позицию в опросе занял премьер-министр Владимир Путин.
