Со времени Григория VII до середины XIII века центральное событие, вокруг которого вращалась европейская история, представляло собой борьбу между церковью и светскими монархами, в первую очередь с императором, но при случае и с королями Франции и Англии. Понтификат Григория закончился явной катастрофой, но его политика (хотя и проводимая с большей умеренностью) была возобновлена Урбаном II (1088-1099), который повторно издал декреты против светской инвеституры и домогался того, чтобы епископы свободно выбирались духовенством и населением. (Участие населения, понятно, должно было быть голой проформой.) Однако на практике он не оспаривал светских назначений, если выбор падал на достойных лиц.
В первые годы своего понтификата Урбан II чувствовал себя в безопасности только на территории, занятой норманнами. Однако в 1093 году Конрад, сын Генриха IV, взбунтовался против своего отца и в союзе с папой завоевал Северную Италию, где Ломбардская лига (союз городов во главе с Миланом) поддерживала папу. В 1094 году Урбан II совершил триумфальную поездку по Северной Италии и Франции. Он восторжествовал над Филиппом, королем Франции, который требовал развода, за что был отлучен папой от церкви и после того покорился. На Клермонском соборе 1095 года Урбан провозгласил первый крестовый поход, вызвавший волну религиозного энтузиазма, результатом которого явилось усиление власти папства, а также ужасающие еврейские погромы. Последний год своей жизни Урбан II провел в безопасности в Риме, где папы редко чувствовали себя в безопасности.
Следующий папа, Паскаль II, как и Урбан II, был выходцем из Клюни. Он продолжил борьбу за инвеституру и добился успеха во Франции и Англии. Однако после смерти Генриха IV, последовавшей в 1106 году, следующий император, Генрих V, одержал победу над папой, который был человеком не от мира сего и позволил, чтобы святость в нем взяла верх над политическим благоразумием. Папа внес такое предложение: император отказывается от права инвеституры, взамен чего епископы и аббаты отказываются от своих светских владений. Император притворно согласился; но когда предложенный компромисс был предан огласке, церковники пришли в ярость и взбунтовались против папы. Император, находившийся в Риме, не преминул использовать возможность захватить папу, который, уступая угрозам, отказался от права инвеституры и короновал Генриха V. Однако через одиннадцать лет Вормсским конкордатом, заключенным в 1122 году, папа Каликст II все-таки вынудил Генриха V отказаться от права инвеституры, а также от контроля над выборами епископов в Бургундии и Италии.
Таким образом, конечным результатом борьбы явилось то, что папа, находившийся в зависимости от Генриха III, стал на равную ногу с императором. В то же время он стал еще более безраздельным властелином церкви, которой управлял с помощью легатов. Усиление папской власти соответственно уменьшило роль епископов. Выборы пап были освобождены от светского контроля, а церковники в общем и целом стали вести более добродетельный образ жизни, чем до движения за реформу.
