Ситуация актуальна для отношений, возникших до 01.01.2009.
Налоговый кодекс РФ не содержит разъяснений по данному вопросу.
По данному вопросу есть две точки зрения.
Согласно официальной позиции основные средства, выявленные в ходе инвентаризации, являются амортизируемым имуществом. Есть судебные решения и работы авторов, подтверждающие данный подход.
В то же время в других разъяснениях финансовое ведомство высказывает противоположное мнение: основные средства, выявленные в ходе инвентаризации, не амортизируются.
Подробнее см. документы
Позиция 1. Выявленные при инвентаризации основные средства амортизировать можно
Письмо Минфина России от 06.06.2008 N 03-03-06/4/42
Финансовое ведомство отмечает, что выявленные в ходе инвентаризации основные средства учитываются по рыночной стоимости и относятся к амортизируемому имуществу.
Аналогичные выводы содержит...
Письмо Минфина России от 20.06.2005 N 03-03-04/1/7
Консультация эксперта, 2011
Постановление ФАС Восточно-Сибирского округа от 16.04.2007 N А33-8921/06-Ф02-1794/07
Суд указал, что при выявлении излишков основных средств в ходе инвентаризации у налогоплательщика отсутствуют расходы на их приобретение, однако их первоначальная стоимость может быть определена в том же порядке, что и по безвозмездно полученному имуществу, т.е. исходя из рыночных цен. Поэтому налогоплательщик правомерно уменьшил доходы на сумму амортизационных отчислений.
Постановление ФАС Восточно-Сибирского округа от 11.08.2006 N А33-26560/04-С3-Ф02-3935/06-С1, А33-26560/04-С3-Ф02-4272/06-С1
Суд признал, что начислять амортизацию по выявленным в ходе инвентаризации излишкам основных средств следует в порядке, установленном ст. 259 НК РФ, т.е. с 1-го числа месяца, следующего за месяцем, в котором объект был введен в эксплуатацию.
Статья: Начисление амортизации по имуществу, выявленному при инвентаризации ("Новое в бухгалтерском учете и отчетности", 2008, N 6)
Автор указал, что в НК РФ предусмотрены закрытые перечни имущества, которое не подлежит амортизации, и основных средств, исключаемых из состава амортизируемого имущества (п. п. 2, 3 ст. 256). Имущество, выявленное в ходе инвентаризации, в этих нормах не поименовано. Таким образом, данное имущество подлежит амортизации на общих основаниях.
Аналогичные выводы содержит...
Статья: Обзор новостей от 08.02.2008 ("Торговля: бухгалтерский учет и налогообложение", 2008, N 2)
Позиция 2. Выявленные при инвентаризации основные средства амортизировать нельзя
Письмо Минфина России от 02.12.2008 N 03-03-06/1/657
Финансовое ведомство разъясняет, что основные средства, выявленные в ходе инвентаризации, не амортизируются, поскольку порядок определения первоначальной стоимости таких объектов в НК РФ не установлен.
Аналогичные выводы содержит...
Письмо Минфина России от 18.03.2008 N 03-03-06/1/198
Письмо Минфина России от 15.02.2008 N 03-03-06/1/98
Письмо Минфина России от 15.02.2008 N 03-03-06/1/97
Письмо Минфина России от 25.01.2008 N 03-03-06/1/47
Письмо Минфина России от 10.06.2009 N 03-03-06/1/392
Разъяснено, что до 01.01.2009 НК РФ не был предусмотрен порядок определения первоначальной стоимости имущества, выявленного в ходе инвентаризации. В связи с этим спорное имущество принималось к налоговому учету по нулевой стоимости.